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현물출자에 따른 특별부가세 이월과세 적용분 과세여부
서면인터넷방문상담2팀-2178생산일자 2004.10.27.
AI 요약
요지
현물출자에 따른 특별부가세 이월과세를 적용 받은 분으로서 2002. 1. 1. 이후 당해 자산을 양도하는 경우에는 특별부가세가 과세되지 아니하는 것임
회신
내국법인이 자산을 현물출자하여 새로운 내국법인을 설립하면서 현물출자한 자산에 대하여 조세특례제한법 제38조(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 특별부가세 이월과세 적용을 받은 후 현물출자 받은 신설법인이 이를 양도하는 경우에는 특별부가세가 과세되는 것이나, 특별부가세 폐지에 따라 2001.12.31. 이전에 이월과세를 적용 받은 분으로서 2002. 1. 1. 이후 당해 자산을 양도하는 경우에는 특별부가세가 과세되지 아니하는 것입니다.
질의내용

1. 질의내용 요약

○ 사실 관계

갑법인은 1999.7.1 을법인으로부터 부동산과 기계장치를 현물출자 받아 설립되었으며, A제품의 제조가 완료되는 시점에 이 건 현물출자로 취득하게 된 건축물 B(이하 “쟁점 건축물”이라 함)를 당초의 소유자인 을법인에게 다시 매각하기로 을법인과 약정을 체결하였음.

을법인은 쟁점 건축물에 대하여 (구)조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항의 규정에 의하여 특별부가세 과세특례를 적용 받았음.

갑법인은 A제품의 제조가 완료된 2002.2.에 이 건 현물출자 당시 을법인과 체결한 약정 내용에 따라 쟁점 건축물을 을법인에게 양도하였음.

○ 질의 사항

특별부가세의 과세제도가 폐지된 2002.2.에 쟁점 건축물을 양도한 경우에 있어서도 양도자인 갑법인은 쟁점 건축물에 대한 현물출자자 을법인의 취득가액을 갑법인의 취득가액으로 하여 특별부가세를 납부하여야 하는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

조세특례제한법 제38조 (현물출자에 대한 과세특례)

①내국법인이 다음 각호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인(독점규제및공정거래에관한법률에 의한 지주회사 및 금융지주회사법에 의한 금융지주회사를 제외하며, 이하 이 조에서 "신설법인"이라 한다)을 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있으며, 특별부가세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세를 적용받을 수 있다.

1. 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자할 것

2. 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자할 것

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

조세특례제한법시행령 제35조 (현물출자에 대한 과세특례)

①법 제38조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 법인이 사업에 직접 사용하던 자산으로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 토지

2. 건축물

3. 제3조제2항의 규정에 의한 자산

⑤법 제38조제1항의 규정에 의하여 내국법인이 자산을 현물출자하여 신설법인을 설립하는 경우 당해 내국법인에 대하여는 특별부가세를 과세하지 아니하고, 그 대신 신설법인이 당해 자산을 양도하는 경우에 당해 내국법인의 취득가액을 신설법인의 취득가액으로 보아 신설법인의 양도가액에서 이를 차감한 금액에 대하여 특별부가세를 과세하는 방법으로 이월과세를 적용받을 수 있다.

⑩제9항의 규정을 적용받고자 하는 출자법인은 현물출자일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 현물출자에 관한 명세서 및 과세이연금액에 대한 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

법인세법 제99조 ~ 제108조 (2001.12.31. 삭제)

○ 부칙 <제5581조, 1998.12.28.>

제1조 (시행일)

이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제8조, 제16조, 제17조, 제33조, 제34조, 제36조, 제46조 내지 제49조, 제59조, 제63조, 제79조, 제81조, 제84조, 제86조 및 제99조제11항의 개정규정(분할에 관한 부분에 한한다) 및 제29조제1항의 개정규정은 공포한 날부터, 제28조제2항 내지 제4항 및 제76조제5항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터, 제76조제9항제1호 및 제121조제2항의 개정규정은 1999년 7월 1일부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 해산 또는 합병하거나 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용하고, 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

2. 질의내용에 대한 자료

나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 재재산-203, 2004.02.13

[질의]

조세특례제한법 제32조[법인전환에 대한 양도소특세의 이월과세]규정 적용방법과 관련하여 다음과 같은 이견이 있어 질의함

(질의내용)

2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전 조세특례제한법 제32조 규정에 의하여 “법인전환에 대한 양도소득세 이월과세󰡓대상 사업용자산을 양수한 법인이 2002.1.1.이후 이를 양도하는 경우 이월과세 적용방법

〈갑설〉 양도소득세 산출세액 상당액을 법인세로 납부함.

