※ 붙임 : 관련 참고자료

※ 붙임자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

- 2005.10월 취득임대, 2006.03월 임대사업자 등록, 국민주택으로 기준시가3억이하임.

- 건축물의 층별 용도 및 임대사업자 등록

 ․ 1층 : 근린생활시설

 ․ 2층 : 4세대 다세대주택으로 임대사업등록하여 임대 ,구분등기 불가.

 ․ 3층 : 4세대 다세대주택 임대사업자등록하여 임대함, 구분등기 가능.

 ․ 4층 : 4세대 다세대주택 임대사업자등록하여 임대함, 구분등기 가능.

 ․ 5층 : 다세대주택으로 1주택 임대 1주택 주인거주, 구분등기 가능.

 ○ 질의내용

- 위의 경우 임대주택의 임대개시일의 기산일 및 구분등기가 불가함에 따른 구청에 임대사업자등록을 못한 경우 당해 주택에 대하여 임대주택으로 중과세율이 적용 배제되는지 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액󰡓이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

○ 소득세법시행령 제167조의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 󰡒대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택󰡓이라 함은 국내에 주택(제1호에 해당하는 주택을 제외한다)을 3개 이상

소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2003. 12. 30. 신설)

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 󰡒수도권󰡓이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설)

가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법 제3조 제3항제4항의 규정에 의한 읍면 (2003. 12. 30. 신설)

나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설)

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다. (2005. 5. 31. 개정)

가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설)

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설)

다. 「임대주택법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 5. 31. 개정)

9. 주택의 가액 및 면적 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 일정 규모 이하의 소형주택 (2003. 12. 30. 신설)

10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의 2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) (2005. 12. 31. 개정)

③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. (2005. 2. 19. 개정)

⑤ 제4항의 규정을 적용받은 1세대가 장기임대주택 등의 의무임대기간 또는 의무무상기간의 요건을 충족하지 못하게 되는 사유(제1항 제2호 각목 및 제3호의 규정에 의한 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6월을 경과하게 된 경우를 포함한다)가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1호에서 제2호의 세액을 차감한 금액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 수용 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 당해 의무임대기간 또는 의무무상기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 당해 임대주택 등을 계속 임대하거나 무상으로 사용하는 것으로 본다. (2005. 2. 19. 단서개정)

1. 일반주택 양도당시 당해 임대주택 등을 제1항 제2호 내지 제4호의 규정에 의한 장기임대주택 등으로 보지 아니할 경우에 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부하였을 세액 (2003. 12. 30. 신설)

2. 일반주택 양도당시 제4항의 규정을 적용받아 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부한 세액 (2003. 12. 30. 신설)

○ 소득세법시행규칙 제82조 【소형주택 등의 범위】 (2005. 12. 31. 제목개정)

① 영 제167조의 3 제1항 제9호 및 제167조의 4 제3항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 일정규모 이하의 소형주택”이라 함은 다음의 요건을 모두 갖춘 주택(「건축법 시행령」 별표 1의 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 말한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비구역(종전의 「주택건설촉진법」에 의하여 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 2003년 12월 31일 이전에 취득한 것일 것 (2004. 6. 3. 신설)

2. 대지면적이 120제곱미터 이하이고, 주택의 연면적(영 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하일 것 (2004. 6. 3. 신설)

3. 동 주택 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것 (2004. 6. 3. 신설)

② 영 제167조의 5 제1항 제8호 및 제167조의 6 제3항 제8호에서 “재정경제부령이 정하는 주택”이라 함은 주택의 양도당시 법 제99조의 규정에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택을 말한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(종전의 「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 영 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. (2005. 12. 31. 개정)④ 영 제167조의 3 제5항 각호외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 의하여 수용(협의매수를 포함한다)되거나 사망으로 인하여 상속되는 경우를 말한다. (2005. 12. 31. 항번개정)

○ 임대주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다. (2000. 1. 12. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 등록한 자는 그 등록한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 경미한 사항의 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 1. 12. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2000. 1. 12. 신설)

○ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 (2000. 12. 29. 제목개정)

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (1999. 12. 28. 개정)

② 「부가가치세법」의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 「부가가치세법」 제5조의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

④ (삭제, 1996. 12. 30.)

⑤ 사업장소재지 관할세무서장은 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 고유번호를 부여할 수 있다. (2005. 12. 31. 개정)

⑥ (삭제, 2000. 12. 29.)

○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

(2001. 12. 31. 제목개정)

① ～ ④

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것 (1998. 12. 31. 개정)

2. (삭제, 2001. 12. 31.)

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 (1998. 12. 31. 개정)

3의 2. (삭제, 2001. 12. 31.)

