1. 질의내용 요약

[사실관계]

- 본인은 울산광역시 울주군 ○○읍 ○○리에 거주하는 자임.

- 1965. 12월경 경주시 ○○면 ○○리 답 3,656㎡ 취득

- 1966년부터 1987년까지 본인 및 본인가족(母 이 기생)이 직접 경작함.

- 1987. 10월말경 모친 지병으로 경작을 못함.

- 1988년부터 2000년(12년간)까지 대리경작됨

- 폭우 및 태풍으로 인해 수로가 유실되어 당해 농지를 경작하지 못하고 2006. 11월말까지 휴경지로 되어 있음.

- 2007년 초 농지로 사용하고자 경지작업 중

[질의사항]

- 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 비사업용토지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제69조 [ 자경농지에 대한 양도소득세의 감면(2001.12.29 제목개정) ]

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역 등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(2005.12.31 개정) [ 부칙 ]

② - ③ 생략

○ 조세특례제한법시행령 제66조 [ 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제 ]

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.(2006.02.09 개정) [ 부칙 ]

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역(2001.12.31 신설)

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역(2001.12.31 신설)

② - ③ 생략

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(2006.02.09 개정) [ 부칙 ]

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.(2005.02.19 법명개정)

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역(1998.12.31 개정)

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역(1998.12.31 개정)

2. 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지(1998.12.31 개정)

⑤ - ⑧ 생략

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.(2003.12.30 항번개정)

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. (2003.12.30 개정)

⑪ 생략

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.(2006.02.09 신설) [ 부칙 ]

○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 [ 농지의 범위 등 ]

① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.(2005. 12.31 개정)

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다.(2006.07.05 개정)

1. 양도자가 8년(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업·농촌기본법」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것(2006.07.05 개정)

가. 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화 촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.(2006.07.05 개정)

나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인(2006.07.05 개정)

2. 양도자가 8년 이상(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업·농촌기본법」에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것(2006.07.05 개정)

가. 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화 촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.(2006.07.05 개정)

나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인(2006.07.05 개정)

③ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 "재정경제부령이 정하는 규모"라 함은 100만제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.(2005.12.31 개정)

○ 소득세법 제104조의 3 [ 비사업용 토지의 범위(2005.12.31 신설) ]

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.(2005.12.31 신설)

1. 전·답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것(2005.12.31 신설)

가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.(2005.12.31 신설)

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시·광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다.(2005.12.31 신설)

2. - 7. 생략

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.(2005.12.31 신설)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2005.12.31 신설)

○ 소득세법시행령 제168조의 6 [비사업용 토지의 기간기준(2005.12.31 신설)]

법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.(2005.12.31 신설)

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간(2005.12.31 신설)

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간(2005.12.31 신설)

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간(2005.12.31 신설)

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.(2005.12.31 신설)

○ 소득세법시행령 제168조의 14 [부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등(2005.12.31 신설)]

③ 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.(2005.12.31 신설)

1. 2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지(2005.12.31 신설)

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지(2005.12.31 신설)

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지(2005.12.31 신설)

4. - 5. 생략

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-4018, 2006.12.11.

「조세특례제한법」 제69조 및 「동법시행령」 제66조의 “자경농지에 대한 양도소득세의 감면”규정은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함. 이하 같음)안의 지역이나 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구에 거주하면서 자기가 직접 8년 이상 경작한 사실이 있는 경우로서 양도일 현재 지방세법상 농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함함)이 되는 토지(농지)에 대하여 적용하는 것임.

○ 서면4팀-126, 2005.01.14

조세특례제한법 제69조 및 같은법 시행령 제66조의 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제는 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 자경한 농지를 양도함에 있어서 양도일 현재 사실상 농지이어야 하는 것으로 귀 상담의 경우 양도일 현재 사실상 농지이었는지에 대하여는 사실조사하여 판단할 사항임.

  귀하의 사례와 유사한 우리청 기질의회신문(재재산 46014-63, 1999. 12. 2. ; 재산 46014-786, 2000. 6. 28.)을 참고하기 바람.

○ 재재산46014-63, 1999.12.02

조세특례제한법 제69조 및 같은법 시행령 제66조의 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제는 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 자경한 농지를 양도함에 있어서 양도일 현재 사실상 농지이어야 함.

○ 서면4팀-1246, 2006.05.03

「소득세법」 제95조의 규정에 의한 양도소득금액과 「조세특례제한법」 제69조의 감면소득금액이 있는 경우에 감면되는 양도소득세액은 「소득세법」 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 「소득세법」 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 「소득세법」 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 것이며, 8년 이상 경작한 농지가 양도소득세가 감면되는 자경농지에 해당하는지 여부는 등기부등본 또는 토지대장등본, 토지이용계획확인원, 주민등록등본, 농지원부등본 및 기타 경작한 사실을 입증할 수 있는 서류등에 의한 관련사실을 종합 확인하여 판단하는 것임.

○ 서면4팀-3403, 2006.10.10

1. 양도소득세가 감면되는 자경농지에 해당하는지 여부는 등기부등본 또는 토지대장등본, 주민등록표등본, 농지원부등본 및 기타 경작한 사실을 입증할 수 있는 서류 등에 의한 관련사실을 종합 확인하여 판단하는 것임.

2. 「소득세법 시행령」 제168조의 14 제3항 제2호의 규정에 의한 2006.12.31. 이전에 20년 이상을 소유한 농지는 2009.12.31.까지 양도하는 경우에는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것이며, (이하생략)

○ 서면4팀-4052, 2006.12.12.

거주자가 「소득세법」 제104조의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의 14 제3항 제2호의 규정에 의하여 2006.12.31. 이전에 20년 이상을 소유한 농지로서 2009.12.31.까지 양도하는 토지의 경우에는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것임.

이 경우 양도소득세의 중과세율(60％)이 적용되지 아니하고 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는 것임.

○ 서면4팀-1639, 2006.06.08.

「소득세법」 제104조의 3 제1항 규정의 비사업용 토지는 당해 토지를 소유하는 기간 중 같은법 시행령 제168조의 6 규정에서 정하는 기간동안 「소득세법」 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지임.