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질의회신
연구개발사업을 수행하는 경우 부가가치세법 적용
서면인터넷방문상담3팀-2085생산일자 2005.11.21.
AI 요약
요지
연구개발사업 수행시 계약 및 거래 또는 행위의 관계를 사실 판단하여 부가가치세법을 적용하는 것임
회신
귀 질의의 경우에는 계약 및 거래 또는 행위의 사실관계가 불분명하여 답변 드리기 어려우나, 『연구개발사업의 수행 형태에 따른 부가가치세 과세대상 해당여부 및 면세적용의 범위, 과세표준의 계산, 매입세액의 공제범위 등 부가가치세법 적용방법』에 대한 귀 질의의 경우에는 관련된 조세법령과 유사한 질의회신사례(부가46015-105, 2001.01.15. 및 재정경제부 소비세제과-232, 2003.12.17. 외 6건)의 내용을 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다.
질의내용

1. 질의내용 요약

우리 연구조합은 산업기술연구조합 육성법에 의거 1992. 7. 7. 과학기술부로부터 인가 받아 설립된 비영리 사단법인 연구조합으로서 우리 연구조합은 국가연구개발 사업을 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발 협약서를 체결한 후 국가연구개발사업 출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적재산권 등은 동 연구조합에 귀속됨(재정경제부 소비세제과-232, 2003.12.17., 국가연구개발 사업출연금에 대한 부가가치세 과세여부와 동일한 내용의 사업을 수행하고 있음.)

그리고 위 국가연구개발사업 출연금에 대한 세무처리는 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법 시행령 제37조 제1호와 위 예규에 의거 정부출연금을 면세처리하고 있으며, 국가연구개발 사업에 실질 귀속되는 매입부가가치세액은 불공제 처리하고 있으나, 우리 연구조합이 국가연구개발사업 출연금에 대하여 부가가치세법을 바르게 해석․적용하고 있는지에 대하여 귀청에 질의하오니 회신하여 주시기 바람.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 󰡒사업자󰡓라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인․법인(국가․지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단․재단․기타 단체를 포함한다.

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. ~ 12. 생략.

13. 저술가․작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역

16. 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

17. 국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

부가가치세법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】

법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다. (1995.12.30. 개정)

1. 생략.

2. 개인․법인 또는 법인격 없는 사단․재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (1995.12.30. 개정)

(라) 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 (2000.12.29. 개정)

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

부가가치세법 시행규칙 제11조의 3 【인적용역의 범위】

①, ② 생략.

③ 영 제35조 제2호 라목에서 󰡒재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역󰡓이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.

부가가치세법 시행령 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】

법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역 (2000. 12.29. 개정)

2. 이하생략.

부가가치세법 시행규칙 제11조의 5 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등의 범위】

① 영 제37조 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. (2001. 4. 3. 신설)

② 이하생략.

부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 󰡒공급가액󰡓이라 한다)으로 한다.

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금

부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다. (1995.12.29. 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

5. 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

나. 유사사례

○ 부가46015-105, 2001.01.15.

【회신】사업자 󰡐갑󰡑이 기술을 개발함에 있어 이에 소요되는 비용 중 일부를 다른 사업자 󰡐을󰡑이 부담하기로 약정하고 당해 기술은 󰡐갑󰡑의 책임 하에 개발하여 그 개발결과물에 대한 권리를 󰡐갑󰡑과 󰡐을󰡑이 공동으로 취득하는 경우 󰡐을󰡑이 당해 개발 결과물을 취득하는 것에 대하여는 재화 또는 용역의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것이나, 단순히 󰡐을󰡑이 개발지원금만 ‘갑󰡑에 지원하고 그 결과물에 대한 권리를 취득하지 아니하는 경우와 󰡐갑’ 과 ‘을󰡑이 당해 결과물을 취득하기 위해 공동으로 기술을 개발하고󰡐갑󰡑과 󰡐을󰡑이 당해 결과물을 공동으로 취득하는 것에 대하여는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임.

【질의】○○기술개발지원사업계획에 의거 지원되는 자금 수령 시, 재화와 용역의 공급이 아닌 단순한 자금지원으로 보아 일반영수증을 발행해야 하는지, 재화와 용역의 공급으로 보고 부가가치세 과세거래 또는 면세거래로 보아야 하는지 여부

○ 재정경제부 소비세제과-232, 2003.12.17.

사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업 출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업 출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외됨.

○ 부가46015-368, 2001.02.23.

부가가치세법 시행령 제35조 제2호 라목의 독립된 사업으로 제공되는 학술 또는 기술연구용역은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질․용도 등을 개선시키는 연구용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지의 여부는 관련 내용을 종합적으로 고려하여 사실 판단할 사항임.

나. 유사사례

○ 부가46015-1795, 2000.07.26.

주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법 시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 고유사업 목적인지 여부 및 실비에 해당하는지 여부는 구체적 사실에 따라 판단할 사항임.

○ 부가46015-3851, 2000.11.27.

사업자가 국고보조금 교부대상이 되는 재화 또는 용역을 공급하고 국가 등으로부터 그 대가를 직접 교부받는 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 귀 질의와 같이 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임.

서삼46015-10767, 2002.05.09.

사업자는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항에서 규정하고 있는 불공제 되는 매입세액을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것으로 당해 매입세액과 관련된 공급대가를 지급함에 있어서 그 재원에 정부출연금이 포함되어 있는지의 여부와는 무관한 것임.

○ 부가46015-2170, 1999.07.26.

부가가치세 면세사업자는 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 공제 또는 환급받을 수 없는 것임.




나. 유사사례

○ 부가46015-1236, 1994.06.21.

부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 부가가치세 과세사업자로 등록한 사업자가 자기사업과 관련하여 신제품을 개발하는 경우 이에 관련하여 교부 받은 매입세금계산서상의 부가가치세는 매출세액에서 공제되는 것임.