1. 질의내용 요약

국세기본법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체인 교회로서 관할세무서에 고유번호 신청을 하였는 바, “×××-89-×××××”를 부여받았음. 이에 “89”코드로 은행예금에 대한 이자가 발생하여 원천징수 당하였고, 법인세 신고과정에서 “89”가 개인으로 보는 임의단체임이 발견되어 이를 관할 세무서에 당연 법인인데 잘못 교부하였으므로 정정교부를 요구하였는 바

담당자가 정정 교부는 안되고, 신규 신청으로 하여 다시 교부를 요청하면 법인으로 보는 단체로서 “82”코드로 재 교부를 해 주겠다고 하여 그리 하였는 바

기왕에 "89"코드로 잘못 부여되어 원천징수된 세액에 대하여 당연 법인으로 보는 단체인 교회에서 기납부세액으로 할 수 없는 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단재단 기타 단체(이하 󰡒법인격이 없는 단체󰡓라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정)

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정)

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22 개정)

1. 사단재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22 개정)

2. 사단재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유관리할 것 (1994. 12. 22 개정)

3. 사단재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994.12.22 개정)

나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-1510, 1999.04.22

【질의】

다음과 같은 대한예수교○○(합동측) 총회(이하 총회라 함)에 소속된 각 교회의 납세지에 대하여 질의함

(교회와 총회의 관계)

총회는 그 산하에 노회를 두었고, 각 교회는 그러한 노회에 직접 소속되어 있음. 총회나 노회는 각 교회의 중요한 사안 즉, 담임목사의 취임이나 사임 또는 교회 폐쇄 등의 경우 그 처리에 승인을 하는 등 도움을 주고 있으며, 각종 선교행사도 공동으로 개최함. 그리고 교회는 교인수에 따라 노회에 󰡒상회비󰡓를 납부하고, 노회는 그 중 일정액을 총회에 납부함. 각종 선교행사비용은 그때그때 각 교회가 조금씩 부담함

한편, 각 교회의 동산, 부동산을 막론하고 모든 재산은 각 교회가 관리함. 영리적으로 표현하면 독립채산제에 해당함. 모든 재산권 행사를 누구의 간섭도 없이 각 교회에서 하고 있음. 이러한 상황에서 각 교회에서 재산의 일부 임대등 수익이 발생하게 되어 사업자등록을 하고 납세의무를 이행하려 함

(질의내용）각 교회가 독립채산제로 운영하는 수익사업부분에 대한 법인세 신고 에 있어서

(1) 명목상으로만 소속된 총회 단위로 비영리법인의 소득을 신고해야 하는지.

(2) 실질 과세원칙에 따라 실제 독립채산제로 운영되고 있는 각 교회 단위로 신고 납부해야 하는지를 질의함

참고로 법인 46012-21, 1995. 1. 5 질의회신 내용을 보면 법인의 지점, 영업소 또는 기타 사업장이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 그 사업장의 소재지를 납세지로 한다고 하였음

【회신】

본 질의의 경우 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 교회가 총회와는 독립적인 정관, 조직, 회계 등에 의하여 운영되고 자신의 책임과 계산하에 수익과 재산을 독립적으로 소유 또는 관리하고 있는 경우에는 동 교회를 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격 없는 단체로 보는 것이므로 당해 교회의 사업장 소재지를 납세지로 하여 법인세법 제3조 제2항에서 열거된 수익사업에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고․납부하는 것임

나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 심사종소99-256, 1999.7.9

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인 아닌 단체의 납세번호가 부여된 법인격 없는 단체인 교회를 법인으로 보아 이자소득 원천납부세액을 환급할 수 있는지를 가리는 데 있다.

사업자등록증명원(1997. 6. 18) 및 고유번호증(1999. 3. 25)에 의하면 ○○교회에 1995. 10. 21 법인 아닌 단체의 납세번호(224-89-00×××)가 부여되었다가 1999. 3. 3 ○○교회가 고유번호 정정을 요청하여 1999. 3. 25 법인으로 보는 단체의 고유번호(224-82-06×××)로 정정하여 교부되었음이 확인되고 ○○은행 원주지점 발행 원천징수영수증에 의하면 1997. 12. 31 ○○교회 명의로 개설된 신종적립신탁(계좌번호 : 303-18-0065-2××)의 이자 112,1I1,402원에 대하여 1998. 6. 29 및 1998. 12. 28 22,857,090원의 세액이 원천징수되었음을 알 수 있다.

(2) 판단

당초 1995. 10. 21 ○○교회가 부여받은 법인 아닌 단체의 납세번호로 1998. 6. 29 및 1998. 12. 28 이 건 원천징수가 이루어진 것은 사실이나 실질내용을 살펴보면, ○○교회는 주무관청의 허가 등을 받아 설립된 단체는 아니나 주무관청의 허가를 받아 설립된 재단법인 대한예수교 장로회 총회(합동측) 유지재단 소속 개별교회로서 종교라는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있고 그 재산의 관리, 사용 및 회계처리등 모든 운영이 독립적으로 이루어지므로 국세기본법 제13조 제1항 제1․2호의 규정에 의하여 법인격 없는 사단․재단 기타 단체 중 법인으로 보는 단체에 해당된다 할 것이며 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 반드시 승인을 얻어야 법인으로 인정받을 수 있는 단체는 아니라 할 것이므로 청구교회를 비영리내국법인으로 보아 세법을 적용함이 타당하다 할 것(심사법인98-173 1998. 8. 14, 징세46101-703 1998. 3. 25, 법인46012-1510 1999. 4. 22외) 이다.

그러므로, 처분청은 청구교회가 법인세법 제26조의 규정에 의한 신고기한 이내에 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고서의 내용이 정당한지의 여부를 검토하여 국세기본법 제51조 제5항 및 제52조 제6호의 규정에 의하여 국세환급금을 결정하여야 할 것인데도 법인 아닌 단체의 납세번호로 원천징수되었다 하여 환급을 거부한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.