1. 질의내용 요약

질의법인은 (재)○○으로 ‘문묘에 배향된 ○○선생의 도학정신과 성리사상을 국내외에 널리 보급하여 도의문화를 선양’을 목적으로 설립된 비영리법인으로 이를 위해 ‘사우와 묘역(지방문화재 및 동 선조)을 관리하고 ○○선생의 기제 및 선제 묘제를 봉행하는 일’을 법인의 사업으로 행하고 있음. ○○선생의 묘는 ○○시 ○○리 산○○번지에 소재하며 ○○리 산 ○○번지 임야에는 ○○선생의 조부를 위시한 25기의 선대 묘소가 소재하는 중 산○○번지를 ○○시에서 직권으로 3필지로 분할하고 그 분할된 필지 중 ○○번지를 ○○시에서 수용함. 이 경우 ○○번지의 임야가 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 해당되어 법인세가 과세여부에 대해 질의함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998.12.28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998.12.31. 개정)

가. 관련 조세 법령

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998.12.31. 개정)

나. 관련 예규

○ 서면2팀-262, 2005. 2. 7.

고유목적사업에 직접 사용한 자산의 양도차익에 대한 법인세 과세제외는 보유중인 부동산이 당해 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대하여만 적용되는 것으로, 법인격 있는 종중이 소유 중인 선조의 묘역이 아닌 묘역이 위치한 임야의 일부가 수용되는 경우에는 해당 규정이 적용되지 않는 것임

○ 서면2팀-580, 2005. 4.22.

「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세가 과세되지 않으나 처분된 토지가 교회건물의 부지 중 일부로서 고유목적사업에 필수적으로 사용되었는지의 여부는 사실판단할 사항임

○ 서면2팀-1521, 2005. 9.23.

비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 양도차익에 대한 과세제외는「국세기본법」제13조 제1항의 규정에 의하여 종중이 법인격을 가진 경우로서 보유중인 부동산이 당해 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대하여만 적용되는 것으로 종중이 소유 중인 선조의 묘역이 아닌 묘역이 위치한 임야의 일부가 수용되는 경우에는 해당규정이 적용되지 않음

나. 관련 예규

○ 법인46012-594, 2000. 3. 2.

“고유목적사업”이라 함은 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법시행령 제2조 제1항에 규정하는 수익사업외의 사업을 말하는 것임

○ 국심2004전275, 2005. 7.12.

“고유목적에 직접 사용한 토지 등”이라 함은 “고유목적사업을 수행할 목적으로 설치된 시설물에 직접 사용한 토지”를 뜻하는 것으로 청구법인이 쟁점토지를 현실적으로 제사 등 법인의 목적사업에 직접 사용하지 않은 이상 청구법인이 고유의 목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 없음