1. 질의내용 요약

A법인은 로라 제직을 하는 중소법인으로 사업연도가 2003.10.01-2004.09.30으로 2004.12.31 2004년 귀속 법인세를 신고․납부하였음

A법인은 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면 해당업종으로 금번 법인세 신고시 개정된 감면율에 따라 수도권외 중소기업(대전소재)15%를 적용하여 감면세액을 산정하여야 하였으나 착오로 30%의 감면율을 적용하여 감면세액을 과다산정 법인세를 과소납부 하였음

반면에 A법인은 2000년도 기계장치의 취득으로 임시투자세액공제 신청액 5,554,000원이 2004귀속(2003.10.01-2004.09.30)까지 이월되어 있었음 - 2004사업연도가 4년이 되는 사업연도임

위와 같이 A법인이 금번 법인세 신고․납부시 중소기업특별세액감면을 과다산정 하였기에 수정신고를 하려고 하는데 전시와 같이 2000년도(1999.10.01-2000.09.30)의 이월된 임시투자세액공제를 추가 공제하여 수정신고를 할 수 있는지 여부를 질의함(동시에 수정신고를 하더라도 농어촌특별세는 납부하여야 함)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】의 구법:2000.12.29 법률 제6297호, 개정

제127조 【중복지원의 배제】

④ 제6조제7조, 제31조 제4항제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항제2항, 제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정은 이를 적용하지 아니한다. (2000. 12. 29 개정)

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】의 구법:1999.12.28 법률 제6045호, 개정

제127조 【중복지원의 배제】

④ 제6조, 제31조 제4항제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조 내지 제68조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 이 법 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제62조 제1항제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 이 법 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정은 이를 적용하지 아니한다. (1999. 12. 28 개정)

☞ 2001.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 투자세액공제와 중소기업특별세액면의 중복적용배제가 적용됨.