1. 질의내용 요약

당사는 지사와 본사의 매입을 구분하여 계산하지 않고 본사명의로 세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하고 부가가치세를 납부하였습니다. 이에 관할세무서에서 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의거하여 매입세액을 불공제 하였습니다.

① 세금계산서의 필요적 기재사항에 잘못이 있는 것은 사실이나 지사와 본사에서 별도로 중첩하여 공제받은 것은 아닙니다. 만약 본사 매입분과 지사 매입분을 구분하여 본사의 과다 공제분에 대하여 과세한다면 지사매입분에 대하여는 지사별로 환급받아야 할 것이라고 생각됩니다.

② 그렇다면 본사와 지사의 매입액을 구분하여 경정신고를 할 수 있는지, 당사에 공급한 공급자의 세금계산서에 수급자를 본사로 기재한 것이 어떤 영향을 미치는지 궁금합니다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

나. 유사사례(기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 서면3팀-1398, 2006.07.11.

부가가치세는 부가가치세법 제4조의 규정에 의하여 사업장마다 신고ㆍ납부하는 것으로 부가가치세 매입세액공제는 사업장마다 자기의 과세사업과 관련하여 사용할 재화 또는 용역에 대하여 지출한 매입세액 중 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의한 매입세액을 제외하고 매출세액에서 공제하는 것이므로

2개의 사업장에서 각각 사업을 영위하는 사업자가 자기의 다른 사업자 명의로 교부받은 매입세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 2의 규정에 의하여 매입세액이 공제되지 아니하는 것으로 귀 질의의 경우에는 기존 유사 질의회신문(부가46015-489, 2000. 3. 6. 및 부가22601-727, 1992. 6. 2.)을 참고하기 바람.

나. 유사사례(기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 서면3팀-2150, 2004.10.22.

1. 귀 질의 1)의 경우 본사와 직매장 등 2 이상의 사업장을 가진 사업자가 본사에서 재화의 공급계약ㆍ대금결제 등 일련의 거래를 수행하고, 단순히 운반편의 목적으로 직매장에서 직접 공급받아 판매하는 경우 세금계산서는 직매장 또는 본사 어느 쪽에서도 교부받을 수 있는 것임.

다만, 이 경우 본사에서 세금계산서를 일괄하여 교부받은 경우에는 각 직매장으로 세금계산서(총괄납부승인을 받은 사업자의 경우에는 거래명세서)를 교부하여야 함.

2. 이하생략,

3. 귀 질의 1)과 관련하여 유사사례(부가 46015-1695, 2000. 7.18.)를 참고바람.

○ 부가46015-563, 1996.03.23.

○○, 지방 등 2이상의 사업장이 있는 법인사업자가 자기의 지방사업장에서 사용ㆍ소비할 재화를 구입하기 위하여 ○○사업장에서 계약·발주·대금결제 등 거래가 이루어지는 경우 당해 재화에 대한 세금계산서는 거래가 이루어진 ○○사업장 명의로 교부받을 수 있는 것이며, 교부받은 당해 세금계산서상의 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임.

○ 서면3팀-312, 2006.02.17.

부가가치세법 제16조에서 규정한 세금계산서는 계약상 법률상의 원인에 의하여 재화나 용역을 실제 공급받은 자에게 교부하는 것으로서 재화나 용역의 실제 공급받는 자가 누구인지에 대한 판단은 계약내용, 대가의 지급관계, 유효한 계약인지의 여부 등 거래의 실질에 따라 판단하여야 하는 것이며,

또한, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우 공급받는 자를 잘못 기재하여 교부한 경우에는 기재사항의 착오로 볼 수 없으므로 같은법시행령 제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것임.

나. 유사사례(기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 부가46015-3911, 2000.11.28.

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화나 용역의 거래 없이 세금계산서를 교부하거나 교부받아 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 제출한 경우에 매출처별세금계산서합계표 제출에는 부가가치세법 제22조 제3항의 가산세가 적용되는 것이며, 매입처별세금계산서합계표 제출에 대하여는 부가가치세법 제22조 제4항, 동법 제22조 제5항의 가산세가 적용되는 것임.