1. 질의내용 요약

<사실관계>

질의자는 제조업을 영위하는 개인사업자임

종합소득에 대한 정기분세무조사를 받고 조사착수후 과세관청에서 조사결과에 대한 납세고지가 나오기 전에 국세기본법 제45조의 규정에 의한 수정 신고를 하였음. 다만, 추가적으로 조세특례제한법 제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면을 적용하여 수정신고한 것임

과세관청에서는 동 감면을 적용배제하여 수정신고에 대한 미납부부분에 대하여 고지처분하였음

<질의요지>

이러한 과세관청의 감면배제처분이 적법한 것인 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (1994. 12. 22 개정)

○ 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2004. 7. 26. 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 징세46101-2938(1997.11.10)

과세적부심사사무처리규정 제5조에 의한 결정전 통지를 받은 경우에도 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전이므로 국세기본법 제45조에 의한 수정신고는 할 수 있으나, 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고서를 제출한 경우에는 동법 제49조에서 규정하고 있는 수정신고에 의한 가산세의 감면이 배제되는 것임

○ 징세46101-1651(2000.11.28)

국세기본법 제45조 제1항 본문에서 󰡒당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다󰡓함은 당해 국세의 납세고지서가 납세자에게 도달되기 전까지 과세표준수정신고서 제출할 수 있다는 것을 말하는 것임

○ 재조예46019-88(2003.03.29)

【질의】

(상황)

개인사업자로서 거래처의 조사에 의하여 확인된 2001. 6. 25 거래분으로 매출 누락금액 10,000,000원을 당사에서 과세기관의 경정전에 전액 입금 산입하여 소득세를 수정신고와 함께 추가 세액을 납부했음. 추가납부세액 계산시 조세특례제한법 제7조에 의한 중소기업특별세액감면을 적용하여 계산했으나 과세기관에서는 국세청(서일 46011-10120, 2003. 1. 29)예규에 의해서 수입금액 누락은 과소신고소득에 해당하기 때문에 조세특례제한법 제128조 제3항에 의하여 수정신고와 관계없이 감면세액을 배제해야 한다고 함

(질의)

질의인의 의견으로는 과세기간에서 경정하기 전에 수정신고를 했기 때문에 조세 특례제한법 제7조를 적용하여 중소기업특별세액감면을 하는 것이 타당하다고 생각되어 질의함.

【회신】

조세특례제한법 제128조 제3항에 의하여 과세관청이 경정을 하는 경우에는 과소 신고금액에 대하여 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것이나, 수정신고를 하는 경우는 과소신고금액에 대하여도 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임