1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 부동산 소재지 : 충남 □□시 소재 4필지(지목 : 전)
- 취득일자 : 1979.7.6 (매매)
- 양도일자 : 2004.7.26(대한주택공사의 공공용지 협의매수)
- 기타 : 2003.5.29 투기지역으로 지정됨
- 2004.9.30 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고 및 자진납부(일부 8년 자경농지 감면포함) 하였음
- 이후 조세특례제한법 제85조가 2004.12.31 신설되어 2005.1.1 이후 신고분부터는 지정지역내의 토지라 하더라도 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날 전에 취득한 토지로서 공익사업용으로 양도하는 경우 기준시가로 신고를 할 수 있도록 개정되었으나, 이를 모르고 경정청구 및 확정신고를 하지 아니하였음
○ 질의내용
2004년도에 실지거래가액에 의해 예정신고 및 자진납부를 한 경우 확정신고기한이 경과한 이후에 조세특례제한법 제85조 규정을 적용하여 기준시가로 경정청구가 가능한지
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】<2005.12.31 조세특례제한법 법률 제7839호로 개정되기 전>
거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2004. 12. 31. 신설)
1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)
2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)
3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)
4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 (2004. 12. 31. 신설)
5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004. 12. 31. 신설)
○ 조세특례제한법 부 칙 (2004. 12. 31. 법률 제7322호)
제12조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】
제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
○ 소득세법 제96조 【양도가액】<2005.12.31 소득세법 법률 제7837호로 개정되기 전>
① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2002. 12. 18 개정)
1 ~ 6 생략
6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 (2002. 12. 18 신설)
7. 이하생략
○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】<2005.12.31 소득세법 법률 제7837호로 개정되기 전>
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. (2000. 12. 29 개정)
나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 (2000. 12. 29 개정)
다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2002. 12. 18 개정)
2. 이하생략
나. 관련 예규 (법률, 시행령, 시행규칙)
○ 서면4팀-2120, 2005.11.09
【질의】
가. 보상협의 공고일 : 2005.4.27.(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한법률)
나. 도시계획시설결정(공공청사 및 문화체육센터) 고시일 : 2005.6.20.(국토의 이용 및 계획에 관한법률)
다. 보상협의실시 : 2005.9.8. ∼ 현재(위의 나항의 근거로 실시)
라. 실시계획인가일 : 2005.11월 예정(국토의 이용 및 계획에 관한법률)
1. 조세특례제한법 제85조 “지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례” 규정과 관련하여 위의 나항 “도시계획시설결정일”을 근거로 보상협의를 하고 있는 경우, 사업인정고시일(실시계획인가일)전에 협의 매수한 토지도 동법의 규정을 적용받을 수 있는지.
2. 당해 사안을 인지하지 못해 이미 납세한 경우 차후 확인원을 발급받아 환급받을 수 있는지.
【회신】
1. 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 「조세특례제한법」 제85조 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날 및 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역으로 지정한날 중 가장 빠른날)전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함)하는 경우에는 그 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있는 것이며, 이는 2005.1.1.이후 양도소득 과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 적용함.
2. 2004년도에 「소득세법」 제96조 제1항 제6호의 2에서 규정하는 지정지역에 소재한 부동산을 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액(같은법 제97조 제1항 규정에 의하여 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액으로 신고한 경우 포함)에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준에 대한 예정신고 및 자진납부를 2004년도에 이행한 경우 확정신고 기한 이전에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 있는 것이나, 확정신고 기한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없는 것임
○ 법규과-600, 2005.10.12
2004년도에 「소득세법」 제96조제1항제6호의2에서 규정하는 지정지역에 소재한 부동산을 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액(같은법 제97조제1항 규정에 의하여 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액으로 신고한 경우 포함)에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준에 대한 예정신고 및 자진납부를 2004년도에 이행한 경우 확정신고 기한 이후에는 기준시가로 경정등의 청구를 할 수 없는 것임