1. 질의내용 요약

【내용】

주주1인과 특수관계있는 자와의 주식 등의 소유비율이 64%인 국세기본법상 과점주주에 해당되며 당해법인의 자산총액에 대한 토지 등 자산가액이 60%인 중소기업에 해당하는 비상장 영리내국법인임.

【질의】

- 위 법인의 주식 전체를 양도하는 경우 양도소득세 과세대상 및 과세방법.

- 과점주주인 현 상태에서 매도계약을 체결하고 계약금을 받은 상태에서 증자에 의하여 주주1인과 특수관계자의 소유비율을 50% 미만으로 낮춘 상태에서 잔금을 받은 경우 양도소득세 계산방법 등.

- 증자에 의한 과점주주 등의 소유비율을 50%미만으로 낮춘 다음 매매계약을 체결하고 양도하는 경우에 양도소득세 계산방법.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000.12.29. 개정)

1. ～ 2. 생략

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 󰡒주식등󰡓이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12.29. 개정)

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 󰡒주권상장법인󰡓이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 󰡒대주주󰡓라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 󰡒유가증권시장󰡓이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2000.12.29. 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 󰡒협회등록법인󰡓이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 󰡒협회중개시장󰡓이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2000.12.29. 개정)

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등 (2000.12.29. 개정)

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003.12.30. 후단신설)

4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 (2000.12.29. 개정)

가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조 제6항에서 “중소기업”이라 한다)외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 (2001.12.31. 개정)

양도소득과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등 (2000.12.29. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 10

다. 가목 및 나목외의 주식등 (2000.12.29. 개정)

양도소득과세표준의 100분의 20

5. 삭 제 (2000.12.29.)

○ 소득세법시행령 제157조【대주주의 범위】

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 󰡒대통령령이 정하는 대주주󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 󰡒대주주󰡓라 한다)를 말한다. (2000.12.29. 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 󰡒주식 등󰡓이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 󰡒주주 1인󰡓이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 󰡒기타 주주󰡓라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3(코스닥상장법인의 주식 등 및 「증권거래법 시행령」 제84조의 27 제5항의 규정에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다. (2005. 8. 5. 개정)

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원(코스닥상장법인의 주식등 및 「증권거래법 시행령」 제84조의 27 제5항의 규정에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식등의 경우에는 50억원) 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주 (2005. 8. 5. 개정)

⑥ 제4항 제2호의 규정에 의한 시가총액은 다음 각호의 금액에 의한다. (1999.12.31. 개정)

1. 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 의한다. (1999.12.31. 개정)

2. 제1호외의 주식 등의 경우에는 제165조 제4항의 규정에 의한 평가액 (2000.12.29. 개정)

○ 국세기본법시행령 제20조【친족 기타 특수관계인의 범위】

법 제39조 제2항에서 "대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다. (94.12.31. 개정)

1. 6촌 이내의 부계혈족과 4촌 이내의 부계혈족의 처

2. 3촌 이내의 부계혈족의 남편 및 자녀

3. 3촌 이내의 모계혈족과 그 배우자 및 자녀

4. 처의 2촌 이내의 부계혈족 및 그 배우자

5. 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

6. 입양자의 생가의 직계존속

7. 출양자 및 그 배우자와 출양자의 양가의 직계비속

8. 혼인 외의 출생자의 생모

9. 사용인 기타 고용관계에 있는 자

10. 주주 또는 유한책임사원의 금전 기타의 재산에 의하여 생계를 유지하는 자와 생계를 함께 하는 자

11. 주주 또는 유한책임사원이 개인인 경우에는 그 주주 또는 유한책임사원과 그와 제1호 내지 제10호의 관계에 있는 자들의 소유주식수 또는 출자액(이하 "소유주식수 등"이라 한다)의 합계가 발행주식총수 또는 출자총액(이하 "발행주식총수 등"이라 한다)의 100분의 50 이상인 법인 (98.12.31. 개정)

12. 주주 또는 유한책임사원이 법인인 경우에는 그 법인의 소유주식수 등이 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다)과 소유주식수 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다) 또는 개인 (98.12.31. 개정)

