1. 질의내용 요약

당사(○○운하주식회사)는 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(현재는 사회간접자본시설에 대한 민간투자법)에 따라 1998.03.17 건설교통부로부터 ○○운하민간투자사업의 사업시행자로 지정받은 후 사회간접자본시설에대한민간투자법(이하 “민간투자법”이라한다)상 사회간접시설에 해당하는 ○○운하를 건설하기로 실시협약을 체결하였으며, 동 협약을 근거로하여 1999.09.21 설립됨

정부와 체결한 실시협약에 따르면 당사는 ○○운하를 건설한 후 준공과 동시에 정부에 기부채납하고 관리운영권을 부여받아 40년간 대상시설의 이용자들에게 사용료를 징수하여 투자비를 회수하도록 되어 있었음

당사는 실시협약에 근거한 ○○운하 본사업을 추진하여 오던 중, 본 사업구역 중 일부인 굴포천 유역이 홍수피해가 예상되므로 시급한 치수대책이 확보되어야 한다는 정부 요청에 인식을 같이하고 굴포천임시방수로 건설을 위한 보충협약을 체결함

<보충협약내용>

- 서문 : ○○운하민간투자사업구역 중 환경영향평가 협의를 완료한 굴포천임시방수로건설사업의 우선시행과 관련하여 정부와 회사가 기존에 체결한 실시협약에 추가하여 보충협약을 체결한다.

- 제3조(실시협약과 보충협약의 관계) 제1항 : 이 협약은 실시협약을 보충하는 협약으로서 실시협약과 동일한 효력을 갖는다. 실시협약을 변경하고자 하는 경우에도 보충협약의 내용이 포함된다.

- 제5조(총사업비 및 총민간사업비) 제1항 : 이 사업(굴포천임시방수로건설사업)의 총사업비는 실시계획 승인시 잠정 결정하되, 차후 본 사업(○○운하전체)에 대한 총사업비 확정시 본사업 총사업비에 포함하여 최종확정한다.

당사는 상기와 같은 보충협약에 근거하여 2003.06.30 굴포천임시방수로를 준공하여 2004.07.01 동 시설을 정부로부터 인수위임받은 한국수자원공사에 인계함

당사의 목적사업인 ○○운하민간투자 전체사업은 환경영향평가미완료와 경제성을 이유로 정부내에서 재검토되었으며 2004.07.01 정부(건설교통부)는 당사에게 ○○운하 민간투자사업 실시협약 해지 및 사업시행자 지정취소를 통보하였으며 현재 정부와 당사는 계약해지시 지급금에 대하여 협상 중에 있음

해지시 지급금은 실시협약에 근거한 ○○운하 본사업에 대한 조사비, 설계비 및 공사비 등 제반 투입비용 등을 모두 포괄(보충협약에 근거한 굴포천임시방수로에 대한 대가를 포함한다는 의미임)한 것임

(질의)

실시협약의 해지로 인해 당사가 받는 해지지급금이 영세율 적용되는지 여부

실시협약 해지와 관련한 당사의 세금계산서 교부시기

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. (2003. 12. 30. 후단개정)

3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역 (2001. 12. 29 개정)