1. 질의내용 요약

○ 事實關係

― 당사인 甲 法人은 미국에 있는 특수관계자 乙社(갑 법인의 지분 100% 소유)와 기술도입 계약을 체결하고 매월 경상기술료를 지급하고 있음.

― 당초 계약내용

계약기간: 10년

경상기술료: 매출액의 일정비율(기간에 따라 요율이 상이함)

․ 2000~2004년: 1%

․ 2005~2007년: 2%

․ 2008~2009년: 4%

― 이 계약을 2006. 3.15.에 기존 계약을 중지하고 기술요율과 기간을 일부 변경하여 재계약하고자 하는 것으로써 2005년 말 구두로 이미 합의된 상태이며 계약서 서명 및 날인만 남겨놓은 상태이며 계약만료일은 전과 동일함.

― 이 경우 3월 15일에 재계약 시 적용시점을 2006. 1. 1.부터 소급하여 적용한다고 계약서에 명시한 후 기술료 재계약을 체결하여 2006년도 분에 대하여는 매출액 대비 변경된 요율 3%(종전 2%)를 적용하려고 함.

○ 質疑內容

○ 상기와 같이 계약서상 재계약일인 3월 15일에 기존 구두로 합의한 대로 1. 1.~ 3.14일까지의 매출액에 해당하는 기술료 1%금액(변경3%-기존2%)에 대하여 기술료를 장부에 계상하여도 법인세 신고 시 손금인정이 가능한지 여부 및 소급계약이기 때문에 인정이 안된다면 배당으로 소득 처분하는지 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법시행령 제71조 【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】

④ 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다)ㆍ「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 재정경제부령으로 정한다. (2005. 2.19. 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법시행규칙 제36조 【기타 손익의 귀속사업연도】

영 제71조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998.12.28. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (1998.12.28. 개정)

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

나. 관련 예규(예규, 심사, 심판, 대법원 판례)

○ 서면2팀-2470, 2004.11.29.

법인이 특허 및 실용신안권자와의 특허권 등 사용계약 체결 시, 당해 특허권 등의 사용으로 인한 매출액의 일정비율로 그 사용료를 지급하기로 한 경우 동 사용료는 매출액이 발생함에 따라 지급할 금액이 확정되는 각 사업연도의 손금에 산입하는 것임. 귀 질의와 관련한 유사회신사례(제도46012-11995, 2001. 7. 9.)를 참고하기 바람.

(참고: 제도46012-11995, 2001. 7. 9.)

약정에 따라 제품 매출액의 일정비율로 특허권자에게 지급하여야 할 특허권 사용료는 매출액이 발생함에 따라 지급할 금액이 확정되는 날이 속하는 사업연도의 손금인 것임.

나. 관련 예규(예규, 심사, 심판, 대법원 판례)

○ 서면2팀-269, 2006.02.03.

【질의】

○ 내국법인 A사는 일본 B사의 특허를 이용하여 제품을 생산하는데 특허관련 1차 계약기간은 1998. 4. 1.∼2003. 3.31.(5년간)이며 특허료는 관련제품 순 매출액의 0.7％를 지급하고 있음.

○ 그 후 동 계약기간의 연장협상이 지연되어 2004.12.31.에 2차 계약을 체결하였으며, A사는 계약 미합의 기간(2003. 4. 1.∼2004.12.31.) 중에 종전 계약대로 비용을 반영하고 세무조정을 하지 아니함.

〈갑설〉 기존 특허 계약기간이 종결되어 연장계약을 추진함에 있어 당사 간 합의점을 도출하지 못한 경우에는 회계원칙에 따라 합리적으로 추정하여 반영한 비용은 법인세법 제43조 및 같은 법 시행령 제79조에 의거 회계기준 또는 관행에 따른 것으로 볼 수 있으므로 세무조정을 할 필요가 없음.

〈을설〉 기존 특허 계약기간이 종결되었으나, 연장계약을 체결하지 못한 경우에는 회계상 비용을 설정하더라도 세무상 손금불산입 하고 지급의무 확정일에 일괄하여 손금산입해야 하는 것임.

【회신】

귀 질의와 같이 제조업을 영위하는 법인이 매출액의 일정비율로 특허료를 지급하는 경우로서 당해 계약기간이 종결된 후 재계약 체결 전에 지급하는 금액의 손금 귀속시기는 그 지급한 날이 속하는 각 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입하는 것이므로, 질의의 경우가 이에 해당되는지의 여부는 거래의 실질내용에 따라 종합적으로 검토하여 판단하는 것임.