13. 주주 또는 유한책임사원 및 그와 제1호 내지 제8호의 관계에 있는 자가 이사의 과반수 이상이거나 그 1인이 설립자인 비영리법인. 다만, 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 20 이상 소유한 경우에 한한다. (98.12.31. 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 국세기본법기본통칙 4-2-19…39【사용인․기타 고용관계에 있는 자의 범위】

법인의 특정주주 1인과 사용인․기타 고용관계에 있지 않고 단순히 당해 법인의 사용인․기타 고용관계에 있는 주주는 그 특정주주 1인과는 영 제20조 제9호의 사용인․기타 고용관계에 있는 자에 해당하지 아니한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-1672, 2005.09.12.

【회신】

주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식(이하 “비상장주식”이라 함)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것이며, 비상장주식의 양도에 따른 양도차익을 산정함에 있어 그 양도가액 및 취득가액은 원칙적으로 당해 자산의 양도 및 취득당시 실지거래가액에 의하는

○ 서일46014-10603, 2001.12.12.

【제목】상장주식 등의 양도일 직전 사업연도의 지분율 3％ 미달해도 당해 사업연도 중 주식취득으로 지분율이 3％ 이상 보유하게 되는 때에는 그 취득일 이후부터 당해 사업연도 종료일까지 '대주주󰡑로 봄

【질의】본인은 거주자인 최○○로서 협회등록법인의 주식을 아래와 같이 취득 및 양도하였으며 친족 및 특수관계에 있는 자의 보유주식은 없음. 아래의 주식 변동내역 중 2001.11. 5. 주식양도 시에는 본인의 주식소유지분이 발행주식총수의 3％에 미달하므로 대주주의 주식양도가 아니라고 사료되나, 이 경우에 소득세법시행령 제157조 제4항의 대주주의 주식양도에 해당되는지 여부

- 아 래 -

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

【회신】주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식지분율이 3％에 미달하더라도 당해 사업연도 중 주식취득으로 지분율이 3％ 이상 보유하게 되는 때에는 소득세법시행령 제157조 제4항 제1호의 규정에 따라 그 취득일 이후부터 당해 사업연도 종료일까지 대주주로 보는 것임.

【보충설명】

ｏ 상장․협회등록법인의 주식이 아닌 비상장․비등록법인의 주식은 모든 주식이 양도소득세 과세대상이나, 상장․협회등록주식은 대주주 주식에 한하여 양도소득세 과세대상임(단, 소액주주가 장외거래하는 경우는 양도소득세 과세대상임).

ｏ 대주주란 직전사업연도의 종료일 현재 지분율이 3％ 이상이거나 주식의 시가총액이 100억원 이상인 주주1인 및 기타주주를 말함. 또한 직전사업연도의 종료일 현재 지분율이 3％ 미달하더라도 그 이후 주식을 추가 취득하여 3％를 초과하는 경우 3％ 초과일 이후부터 당해연도 말까지는 대주주에 해당함.

○ 서일46014-11381, 2002.10.21.

【회신】대주주가 양도하는 협회등록법인의 주식은 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상에 해당하는 것이며,

이 경우 당해 협회등록법인의 대주주에 해당하는 지의 여부는 같은법시행령 제157조 제4항 제1호 전단의 규정에 따라 당해 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하는 것임.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-322, 2006.02.17.

【회신】

「소득세법」 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함함, 이하 “주식 등”이라 함)으로서 「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하지 아니하는 법인의 주식 등을 같은법 같은령 제157조 제4항 각호의 규정에 해당하는 대주주가 1년 미만 보유하고 양도하는 주식 등에 대하여는 당해 주식 등의 양도소득 과세표준의 100분의 30에 해당하는 세율을 적용하는 것임.

▶ 주식 등에 대한 양도소득세 세율 보충설명

양도소득세 과세대상 주식 등을 양도한 경우의 양도소득세 세율은 다음과 같음

(소법 §104 ① 1호, 2호의 8 및 4호).