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것 (1998. 12. 31. 개정)

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 (2001. 12. 31. 개정)

⑥ 생략

나. 관련 예규 (법률, 시행령, 시행규칙)

○ 서면4팀-1361, 2005.08.01

【질의】

(사실관계)

1. 본인은 2001.5.16. 주택임대사업자등록을 한 사업자임.

2. 주택의 임대현황

   ┌───────┬──────┬─────────────────────┐

   │ 소 재 지 │ 취득일 │ 비 고 │

   ├───────┼──────┼─────────────────────┤

   │○○동 13평형 │ 1999.12.27.│재건축중이며 2006.2. 입주예정, 43평형 배정│

   ├───────┼──────┼─────────────────────┤

   │△△동 14평형 │ 2001.4.26. │임대중 │

   ├───────┼──────┼─────────────────────┤

   │△△동 22평형 │ 2001.4.26. │임대중 │

   ├───────┼──────┼─────────────────────┤

   │△△동 18평형 │ 2001.5.29. │임대중 │

   ├───────┼──────┼─────────────────────┤

   │△△동 14평형 │ 2001.7.20. │임대중 │

   ├───────┼──────┼─────────────────────┤

   │◇◇동 13평형 │ 2002.3.11. │재건축중이며 2005.1. 입주예정, 32평 배정 │

   └───────┴──────┴─────────────────────┘

3. 위와 같이 임대를 하고 있었으나 2주택이 재건축으로 인하여 2주택 모두 가액이 3억원을 넘게 되었고, 그 중 1주택은 면적이 25.7평을 넘게 되었음.

(질의사항)

1. 위의 임대주택이 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율 적용이 제외되는 장기임대주택에 해당하는지.

2. 약 3년간의 건축기간을 임대기간에 포함하는지.

【회신】

1. 「소득세법」 제168조에 의한 사업자등록(2003.10.29. 현재 「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자등록을 하였으나 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004.6.30.까지 사업자등록을 한 때에는 임대사업자등록일에 사업자등록을 한 것으로 본다)과 임대사업자등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 「소득세법 시행령」 제167조의 3 제1항 제2호 각목의 어느 하나에 해당하는 주택은 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율(60％)적용 대상에서 제외되는 것임.

2. 위 1.을 적용함에 있어서 임대기간의 계산은 국민주택을 임대하는 기간에 한하는 것이며, 임대하는 주택이 재건축되는 경우 재건축 공사기간은 임대기간에 포함하지 아니하는 것임.

○서면4팀-610, 2005.04.22

【질의】

1. 기존사업자기준일(2003.10.29.)이전에 사업자등록 및 임대사업자 등록을 완료하였음. 임대주택 5채중 3채는 기존사업자기준일 전에 임대물건으로 등록하였으며 나머지 2주택에 대하여는 기존사업자기준일 후인 2003.11.5. 임대물건으로 등록(실제로는 2003.10.29. 이전부터 임대를 개시한 주택임)하였음.

2. 상기 3채의 경우에는 의무임대기간인 5년 이상 임대한 이후에 양도한 경우에는 중과세율이 적용되지 아니하는 것으로 알고 있음. 상기 3채를 의무임대기간(5년)이 경과한 이후에 먼저 양도하고, 나머지 2채의 의무임대기간(10년)이 경과한 이후에 양도하고자 함. 이 경우 나머지 2채에 대하여도 의무임대호수(5호)를 10년간 임대한 것으로 보아 중과세율이 배제되는지 여부

3. 장기임대주택의 임대기간 계산은 실제 임대기간(임차인과 전세계약)에 따르는 것인지 또는 임대물건(관할구청)등록일을 기준으로 하는지 여부

4. 중과세율 적용대상 주택은 장기보유특별공제가 배제되는지 여부

【회신】

1. 중과세율이 적용되지 않는 소득세법시행령 제167조의 3 제1항 제2호의 장기임대주택의 의무임대기간 계산은 소득세법 제168조에 의한 사업자등록과 임대주택법 제6조에 의한 임대사업자 등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 기산하는 것이며, 이 경우 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간은 주택임대기간에 산입하지 아니하는 것임.

2. 제104조 제1항 제2호의 3의 중과세율 적용대상 주택의 경우에는 소득세법 제95조 제2항의 규정에 따라 장기보유특별공제를 받을 수 없음.

3. 귀 질의와 유사한 우리청 기 질의회신문(서면4팀-1964, 2004.12.1. ; 재일46014-1739, 1997.7.16.)을 참고하기 바람.

○ 재일46014-1739, 1997.07.16

【질의】

본인은 경기도 시화 신도시내에 60㎡ 이하의 아파트 5가구를 분양받아 임대사업을 하려하고(1997. 1. 계약 1997.11. 입주 예정) 위 5가구외에 고양시 행신 지구에 1994. 3. 분양 1996. 2. 전세 입주되어 살고 있음.

