1. 질의내용 요약

1차 연도에는 100% 감면, 2차연도에는 감면받지 아니한 법인이 1차연도에 시가 200인 자산을 특수관계자로부터 300에 고가 매입하여 세무조정으로 (1차연도) 익금산입(부당행위 부인) 100(기타사외유출) / 손금산입(자산감액) 100(△유보) 처분하고, 2차 연도에 당해 자산을 처분하였으므로 익금산입(△유보 추인) 100 (유보) 하여야 하나, 이와 같은 세무조정 사항을 누락한 경우

- 경정 시 위 사례에 있어 조세특례제한법 제128조 제3항 등의 적용방법

(갑설) 1차연도 : 위 세무조정 (세액 영향 없음)

   2차연도 : 익금 산입 금액 상당 세액 추징

(을설) 1차연도 : 위 방법으로 세무조정하고, 익금산입 금액 감면 배제하여 추징

      ⇒ 1차․2차연도에 동시 추징으로 이중과세?

   2차연도 : 갑설과 동일

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2004. 7. 26. 개정)

○ 조세특례제한법시행령 제122조 【과소신고소득금액의 범위】

법 제128조 제3항에서 “대통령령이 정하는 과소신고금액”이라 함은 법인의 경우에는 법인세법시행령 제118조의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】

① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항제5항, 제32조 제4항, 제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제104조의 9, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2004.10.5. 개정)

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 영위하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 자산부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다. (2002. 12. 11 개정)

○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. (2001. 12. 31 후단개정)

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다) (1998. 12. 28 개정)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 (1998. 12. 28 개정)

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. (1998. 12. 28 개정)

4. 제58조의 3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. (2003. 12. 30. 신설)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. (2001. 12. 31 개정)