1. 질의내용 요약
[사실관계]
- 토지임대업을 하는 개인사업자(대표이사 지분 1/3, 과점주주 2명 2/3지분)는 제조업 및 건물임대업을 하는 법인의 과점주주
- 법인은 개인사업자의 토지를 임차하여 법인의 공장건물 및 인쇄업 영위
- 2005년 법인재무구조 개선을 위하여 대표이사 지분 법인에 무상증여
- 신축한 공장의 일부 건물에 대하여 타 기업에 임대(매출총액의 5% 정도)
- 개인사업자는 법인에게 흡수통합하여 폐업하고, 토지 전체를 기존 법인기업이 영위하는 사업할 사용예정(매출총액 : 제조 95%, 임대 5%)
[질의사항]
- 중소기업간의 통합에 대한 이월과세 등 적용여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제31조 [중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세]
① 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에게 2009년 12월 31일까지 양도하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.(2006.12.30 개정)
② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.(1998.12.28 개정)
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다.(1998.12.28 개정)
④ 제6조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항의 규정에 의하여 세액감면을 받는 내국인이 제6조·제64조 또는 제121조의 규정에 의한 감면기간이 경과되기 전에 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 잔존감면기간에 대하여 제6조·제64조 또는 제121조의 규정을 적용받을 수 있다. 다만, 제121조의 규정을 적용함에 있어서는 제1항의 규정에 의한 통합 전에 취득한 사업용 재산에 한한다.(1999.08.31 개정) [ 부칙 ]
⑤ 제63조의 규정에 의한 수도권외의 지역으로 이전하는 중소기업 또는 제68조의 규정에 의한 농업회사법인이 제63조 또는 제68조의 규정에 의한 감면기간이 경과되기 전에 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 잔존감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조의 규정을 적용받을 수 있다.(2001.12.29 개정)
⑥ 제144조의 규정에 의한 미공제세액이 있는 내국인이 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인의 미공제세액을 승계하여 공제받을 수 있다.(1998.12.28 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제28조 [중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세]
① 법 제31조 제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합"이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.(2006.02.09 개정)
1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것(1998.12.31 개정)
2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것(2003.12.30 개정)
② 법 제31조 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업용고정자산"이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 평가기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.(2001.12.31 개정)
③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(2001.12.31 개정) [ 부칙 ]
④ 법 제31조 제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지·개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용 재산에 대하여 통합당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다.(2000.01.10 개정)
⑤ 법 제31조 제4항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 제5조 제9항 또는 제61조 제3항의 규정을 준용하여 감면신청을 하여야 한다.(1998.12.31 개정)
⑥ 법 제31조 제5항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간 내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다.(2002.12.30 개정)
⑦ 법 제31조 제5항의 규정을 적용받고자 하는 법인의 감면신청에 관하여는 제60조 제4항 또는 제65조의 규정은 이를 준용한다.(2001.12.31 개정)
⑧ 법 제31조 제6항의 규정에 의하여 미공제세액을 승계한 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계 받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자의 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다.(2002.12.30 개정)
나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
○ 서면4팀 -2324, 2006.07.18
[ 질의 ]
조세특례제한법시행령 제28조의 요건을 모두 충족하여 조세특례제한법 제31조의 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용받은 중소기업자가 이월과세 적용 후 통합법인의 지분을 일부 양도하는 경우 사후관리에 대해 조세특례제한법에서 규정하고 있지 않으므로 지분을 양도하여도 양도소득세 이월과세가 계속 적용되는 것인지 여부
[ 회신 ]
조세특례제한법 시행령 제28조 "중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등" 규정은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자인 경우에 적용되는 것이며, 동 법령을 적용함에 있어 임대사업에 사용하던 토지를 임차자인 통합 법인에게 양도한 후 통합법인이 동 토지를 자기사용 및 일부 임대하는 경우 사업의 동일성이 유지되지 않는 것임.
○ 서면4팀 -2576, 2005.12.21.
[ 질의 ]
개인기업(A)과 법인기업(B)이 각각 사업을 영위하던 중, 조세특례제한법 제31조의 규정에 의한 중소기업간 통합을 통하여 개인기업(A)의 모든 자산과 부채를 법인기업(B)에게 포괄적으로 승계시켰음. 기타 동 규정의 양도소득세 이월과세의 요건을 충족시켰으며 통합절차를 마무리하였음.
A와 B의 업종이 상이한 경우 만약 통합 후 구조조정차원에서 B의 기존사업부문을 폐지하고 승계한 A의 사업종목만을 유지할 경우 사업의 동일성을 유지하는 것으로 보아 양도소득세의 이월과세 규정이 적용되는지
[ 회신 ]
「조세특례제한법」제31조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세) 및 같은법 시행령 제28조의 규정을 적용함에 있어서 통합중소기업간에 동일한 중소기업업종을 주업으로 영위하여야 하는 것은 아니나, 통합법인은 통합으로 소멸되는 중소기업 사업장의 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 당해 사업의 동일성이 유지되어야 하는 것임.
○ 서면2팀 -445, 2004.03.16.
[ 질의 ]
부동산임대업을 영위하는 개인과 당해 부동산을 임차한 법인이 합병하는 경우 조세특례제한법 제31조의 규정에 의하여 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 바, 부동산임대업이 상기 이월과세 적용대상 업종에 해당되는지 여부
[ 회신 ]
귀 질의 경우 부동산임대업을 주업으로 하는 중소기업은 조세특례제한법 제31조 제1항과 같은법시행령 제28조 제1항 및 제130조 제 2항이 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것임.
○ 법인 46012-2453, 2000.12.26.
조세특례제한법 제31조 및 같은법시행령 제28조의 규정을 적용함에 있어서 통합중소기업간에 동일한 중소기업업종을 주업으로 영위하여야 하는 것은 아니나,
통합법인은 통합으로 소멸되는 중소기업 사업장의 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 당해 사업의 동일성이 유지되어야 하는 것입니다.