① 시화 신도시 5가구외에 고양시 행신지구 1가구도 양도세 면제를 받을 수 있는지.

② 양도세 면제를 받는다면 사업자 등록후 5년 후 부터인지 1996. 2. 입주한 시점부터인지 질의함.

【회신】

1. 거주자가 1986. 1. 1 이후 신축된 국민주택 규모(주거전용면적 : 85㎡) 이하인 공동주택인 아파트 5가구 이상을 분양취득하여 임대를 개시하고 그 임대기간이 5년 이상 경과한 후 양도하는 경우에는 조세감면규제법 제67조 및 같은법시행령 제64조 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면을 적용받을 수 있는 것임.

2. 이 경우 5년 이상 주택임대기간의 계산은 각 주택의 임대개시일부터 기산하되 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간에 산입하지 아니하는 것임.

○ 서면4팀-2317, 2005.11.30

【질의】

(현황)

ｏ 부부인 갑과 을은 공동지분으로 빌라(시가 5억원) 1채와 다가구주택 1채를 보유하고 있음.

ｏ 다가구주택은 2001년 신축한 건설주택으로 전용면적 149제곱미터 이하의 원롬 9가구를 임대하고 있으며, 5년 이상 계속 임대할 예정임.

ｏ 또한 2001년 사업자등록을 하였으나 임대주택법 제6조의 대통령령이 정하는 2호 이상의 호수에 미달하여 임대사업자등록은 하지 못함.

(질의)

1. 종부세법 시행규칙 제3조에 의하면 임대주택법 시행령 제6조 제1항 규정에 의한 호수에 미달하는 자가 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 할 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 당해 사업자등록을 한 날에 영 제3조 제1항의 본문 규정에 의한 임대사업자등록을 한 것으로 본다고 하였음. 그러면 위 다가구주택의 경우 2001년에 사업자등록을 하였으므로 같은 해에 임대사업자등록을 한 것으로 보아 건설임대주택의 합산배제 요건을 충족하여 종합부동산세를 과세하지 않는지.

2. 지방세법 시행령 제140조 규정에 의하여 다가구 주택은 1구를 1호의 주택으로 보는데, 사실내용에 적용하면 갑과 을은 10주택을 보유한 것으로 간주되어, 양도소득세의 세액계산시 1세대 3주택 이상에 해당하는 중과세율(60％)를 적용받는 것인지.

【회신】

1. 기존임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 규정인 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 거주자가 2005.12.15.까지 「소득세법」 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 하는 경우에는 「종합부동산세법 시행령」 부칙(2005.5.31. 대통령령 제18848호) 제3조의 규정에 따라 같은법 시행령 제3조 제1항 본문의 규정에 불구하고 2005년 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 보는 것임.

이 경우 다가구 주택은 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 1구의 주택으로 보는 것이며, 「부가가치세법」의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 위의 사업자등록을 한 것으로 보는 것이나 복합주택의 경우로서 당초의 등록사항에 포함되지 아니한 주택임대부분에 대하여는 추가로 등록을 하여야 하는 것임.

2. 위 1.의 내용과 별도로 소득세법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도소득세 세율) 적용시 주택수의 계산에 있어서 다가구주택의 경우 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 보아 주택수를 계산하는 것임(단, 이 경우 거주자가 선택하는 경우에 한한다).

○ 재산46014-1502, 1995.06.21

【질의】

            ========================================================

              구 분 A 대지 B 대지

            ========================================================

             대지면적 323.88㎡(97.97평) 292.34㎡(88.43평)

            건축법적용 다 가 구

              연면적 606.23㎡(183.38평) 589.56㎡(178.34평)

              지하층 12평형 2가구 11평형 2가구

               1층 주 차 장

             2층∼4층 12평형 5가구 11평형 5가구

              세대수 17가구 17가구

                          (각 세대전용면적 (각 세대전용면적

                           20㎡평 이상) 20㎡평 이상)

            --------------------------------------------------------

1. 상기와 같은 다가구 주택 17가구용을 임대할 경우 양도세 감면 대상인지.

2. 조세감면규제법상 호수(5호)의 기준은 개별 등기가 가능한 다세대주택 이상을 말하는 것인지, 아니면 다가구주택 각호로 개별호수로 인정 되는지.

【회신】

현행의 조세감면규제법에 따르면, 5호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대한 후에 양도하는 경우에는 같은법 제67조의 규정에 따라서 감면 대상이 되고, 다가구 주택의 1가구도 1호로 보는 것이나, 양도 당시(귀 질의의 경우 5년 이후)에 시행 중인 법령에서 감면대상으로 규정한 경우에만 감면되는 것임.