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질의회신
톤세특례적용기업간 합병시 피합병법인 법인세 과세표준 계산 특례 적용 여부
서면인터넷방문상담2팀-1676생산일자 2006.08.31.
AI 요약
요지
해운기업에 대한 과세표준 계산특례요건을 충족하는 법인이 톤세적용기간동안 선박 및 선박에 대한 외항운송활동을 동일하게 승계 후 유지하는 해운회사간 흡수합병을 하는 경우 법인세 과세표준 계산 특례를 적용받는 것임
회신
귀 질의의 경우 내국법인 중 해운법상 외항운송사업의 영위 등 조세특례제한법 제104조의 10의 규정에 의한 요건을 충족하는 법인이 톤세적용기간동안 선박 및 선박에 대한 외항운송활동을 동일하게 승계 후 유지하는 해운회사간 흡수합병을 하는 경우 법인세 과세표준 계산 특례를 적용받는 것입니다.
질의내용

1. 질의내용 요약

○ 事實關係

조세특례제한법 제104조의 10 규정에 의하여 2005사업연도부터 해운기업의 과세표준계산특례 적용을 받은 A사(존속법인, B사의 지분 100%를 소유)와 B사(소멸)가 흡수합병하면서 A사는 B사의 선박 및 선박에 대한 외항운송활동을 동일하게 승계 후 유지하고, 같은 법 같은 조에 의한 법인세 과세표준 계산 특례의 적용요건을 충족함.

○ 質疑內容

상기와 같은 경우 소멸한 피합병법인(B)이 톤세적용기간동안 법인세신고분에 대해 합병법인이 선박 및 선박에 대한 외항운송활동을 동일하게 승계 후 유지하고, 같은 법 같은 조에 의한 법인세 과세표준 계산 특례의 적용요건을 충족하는 경우 피합병법인의 톤세적용은 그대로 인정되는지 여부

2. 질의내용에 대한 참고자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

조세특례제한법 제104조의 10 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

① 내국법인 중 해운법상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 “해운기업”이라 한다)의 법인세 과세표준은 다음 각호에 의하여 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. (2004.12.31. 신설)

1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 “해운소득”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 “선박표준이익”이라 한다) (2004.12.31. 신설)

개별선박표준이익 = 개별선박순톤수 × 1톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률

2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 “비해운소득”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액 (2004.12.31. 신설)

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 “과세표준계산특례”라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 “과세표준계산특례적용기간”이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. (2004.12.31. 신설)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 통산하지 아니하며, 해운소득에 대하여는 이 법, 국세기본법 및 조약과 제3조 제1항 각호에 규정된 법률에 의한 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다. (2004.12.31. 신설)

④ 해운소득에 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니한다. (2004.12.31. 신설)

⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각호의 금액 계산시 공제하지 아니한다. (2004.12.31. 신설)

⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. (2005.12.31. 개정)

⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 법인세법 제63조 제4항의 규정에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고, 동법 제63조 제4항 제1호 및 제2호의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다. (2004.12.31. 신설)

⑧ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 1톤당 1운항일이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부실적 및 외국의 운영사례 등을 감안하여 선박의 1톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령으로 정한다. (2004.12.31. 신설)

⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 법인세법을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로

정한다. (2004.12.31. 신설)

나. 관련 예규 (예규, 심사, 심판, 대법원 판례)

○ 서면2팀-1654. 2005.10.17.

창업중소기업세액감면을 적용받던 기업을 흡수합병하는 경우 합병존속법인이 중소기업에 해당하는 경우 피합병법인의 사업에서 발생한 소득에 대하여 잔존감면기간 동안 창업중소기업세액감면을 적용받을 수 있음

【질의】

(질의1)

조세특례제한법 제6조의 규정에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 각각 적용받고 있는 당사(A법인-합병법인: 창업벤처중소기업으로 조세특례제한법 제6조에 의거 2004사업연도까지가 세액감면대상 기간임)가 B법인(피합병법인-창업벤처중소기업으로 조세특례제한법 제6조에 의거 2006사업연도까지가 세액감면대상 기간임)을 흡수합병한 경우 2005사업연도에 당사(A법인-합병법인)는 창업벤처중소기업 세액감면기간이 종료되었으나 합병으로 소멸한 B법인(피합병법인)에서 발생한 소득에 대하여는 2005사업연도에 창업벤처중소기업 세액감면을 적용받을 수 있는지의 여부

(질의2)

당사(A법인-합병법인)의 검색사업부와 피합병법인(B법인)의 게임사업부는 동일한 사업장에 있는 바, 2005사업연도에 당사(A법인-합병법인)의 검색사업부 등에 발생한 소득에 대하여 창업벤처중소기업 세액감면이 종료되었으므로 중소기업특별세액감면을 적용하고 피합병법인(B법인)의 게임사업부에서 발생한 소득에 대해서는 당사(A법인-합병법인)가 피합병법인의 세액감면을 승계하기 위한 요건(중소기업이면서 벤처기업에 계속 해당하는 경우)을 충족하는 경우 잔존감면기간 이내이므로 창업벤처중소기업 세액감면을 적용하는 것이 가능한 것인지의 여부

【회신】

1. 귀 질의의 경우, 법인이 「조세특례제한법」 제6조의 규정에 의하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받던 법인을 흡수합병하는 경우,
합병으로 존속하는 법인이 같은법 시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 때에는 합병으로 소멸한 법인의 사업에서 발생하는 소득에 대하여 그 피합병법인의 잔존감면기간 동안 승계하여 세액감면을 적용받을 수 있는 것이며,

나. 관련 예규 (예규, 심사, 심판, 대법원 판례)

2. 같은법 제127조의 규정에 의한 세액감면의 중복배제 요건을 판단함에 있어서 합병 후 동일한 사업장의 동일한 사업연도에 대하여 합병법인의 사업과 피합병법인의 사업을 구분 경리한 경우,
합병법인은 합병법인 관련 사업에서 발생한 소득에 대하여는 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받고, 당초 피합병법인 관련 사업에서 발생한 소득에 대하여는 잔존감면기간 동안 같은법 제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면을 동시에 적용받을 수 있는 것임.