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질의회신
중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세
서면인터넷방문상담4팀-2048생산일자 2004.12.15.
AI 요약
요지
법인설립 후 1년이 경과되었다면 “과점주주”라 하더라도 이월과세를 적용받을 수 있는 것이며 이에 해당하는 지에 대해서는 구체적인 사실관계를 확인하여 판단할 사항임
회신
현행 조세특례제한법시행령 제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) 제1항 후단에서는 “설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있는 바상기 규정에서 “설립”이란 ��법인설립등기일��을 의미하는 것이며, 법인설립 후 1년이 경과되었다면 “과점주주”라 하더라도 이월과세를 적용받을 수 있는 것이며, 귀 질의가 이에 해당하는 지에 대해서는 구체적인 사실관계를 확인하여 판단할 사항입니다.
질의내용

1. 질의내용 요약

부동산 임대업자로서 의류 임가공시설(토지,건물)을 임대하고 있으며, 의류 임가공 및 제조업을 하고 있는 법인의 대표이사로서 지분 60%의 1대주주임

위 경우 개인소유로 되어있는 관련 부동산을 대표이사로 있는 법인에 통합할 경우 조세특례제한법 제31조를 어떻게 적용받는 지

갑설 : 법인의 과점주주이므로 이월과세를 받을 수 없다

을설 : 법인의 사업연도가 1년 이상이므로 이월과세 된다

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

O 조세특례제한법 제31조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 󰡒사업용고정자산󰡓이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인(이하 이 조에서 󰡒통합법인󰡓이라 한다)에게 양도하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과적용신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

④ 제6조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항의 규정에 의하여 세액감면을 받는 내국인이 제6조제64조 또는 제121조의 규정에 의한 감면기간이 경과되기 전에 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 잔존감면기간에 대하여 제6조제64조 또는 제121조의 규정을 적용받을 수 있다. 다만, 제121조의 규정을 적용함에 있어서는 제1항의 규정에 의한 통합전에 취득한 사업용 재산에 한한다.(1999.8.31 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

⑤ 제63조의 규정에 의한 수도권외의 지역으로 이전하는 중소기업 또는 제68조의 규정에 의한 농업회사법인이 제63조 또는 제68조의 규정에 의한 감면기간이 경과되기 전에 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 잔존감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조의 규정을 적용받을 수 있다. (2001. 12. 29 개정)

⑥ 제144조의 규정에 의한 미공제세액이 있는 내국인이 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인의 미공제세액을 승계하여 공제받을 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

O 조세특례제한법시행령 제28조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조 제1항에서 󰡒대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합󰡓이라 함은 제130조 제2항의 규정에 의한 소비성서비스업(당해 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 당해 사업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. (2002. 12. 30 개정)

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것 (1998. 12. 31 개정)

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것 (2003. 12. 30. 개정)

② 법 제31조 제1항에서 󰡒대통령령이 정하는 사업용고정자산󰡓이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. (2001. 12. 31 개정)

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

④ 법 제31조 제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용 재산에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다. (2000. 1. 10 개정)

⑤ 법 제31조 제4항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 제5조 제9항 또는 제61조 제3항의 규정을 준용하여 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 31 개정)

⑥ 법 제31조 제5항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다. (2002. 12. 30 개정)

⑦ 법 제31조 제5항의 규정을 적용받고자 하는 법인의 감면신청에 관하여는 제60조 제4항 또는 제65조의 규정은 이를 준용한다. (2001. 12. 31 개정)

⑧ 법 제31조 제6항의 규정에 의하여 미공제세액을 승계한 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자의 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다. (2002. 12. 30 개정)

O 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】

② 제1항 제2호에서 󰡒과점주주󰡓라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들(이하 󰡒과점주주󰡓라 한다)을 말한다. (2003. 12. 30. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

O 서면인터넷방문상담2팀-445,2004.03.16

1. 귀 (질의 1)의 경우 부동산임대업을 주업으로 하는 중소기업은 조세특례제한법 제31조 제1항과 같은법시행령 제28조 제1항 및 제130조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것임.

2. (질의 2)의 경우 2개 법인간의 신설합병시 합병계약 및 주주구성, 합병에 따른 제반 회계처리내용 등을 알 수 없어 정확하게 회신하기 어려우나, 법인세법 제16조 제1항 제2호(각목의 1에 해당하는 금액을 자본전입하는 경우를 제외함)의 규정에 의하여 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자에 전입함으로써 취득하는 주식 등의 가액에 대하여는 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 것으로 보는 것임

O 서면인터넷방문상담4팀-10940,2003.07.16

현행 조세특례제한법시행령 제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) 제1항 후단에서는 󰡒설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다󰡓라고 규정하고 있는 바,

상기 규정에서 󰡒설립󰡓이란 󰡒법인설립등기일󰡓을 의미하는 것이며, 법인설립후 1년이 경과하였더라도 조세의무를 면탈하기 위하여 휴업기간이 있는 경우에는 그 휴업기간을 제외하고 같은 규정을 적용하는 것임

O 법인46012-658,2000.03.09

설립 후 1년이 경과하지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한함)의 사업을 승계하는 것은 통합으로 보지 아니하므로 조세특례제한법 제31조의 규정에 의한 이월과세를 적용받을 수 없는 것임

O 재일46014-2242,1998.11.20

1. 조세감면규제법시행령 제28조 제2항에서 같은령 제37조의 3 제1항 각호의 1에 해당하는 사업이라 함은 그 사업을 주업으로 하는 경우를 말하는 것임

2. 조세감면규제법 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세는 통합되는 중소기업이 같은법시행령 제28조의 규정에 의한 요건을 갖춘 경우에 적용되는 것이며, 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 국세기본법 제39조 제2호의 규정에 의한 과점주주의 사업을 승계하는 경우에는 이를 통합으로 보지 아니하므로 양도소득세 등의 이월과세는 적용되지 아니하는 것임