1. 질의내용 요약

당사는 신약발굴을 전문으로 하는 벤쳐기업으로서 외부의 다른 기업과 계약을 맺고 신약의 후보물질이 될 수 있는 화합물질을 개발하여 상대방 기업의 이름으로 특허를 등록하고 그 대가로 정액 용역비와 경상기술료를 수령하는 기업임. 당사가 수령한 용역비에 대하여 당사가 용역 및 재화(특허권) 공급자로서 세금계산서를 교부하여 부가세를 거래징수하고 납입한 바, 계약상대방의 기업의 세무조사에서 이와 같은 용역은 면세용역에 해당한다고 하는 바, 이의타당 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

13. 저술가·작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역

16. 종교·자선·학술·구호·기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】

법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다. (1995. 12. 30 개정)

2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (1995. 12. 30 개정)

(라) 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 (2000. 12. 29 개정)

○ 부가가치세법 시행규칙 제11조의 3 【인적용역의 범위】

③ 영 제35조 제2호 라목에서 󰡒재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역󰡓이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. (2001. 4. 3 신설)

나. 관련․유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사․심판례, 예규)

○ 부가46015-368,2001.02.23

부가가치세법시행령 제35조 제2호 라목의 독립된 사업으로 제공되는 학술 또는 기술연구용역은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질․용도 등을 개선시키는 연구용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 관련내용을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임

○ 부가46015-1411,1996.07.12

개인․법인 또는 법인격없는 사단․재단․기타 단체가 독립된 자격으로 학술연구용역․기술연구용역을 제공하고 그 대가를 받거나 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 용역에 대하여는 부가가치세법시행령 제35조 제2호 (라)목 및 동법시행령 제37조 제1호 규정에 의해 각각 부가가치세가 면제되는 것으로, 이 경우 제공되는 용역이라 함은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위한 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등을 연구하는 것을 말하는 것임

다만, 이미 개발된 학술 또는 기술의 연구결과를 단순히 이용한 분석 또는 활용자료의 제공용역은 부가가치세가 면제되는 학술연구용역 또는 기술연구용역에 해당하지 아니하는 것임

○ 부가46015-2351,1999.08.06

사업자가 타인의 위탁에 의해 과학기술을 응용하여 특정물체의 성분을 연구․분석․평가 등을 행하는 용역(귀 질의의 󰡒물성분석󰡓)은 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 동법시행령 제35조 제2호 라목의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 학술연구용역․기술연구용역에 해당되지 아니하는 것임