1. 질의내용 요약

○ 사실관계

질의 관련 법인은 2000년 12월에 사옥을 완공 후 즉시 계열사에 매각하여 현재 사옥 소유자는 계열법인이며, 현 건물에 임차하여 본점 및 지점 용도로 사용 중에 있음, 동 건물의 2000년 12월에 매각 시 매매차익에 대해서 조세특례제한법 제51조의 금융산업구조개선에 따른 부동산 양도에 대한 특별부가세를 감면(100%) 받은 것으로 그 후 자구계획이행기간(3년) 동안 자구계획이행실적을 매년 국세청에 기 통보하여 완료한 상태이며, 감면 받은 특별부가세는 현재 자본계정의 기업합리화 적립금에 계상되어 있음

○ 질의내용

2000년 12월 조세특례제한법 제51조(2001. 12. 29삭제)에 의거 매각 시 매매차익에 대한 특별부가세를 기 감면 받은 바 동일 물건을 계열사로부터 질의법인이 매입 시에 따른 기 감면 특별부가세의 추징 등의 영향이 없는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제51조 【금융산업구조개선에 따른 부동산양도에 대한 특별부가세의 감면】(삭 제, 2001. 12. 29)

① 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제2조 제3호의 규정에 의한 부실금융기관(이하 󰡒부실금융기관󰡓이라 한다)이 동법 제10조의 규정에 의한 적기시정조치(이하 이 조와 제52조제117조제119조 및 제120조에서 󰡒적기시정조치󰡓라 한다) 또는 동법 제14조 제2항의 규정에 의한 계약이전의 결정(이하 이 조와 제52조제117조제119조 및 제120조에서 󰡒계약이전결정󰡓이라 한다)에 의하여 보유부동산을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (1998. 12. 28 개정)

② 예금보험공사, 정리금융기관 및 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관(이하 제52조에서 󰡒인수금융기관󰡓이라 한다)이 적기시정조치 또는 계약이전결정에 따라 부실금융기관으로부터 부동산을 취득하여 당해 부동산을 취득한 날부터 5년(대통령령이 정하는 경우에는 1회에 한하여 6월의 범위안에서 이를 연장할 수 있다) 이내에 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (1999. 12. 28 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 세액감면신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

나. 관련 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 특별부가세 폐지

법인세법 제99조 내지 제109조

2002년 1월 1일 이후 양도분부터 특별부가세 폐지

○ 이월과세. 과세이연된 특별부가세의 처리

특별부가세 폐지에 따라 이미 이월과세.과세이연 받은 분에 대하여는 특별부가세 면제하고 별도의 부칙규정을 두지 않음

○ 제도46012-12534,2001.08.03

인수금융기관이 계약이전결정으로 부실금융기관으로부터 󰡐부동산을 취득할 수 있는 권리󰡑를 인수받아 양도한 경우, 금융산업구조개선에 따른 부동산양도에 대한 특별부가세 감면적용됨

○ 법인46012-3614,1999.10.01

정리금융기관이 적기시정조치 등에 따라 부실금융기관의 비업무용부동산을 업무용으로 사용하다가 매각하는 경우 특별부가세 50％감면 적용됨

○ 서면2팀-1907,2004.09.13

조세특례제한법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 것) 제37조 제1항의 규정에 의하여 부동산을 양도하고 특별부가세를 면제받은 자구금융기관이 당해 금융기관의 감독기관의 장이 승인(변경승인을 포함함)한 자구계획서상 사용예정일까지 동 양도대금을 사용하지 아니한 때에는 같은조 제3항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징하는 것임

○ 서면2팀-880,2004.04.26

2001.12.31. 이전 구법인세법 규정에 의해 특별부가세 이월과세를 적용받은 분으로서, 2002.1.1. 이후 양도하는 자산은 특별부가세가 과세되지 않음