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비영리내국법인의 고정자산 처분시 법인세 과세여부
서면인터넷방문상담2팀-991생산일자 2006.05.30.
AI 요약
요지
○○연구원이 아파트를 취득하여 종업원 거주용도로 사용하던 중 양도하는 경우, 당해 아파트는 연구원의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 그 처분으로 인한 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 아니함
회신
조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호 및 같은법 시행령 제106조 제4항 제1호의 규정에 의한 국민주택규모 이하의 주택은 부가가치세가 면제되는 것이며, 「과학기술분야정부출연연구기관등의설립․운영및육성에관한법률」에 의하여 설립된 ○○연구원이 아파트를 취득하여 종업원의 거주용도로 사용하던 중 양도하는 경우, 당해 아파트는 동 연구원의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 이의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 「법인세법」 제3조 제2항 제5호에 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니며아울러, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원 (소액주주인 임원 포함) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택에 대해서는 법인세법 시행령 제92조의 2 제2항의 규정에 의하여 「법인세법」제55조의 2 제1항 제2호가 적용되지 않습니다.
질의내용

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

법인세법 시행령 제92조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

② 법 제55조의 2 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

나. 관련 예규

○ 재법인-197, 2003.12.10.

국방과학연구소법에 의하여 설립된 비영리법인인 ○○연구소가 종사 직원의 복리후생을 목적으로 동 연구소의 소재지와 다른 장소에 소재하는 아파트를 취득하여 연구원에게 제공하다가 양도하는 경우 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 사용된 사택은 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되는 것임

○ 법인46012-10368, 2003.12.19.

○○법에 의하여 설립된 비영리법인인 ○○연구소가 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 3년 이상 계속하여 사용하던 아파트를 양도하는 경우, 당해 아파트는 동 연구소의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 이의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니함.