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특별부가세의 산출세액 계산 적용법령
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질의회신
특별부가세의 산출세액 계산 적용법령
서면인터넷방문상담2팀-1027생산일자 2005.07.07.
AI 요약
요지
비영리법인이 1사업연도 중 수 차례 양도한 토지를 합산 신고하지 않은 경우 특별부가세의 과세표준에 대한 결정을 하는 것임
회신
구「법인세법」제103조 및 제104조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 비영리내국법인은 부동산 등 양도소득의 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 보는 것이나,1사업연도 중 수 차례 양도한 토지를 합산하여 신고하지 아니한 경우에는 구「법인세법」제103조 제3항에 의하여 특별부가세의 과세표준에 대한 결정을 하는 것이며, 이 때, 양도소득과세표준 예정신고 납부세액은 기납부세액으로 공제하는 것입니다.
질의내용

1. 질의내용 요약

<사실관계>

수익사업이 없는 비영리내국법인이 2001년 3차례 토지를 양도하고 구 「법인세법」제103조 및 구「법인세법」제104조에 의한 [비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례] 규정에 의한 신고를 하지 못하여, 법인세 신고기한내에도 무신고 하게 됨

(1) 첫 번째 양도 : 신고 및 납부

(2) 두 번째 양도 : 신고 및 납부( 첫 번째 양도분 합산신고)

(3) 세 번째 양도 : 법인세 무신고, 양도소득세 신고방법으로 신고

                 ( (1), (2) 양도분 합산신고 않음)

<질의내용>

이 경우에 처분청은 수익사업이 없는 비영리법인에 대한 부동산 양도에 대한 징수세액의 결정에 있어서 어떠한 근거법령에 의해 어떠한 세액을 결정하여 징수하여야 되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 구 법인세법 제99조 【과세표준】(2001.12.31 삭제)

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것)

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

○ 구 법인세법 제101조 【세율】(2001.12.31 삭제)

① 법인의 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 제99조의 규정에 의한 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 미등기양도토지등의 경우 과세표준의 100분의 30

2. 제1호외의 경우 과세표준의 100분의 15

○ 구 법인세법 제102조【신고․납부․결정․경정 및 징수】(2001.12.31 삭제)

① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고․납부․결정․경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고․납부․결정․경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고․납부․결정․경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항의 규정을 준용한다.

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 구 법인세법 제103조 【비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】 (2001.12.31, 삭제)

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 󰡒부동산등 양도소득󰡓이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고납부결정경정 및 징수에 관하여는 제102조의 규정을 준용한다. (1998. 12. 28 개정)

④ 제1항 내지 제3항에 규정하는 부동산등 양도소득에 대한 특례의 적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 구 법인세법 제104조【비영리내국법인의 양도소득과세표준의 예정신고 등】

  (2001.12.31, 삭제)

① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2000. 12. 29 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

소득세법 제110조【양도소득과세표준 확정신고】

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29 단서신설)

소득세법 시행령 제173조【양도소득과세표준 확정신고】

④ 법 제110조 제4항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 경우󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (2000. 12. 29 신설)

1. 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조 제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우 (2000. 12. 29 신설)

나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서이 46012-10827 , 2001.12.28

수익사업을 영위하지 아니하던 비영리법인이 사업연도 중에 부동산을 양도하고 법인세법 제103조 및 제104조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 후 같은사업연도 중에 법인세법시행령 제2조에 규정된 수익사업을 개시한 경우 당해 비영리법인은 그 부동산의 양도차익 등에 대하여 법인세법 제60조의 규정에 의한 각사업연도소득에 대한 법인세와 같은법 제102조의 규정에 의한 특별부가세를 신고하여야 하는 것이며, 이 경우 제102조의 규정에 의한 특별부가세 신고시 예정신고 납부세액을 기납부세액으로 공제하는 것이나 소득세법 제108조 규정의 예정신고 납부세액 공제에 상당하는 금액은 이를 공제하지 아니하는 것임

○ 서이 46012-10292, 2001.10.04

학교법인이 교육용 기본자산 또는 수익용 자산인 토지 등을 양도하는 경우 법인세법 제2조와 제99조 및 제103조의 규정에 의하여 특별부가세 납세의무가 있는 것이며, 조세특례제한법 제81조에 규정된 요건을 충족하여 양도하는 경우에는 특별부가세가 면제되는 것이나 귀 질의의 경우가 이러한 요건을 충족하는지 여부는 사실관계에 따라 판단할 사항임