1. 질의내용 요약

○ 사실관계

1. 0000투자증권 주식회사(구 □□증권 주식회사, 이해 “0000투자증권”이라 함)는 2000.3.월말 기준으로 누적결손금 1조 9천여억원, 순부채 1조 2천억여원 등으로 경영상태가 매우 악화되자 금융감독당국의 권고 및 △△그룹 구조조정본부의 지침 등에 따라 경영개선계획을 수립, 추진하게 되었고 당시 0000투자증권의 대주주 혹은 △△그룹 계열사로서 0000투자증권의 부실에 대하여 사회적 책임을 져야하는 지위에 있었던 주식회사 ▲▲반도체(구 ▽▽전자 주식회사, 이하 “▲▲반도체”라함), ◁◁상선 주식회사(이하 “◁◁상선”이라 함), ◀◀ 주식회사(이하 ◀◀“라 함)는 0000투자증권이 200. 6. 15. 금융감독원에 제출한 경영개선계획에 참여하기로 하고, 같은 날 0000투자증권과 동 경영개선계획의 이행과 관련한 합의서를 체결하였음

2. 상기 합의서의 요지는, (1) ▲▲반도체는 00정보기술 주식 9,622,000주, 00택배 주식 317,000주, 00오토넷 주식 7,774,000주를, ◁◁상선은 00정보기술 주식 1,336,000주, 00택배 주식 500,000주를, ◀◀는 00정보기술 주식 200,000주를 0000투자증권을 위하여 예탁한다. (2)0000투자증권은 2000.3월말 기준 자기자분 부족분 1조 2천억여원을 2000. 12월말까지 완전히 해소할 수 있도록 최선의 노력을 경주한다. (3) 만일 0000투자증권이 2000.12월말까지 자기자본 부족분을 해소하지 못하는 경우 그 부족분에 상당하는 가액을 한도로 하여 위와 같이 예탁된 주식을 2001.2월말일까지 0000투자증권에 현물출자하기로 한다. (4) 0000투자증권은 자구노력의 이행상황, 관련법규와 감독당국의 입장 등을 종합적으로 고려하여 현물출자와 관련한 증자의 일시 및 방법, 발행주식수, 발행가액 기타 필요한 사항을 결정하고, 출자될 구체적인 주식의 선정 및 현물출자검사를 위한 감정인의 선정 등 현물출자에 관한 전적인 재량권을 갖는 대신 선량한 관리자의 의무를 다하여 행사하여야 한다, (5) 현물출자로 인하여 ▲▲반도체, ◁◁상선, ◀◀가 부담하게 되는 증권거래세, 주식양도차익에 대한 법인세 등의 각종 조세공과금 및 출자에 부수하여 발생하는 일체의 비용은 출자대상주식에 의하여 충당하기로 한다, (6) ▲▲반도체, ◁◁상선, ◀◀는 현물출자에 필요한 모든 권한과 조세공과금 및 비용의 납부를 0000투자증권에게 위임한다는 것이었음

1. 질의내용 요약

3. 0000투자증권은 ☆☆로부터의 외자유치 등 자본확충 노력을 경주하였으나 그 성사가 계속 지연되었고 결국 2000.12월말까지 자기자본 부족분을 해소하지 못함에 따라 위 합의서 및 금융감독당국의 요청에 따라 2001. 1. 22. 이사회에서 현물출자에 의한 유상증자를 결의하고 , 2001. 2. 9. 예탁된 현물출자대상주식 중 현물출자에 따라 ▲▲반도체, ◁◁상선, ◀◀가 부담하게 될 것으로 추산된 증권거래세, 양도차액에 대한 법인세, 주민세 합계액을 제외한 나머지 주식을 현물출자(이하 “본건 현물출자”라 함)하였음

4. 본 건 현물출자 대상주식의 가치는 회계법인의 감정평가에 의하여 산정되었고, 1주당 신주발행가액은 액면가인 5,000원으로 정해졌음. ▲▲반도체가 0000투자증권에 현물출자한 투자유가증권의 현황은 아래와 같고, ▲▲반도체는 그 대가로 0000투자증권 보통주식 43,946,312주를 취득하였음. 한편, ▲▲반도체의 2001 사업연도 이월러결손금 총액은 약 3,827,432백만원 이었고, 이로 인하여 ▲▲반도체는 동 사업연도에 법인세를 부과 받지 아니하였음

(단위 : 백만원, 천주)

5. 0000투자증권은 2003.11.25. 예금보험공사 및 0000금융과 주식양수도계약을 체결하였고, 2004. 1. 3. 금융감독위원회로부터 부실금융기관으로 지정됨과 동시에 금융산업의구조개선에관한법률 제12조 제3항에 따라 기존주식 전부에 대해 무상소각에 의한 감자(자본감소)명령을 받았으며, 2004. 2. 26. 위 감자명령을 실행하고, 예금보험공사로부터 위 주식양수도계약에서 정한 기준에 따라 순자산부족액 이상의 공적자금을 투입 받았음

○ 질의내용

위와 같은 사실관계 하에서 2001. 2. 9. 0000투자증권에 현물출자된 ▲▲반도체의 투자유가증권의 시가와 동 현물출자로 ▲▲반도체가 취득한 0000투자증권 주식 시가의 차액에 대하여 법인세법 제52조의 부당행위계산의 부인 규정이 적용되어야 하는지에 대하여 아래와 같이 두 가지 견해가 있어 질의함

(갑 설) 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용된다

(을 설) 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다