1. 질의내용 요약

이월공제 대상인 연구및인력개발비세액공제와 임시투자세액공제가 2001년과 2002년 귀속사업연도에 동시에 있는 법인이 조세특례제한법 제144조의 규정에 의하여 세액공제액의 이월공제를 적용함에 있어서 공제순서

《갑설》세액공제액의 종류에 관계없이 발생순서에 따라 2001년 이월공제액부터 세액공제한다

《을설》조세특례제한법 제144조 제2항의 규정에 “미공제금액이 중복되는 경우”의 의미에서 “중복”의 의미가 세액공제 종류가 다른 경우까지를 포함하는 규정인지 불분명하고, 세액공제 종류가 다른 경우, 세액공제 종류별로 농특세 과세여부가 다를 수 있으므로 2001.12.29.의 법률 개정취지와 같이 세액공제 순서를 납세자의 선택에 따라 세액공제 종류별로 정할 수 있도록 하여(2003.12.30. 개정전 규정은 일반 세액공제 이월공제연한 4년. 연구및인력개발비세액공제는 7년이었음) 납세자가 유리한 방법으로 세액공제할 수 있도록 함

* 세액공제 종류에 관계없이 반드시 발생순서에 따라 공제하는 경우 농특세만 납부하고 농특세 비과세 세액공제는 이월공제받지 못하고 세액공제기한이 만료되는 경우도 있을 수 있음