(이유) 부칙 제2조에서 개정규정은 2002.1.1. 이후 양도분부터 적용하도록 규정하고 있고, 법인전환시점에 부담하였어야 할 개인의 양도소득세 상당액을 법인의 자산양도 시점까지 이월함으로써 법인전환을 지원하려는 제도취지와 개인의 양도소득세와의 형평성 측면에서 개인이 소유한 기간동안에 발생한 양도차익에 대하여는 과세하여야 함

〈을설〉 개인이 보유하고 있던 기간의 양도차익에 특별부가세율을 곱하여 산출한 금액 상당액을 법인세로 납부함

(이유) 부칙 제25조의 규정은 2001.12.31. 이전에 의월과세 적용받은 고정자산을 2002.1.1. 이후 양도하는 경우에 적용하는 것이므로 현물출자일 이후 법인이 보유하고 있던 기간에 대한 특별부가세는 면제하고 개인이 보유하고 있던 기간에 대한 특별부가세는 납부하여야 함

〈병설〉 특별부가세 또는 양도소득세 상당액을 법인세로 납부할 의무가 없음.

(이유) 부칙 제25조의 규정은 2001.12.31. 이전에 이월과세 적용받은 고정자산을 2002.1.1. 이후 양도하는 경우에 적용하는 것이고, 2002.1.1. 이후 특별부가세제도가 폐지되었으므로 특별부가세 또는 양소득세상당액을 법인세로 납부의무가 없는 것으로 보는 것이 타당함

[회신]

개인이 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하면서 당해 사업용 고정자산에 대하여 조세특례제한법 제32조(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정전의 것)의 규정에 의하여 양도소득세 이월과세 적용을 받은 후 당해 사업용자산을 양수받은 법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 경우 특별부가세가 과세되나, 특별부가세 폐지(2001.12.31. 법률 제6558호로 법인세법중개정법률)에 따라 2001.12.31. 이전에 이월과세 받은 분에 대하여는 특별부가세가 과세되지 아니함

2. 질의내용에 대한 자료

나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면2팀-352, 2004.03.03

[질의]

개인사업자가 2001.12.31. 이전에 법인전환을 하면서 조세특례제한법 제32조의 규정에 의하여 이월과세를 적용받은 부동산을 법인전환 후 주주가 변경된 상황에서 새로운 주주가 당해 부동산을 2002.1.1. 이후 양도하는 경우 이월과세를 적용받은 양도소득세의 처리방법에 대하여 양설이 있음

〈갑설〉 이월과세된 양도소득세는 법인세의 특별부가세로 과세되는 것이나 2002.1.1. 이후 양도분부터는 특별부가세가 과세되지 아니하는 것이므로 이월과세 적용분에 대하여는 특별부가세가 면제되는 것임

〈을설〉 2001.12.31. 이전에 법인전환하면서 이월과세를 적용받은 부동산을 2002.1.1. 이후 양도하는 경우에도 개인사업자가 법인전환할 당시 납부하여야 할 양도소득세액을 법인세로 납부하여야 하는 것임

[회신]

개인이 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하면서 당해 사업용 고정자산에 대하여 조세특례제한법 제32조(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 양도소득세 이월과세를 적용받은 후 당해 사업용 고정자산을 양수받은 법인이 이를 양도하는 경우 특별부가세가 과세되나, 특별부가세 폐지에 따라 2001.12.31. 이전에 이월과세를 적용받은 분으로서 2002.1.1. 이후 양도하는 사업용 고정자산에 대하여는 특별부가세가 과세되지 아니하는 것임