1. 질의내용 요약

당사는 2002년 3월에 중구 신당에 소재하는 부지에 아파트 신축공사를 발주처인 X건설과 건축면적 600평,평단가 2.4백만원에 일괄계약을 하면서 부가세 별도로 표기하여 계약을 하였음. 당 건축공사는 전용면적이 국민주택규모이하인 전용면적 25평 미만으로 조세특례제한법 제106조 제1항 4호 규정에 의하여 부가세를 포함하지 않은 공급가액을 총계약 도급금액으로 하여 계약함. 1차 건축면적이 당초 600평에서 632평으로 변경되어 총도급 금액을 증액변경할 때 매입부가세 별도로 표기한 부분을 부가세 포함으로 변경하여 표기하도록 요구하여 발주처 요구대로 계약서를 작성함. 최종 정산시 추가물품 설치 건을 같은 조건으로 47백만원을 추가하여 증액변경 도급계약함. 당시 기성수령시마다 당사는 조세특례제한법에 의하여 면세용역계약이며, 계약 총금액은 부가세 포함되지 않은 평당 공사단가에 면적을 곱한 금액으로 계약하였으므로 계산서를 발행하여 교부하고 쌍방이 부가세 신고시 제출완료하였음. 당사는 용역제공이 2003년 12월 31일 종료되어 잔액계산서를 발행하여 교부하고 잔금요청을 하였으나 발주처인 X건설은 2차 증액계약분에 부가세 포함이라 표기한 사항을 들어 최종정산금액에는 부가세가 포함되어 있으므로 그동안 이미 신고한 계산서를 파기하고 세금계산서를 교부하여 주고 발주자인 본인이 부가세 신고시 공제받지 못한 부가세를 당사에서 부담하여 줄 것으로 요청한 사항임. 이 경우 당해 용역제공분에 대하여 세금계산서로 재발행하여야 하는지 아니면 기 교부한 계산서가 합당한 것인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 (2000. 10. 21 제목개정)

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의 2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다. (2003. 12. 30. 후단개정)

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (2003. 12. 30. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

④ 법 제106조 제1항 제4호에서 󰡒대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역󰡓이라 함은 다음 각호의 것을 말한다. (2002. 12. 30 개정)

1. 제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 (2002. 12. 30 개정)

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법전기공사업법소방법정보통신공사업법주택법 및 오수분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것 (2003. 11. 29. 개정 ; 주택건설촉진법시행령 부칙)

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서 건축사법에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것 (2002. 12. 30 개정)

나. 관련․유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사․심판례, 예규)

○ 제도46015-10786,2001.04.25

1. 세대당 전용면적이 국민주택규모 이하의 다세대 주택과 당해 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법․전기공사업법 또는 소방법에 의하여 면허를 받은 자와 정보통신공사업법에 의하여 허가를 받은 자 및 주택건설촉진법에 의하여 등록한 자가 공급하는 주택건설용역에 대하여는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이며, 이 경우 당해 재화 및 용역 공급에 대하여는 소득세법 규정에 의한 계산서를 교부하여야 하고, 관련 매입세액은 공제되지 아니하는 것이나,

2. 세대당 전용면적이 국민주택규모를 초과하는 다세대 주택이나 면허․허가․등록 등이 없이 국민주택 건설용역을 제공하는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 당해 재화 및 용역공급에 대하여는 부가가치세법 규정에 의한 세금계산서 및 영수증을 교부하여야 하고, 관련 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제가능한 것임