1. 질의내용 요약

한국은행은 「공공자금관리기금법」제8조(관리기금의 운용 및 관리)에 의거 재정경제부장관으로부터 위탁받아 공공자금관리기금의 운용 및 관리에 관한 사무를 수행하는데, 동 기금은 국채 발행을 통하여 자금을 조달하고 있으며, 국채의 통합발행(추가발행)시 발생하는 발행자부담 세액에 대하여 소득세법 제46조(채권등에 대한 소득금액의 계산과 지급조서의 제출 등에 대한 특례) 및 동법 시행령 제102조의2 (채권등의 매도 및 국채 등의 추가발행에 따른 환급)에 의거 환급받았으나, 2004.06월부터 국채발행제도가 변경(국고채권의발행및국고채전문딜러운영에관한규정 개정,2004.06.05)됨에 따라 국채의 최초발행시에도 발행일과 매출일이 달라서 종전 국채 통합발행시와 같은 발행자 부담세액이 발생하였는바, 이 경우에도 현행 소득세법의 환급관련 규정을 적용하여 환급이 가능한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제46조 【채권등에 대한 소득금액의 계산과 지급조서의 제출등에 대 한 특례】 (2000. 12. 29 제목개정)

① 제16조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제6호 및 제7호에 규정하는 채권 또는 증권과 다른 사람에게 양도가 가능한 증권으로서 대통령령이 정하는 것(이하 이 조에서 “채권 등”이라 한다)에서 발생하는 이자와 할인액(이하 이 조에서 “이자 등”이라 한다)은 당해 채권 등의 상환기간 중에 보유한 거주자 또는 비거주자(이하 이 조에서 "거주자 등" 이라 한다)에게 그 보유기간별 이자상당액이 각각 귀속되는 것으로 보아 소득금액을 계산한다. (2004. 12. 31. 개정)

② 거주자 등이 발행법인 또는 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “발행법인 등”이라 한다)으로부터 채권 등의 이자 등을 지급(전환사채의 주식전환 및 교환사채의 주식교환의 경우를 포함한다. 이하 같다)받거나 채권 등의 이자 등을 받기 전에 발행법인 등에게 매도(증여ㆍ변제 및 출자 등 채권 등의 소유권 또는 이자소득의 수급권의 변동이 있는 경우와 매도를 위탁ㆍ중개ㆍ알선시키는 경우를 포함하되,

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

환매조건부채권매매거래 등 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우 세액의 징수에 관하여는 그 채권 등의 발행일 또는 직전 원천징수일을 시기로 하고, 이자 등의 지급일등 또는 채권 등의 매도일등을 종기로 하여 대통령령이 정하는 기간계산방법에 따른 기간(이하 이 조에서 “원천징수기간”이라 한다)의 이자상당액을 제16조의 규정에 의한 이자소득으로 보고, 당해 발행법인 등을 원천징수의무자로 하며, 이자 등의 지급일등 또는 채권 등의 매도일 등 대통령령이 정하는 날을 원천징수시기로 하여 제127조 내지 제131조ㆍ제133조ㆍ제156조ㆍ제164조 및 제164조의 2의 규정을 적용한다. (2004. 12. 31. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거주자 등이 원천징수기간중 당해 채권 등을 보유한 기간을 대통령령이 정하는 바에 따라 입증하지 못하는 경우에는 원천징수기간의 이자상당액이 당해 거주자 등에게 귀속되는 것으로 보아 소득금액을 계산한다. (2004. 12. 31. 개정)

④ 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 수익자(수익자가 특정되지 아니하거나 존재하지 아니하는 경우에는 신탁의 위탁자 또는 그 상속인)에게 당해 소득이 귀속되는 것으로 보아 소득금액을 계산한다. (2004. 12. 31. 개정)

⑤ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 채권 등의 보유기간 및 원천징수기간의 이자상당액의 계산방법과 보유기간의 입증방법 그 밖에 원천징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2004. 12. 31. 개정)