1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

  - 2002년 5월 아파트 10평을 취득(동 아파트 외에 다른주택 없음)

  - 2004년 3월 동 주택에 대한 재건축 사업계획 승인으로 입주권을 취득함

  - 다른주택을 임차하여 이주 후 2005년 10월 동 조합원입주권을 양도함

 ○ 질의내용

  - 위와같은 경우로서 입주권의 양도소득금액 계산에 있어 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는지 여부에 대하여 질의함

  - [갑설]

    보유기간 전체를 합산하여 3년5개월이므로 장기보유특별공제 10%를 해줘야한다

  - [을설]

    아파트 주택보유기간은 1년 10월이므로 장기보유특별공제를 적용하지 않아야 한다

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

 ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정)

  ② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

  1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 (1994. 12. 22. 개정)

  양도차익의 100분의 10

  2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 (2005. 12. 31. 개정)

  양도차익의 100분의 15

  3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 (2005. 12. 31. 개정)

  양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

  ③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 개정)

  ④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. (1996. 12. 30. 단서신설)

  ⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판)

 ○ 서면5팀-1305, 2006.12.20

【질의】

  조합원입주권의 양도소득세액을 계산함에 있어 장기보유특별공제가 가능한지 여부

  【회신】

  「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원에 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임

○ 서면4팀-3758, 2006.11.13

  【질의】

  (사실관계)

  - 서울 ○○동 소재 A주택을 1989년 취득하여 현재까지 소유하고 있음.

  - 경기도 ○○시 소재 B주택을 1989년 취득함. : 2006년 11월 재건축 관리처분 인가되어 입주권으로 전환됨.

  (질의내용)

  - 입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 여부 및 적용되는 세율

  【회신】

  1. 1주택과 소득세법 제89조 제2항의 조합원입주권을 소유한 1세대가 조합원입주권을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목에 해당하는 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 보는 것이므로, 소득세법 제104조 제1항 제2의 6 규정에 의한 중과세율(50％)이 적용되지 않는 것임.

  2. 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임.

○ 서면4팀-2137, 2005.11.11

  【질의】

  1. 양도소득 과세대상 재산에 대한 보유기간별 세율적용시 해당기관별로 상담ㆍ문의시 이에 대한 답변과 해석이 달라 다음 내용으로 질의 함.

  1. 재건축 조합원 승계일 : 2002.1.31. (대지지분 및 주택 입주권 취득)

  2. 아파트 준공일 : 2003.9.8.

  3. 아파트 매매일 : 2004.3.6.

  4. 위 “1∼3”의 경우 양도소득세 과세표준에 대한 보유기간별 세율적용시 취득일을 “1”로 적용시 2년 이상에 해당되나 “2”를 취득일로 간주하는 경우에는 1년 미만에 해당 됨.

  5. “소득세법 제104조 제2항에 의하면 보유기간은 당해 자산 취득일로부터 양도일까지로 한다”고 명시하고 있음. 또한 보유자산에 토지, 건물 및 부동산에 관한 권리(분양권 등)로 구분하고 있으나 구체적인 명시가 없음에 따라 통상 주택보유기간 산정기준인 준공일을 취득일로 해석하여 상담에 응하고 있음.(정당한지 여부와 그 사유에 대해 질의)

  6. 이는 “보유기간” 해석을 주택보유 즉 무주택 보유기간 산정과 관련된 왜곡된 해석이거나, 실제 보유자산별 구분계산, 준공일 시점에서 취득가액 계산 등에서 명확지 않음.

  【회신】

  「도시 및 주거환경정비법」에 의한 재건축사업시행인가일 (2005.5.30.이전) 또는 관리처분계획인가일(2005.5.31.이후) 이후에 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원으로부터 그 조합원의 입주자로 선정된 지위(이를 “입주권” 이라 함)를 승계ㆍ취득한 경우에는 기존 건물의 멸실 여부와 관계없이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 주택 보유기간 계산 등을 판단하는 것으로서, 양도 자산에 대한 1세대 1주택 비과세의 적용과 장기보유특별공제액의 계산 및 세율을 적용함에 있어 재건축된 주택(그 부수토지를 포함)의 보유기간 기산일은 당해 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일) 이 되는 것임.

○ 서면4팀-1946, 2005.10.21

  【질의】

  재건축아파트의 고가입주권을 양도하고 양도소득세를 계산하는 과정에서 양도차익에 대한 장비보유특별공제를 함에 있어서 기존부동산의 양도차익에 대하여만 공제를 하는지 아니면 권리부분에 대한 양도차익에 대하여도 공제를 할 수 있는지.

  【회신】

  「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임.