1. 질의내용 요약

【사실관계】

- 당사는 원양어업을 영위하는 자로 어획물의 일부는 수출하고, 일부는 국내에 판매(면세에 해당) 또는 과세되는 재화로 가공하여 판매하고 있으며, 수출하는 어획물에 대해서는 부가가치세법의 규정에 따라서 면세포기를 하였음.

- 외국에서 선박을 구입하여 제3국간 화물운송이나 원양어업에 투입하여 장기간 국내입항이 곤란할 경우「대법원 등기예규」에 의한 선박 소유권 보존 등기 시 필요한 서류인 "선박신고필증" 을 "선박 미수입 사실 확인서"로 대체 하고 있음

- 선박을 해외 A국가에서 인수한 후에 곧바로 국내에 반입을 하지 않고 해외 원양어업에 사용한 후(2년 내지 3년 정도 예정) 국내에 반입을 하여 수입통관신고를 할 예정이며, 추후 수입 통관 시에 관세 및 부가가치세를 부담할 예정임(2006년 5월: 선박 인도 및 잔금청산, 2008년 상반기: 국내 통관예정)

【질의내용】

해외에서 구입한 선박을 국내 통관할 때 부가가치세법 시행령 제61조의 공통매입세액 안분계산 규정을 적용함에 있어서 최초로 공통매입세액을 안분하여야 하는 과세기간은 언제로 적용하여야 하는지, 그리고 영 제63조 납부세액 또는 환급세액의 재계산 규정을 적용함에 있어서 취득일로 보아야 하는 시점이 언제인지?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다.

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

                                 총공급가액

○ 부가가치세법 시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.