1. 질의내용 요약

○ 사실관계

당해 법인은 반도체집적회로개발을 주업으로 하는 중소기업으로서 연구전담부서를 두고 개발사업을 진행하고 있는 바, 중소기업은 올해부터 최저한세 적용대상에서 제외되는 것으로 개정되었음.

     사례(과세표준은 1억이며 기타의 공제감면세액은 없음)

     ― 2004년도 법인세 산출세액 : 1,500만원

     ― 2004년도 법인세 최저한세 : 1,000만원

     ― 2004년도 연구및인력개발비세액공제 : 2,000만원

     ― 이월된 연구및인력개발비세액공제 : 3,000만원

○ 질의내용

2004년도 납부할 법인세액과 이월될 연구및인력개발비세액공제액은 ?

(갑설) 납부할 법인세 : 1,000만원, 이월공제액 : 4,500만원

이유 ⇒ 종전에 이월된 연구및인력개발비세액공제중 500만원만 공제되고 나머지는 최저한세로 인하여 차후로 이월되며 2004년도에 발생한 연구및인력개발비세액공제는 이월된다.

(을설) 납부할 법인세 : 0원, 이월공제액 : 3,500만원

이유⇒ 종전에 이월된 연구및인력개발비세액공제중 500만원만 공제되고 나머지는 최저한세로 인하여 차후로 이월되며 2004년도에 발생한 연구및인력개발비세액공제액은 최저한세가 적용되지 아니하므로 1,000만원은 공제되며 나머지는 차후연도로 이월된다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세】

① 내국법인(제72조 제1항의 규정을 적용받는 조합법인 등을 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 100분의 15(중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제7조의 2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도 세액공제대상금액에서 대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제10조의 2, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제30조의 4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액 (2004. 7. 26. 개정)

○ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의 2, 제10조 내지 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제30조의 4, 제94조, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다. (2004. 7. 26. 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

나. 관련 예규 (예규, 심사, 심판, 행정소송)

○ 서면2팀-2373(2004.11.17)

【질의】

당사는 제조업을 영위하는 중소기업으로서 법인세부담세액 계산시 연구및인력개발비세액공제와 임시투자세액공제를 적용받고 있는 바 2004년도부터 세법개정으로 중소기업의 경우 연구및인력개발비세액공제에 대하여는 최저한세의 적용이 배제되고 있으므로 세액공제의 순위에 있어서 다음과 같이 질의코저 함

(甲說)

최저한세 적용대상이 아닌 임시투자세액공제를 먼저 적용하여 공제할 수 있는 금액을 산정하고 그 다음으로 최저한세 적용대상이 아닌 연구및인력개발비세액공제를 적용한다

(乙說)

세법에 적용순서에 대한 명확한 규정이 없으므로 회사의 필요에 의하여 임의대로 적용하면 되는 것임

⇒ 농특세를 부담하지 아니하기 위하여 연구 및 인력개발비세액공제를 전액 공제 받고 임시투자세액공제는 이월하여 공제받는다

【회신】

중소제조업을 영위하는 법인이 법인세과세표준 및 세액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 제132조의 규정에 의하여 최저한세의 적용이 배제되는 연구 및 인력개발비세액공제와 적용대상인 임시투자세액공제가 함께 있는 경우 적용순서는 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것임