1. 질의내용 요약
□ 질의요지
고유번호 등록되어 있는 교회가 토지를 증여받아 가건물을 건축한 후 예배를 드린 고정자산을 3년 이내에 수용으로 양도한 경우 고정자산 처분에 대하여 법인세가 비과세 되는지 여부
□ 사실관계
비영리법인 교회가 2004. 4 토지를 증여로 취득 등기하고 교회 건물을 가건물(무허가건물)로 건축하여 예배를 드렸으며, 2006. 12. 21 한국토지공사에 고양삼송지구택지개발사업으로 보상가액 7억 5천만원에 수용 매각하고 보상가액으로 2006. 5 토지를 2억 7천만원에 취득 등기하고 교회건축을 준비하고 있음.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)
2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법시행령 제2조【수익사업의 범위】
② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)
○ 법인세법 제55조의 2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)
○ 법인세법시행령 제92조의 11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】
③ 법 제55조의 2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. (2006. 2. 9. 개정)
2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 (2005. 12. 31. 신설)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 법인46012-155, 1998. 1. 20
【질의】
종교 법인이 1987. 6. 10 교인으로부터 건물만을 증여받아 1987. 7. 13 법인명의로 소유권이전등기를 필하고 교회로 사용하여 왔으나, 토지는 1991. 10. 6 증여받은 후 증여자가 이전등기를 미루어 오던 중 증여자가 사망함에 따라 상속인으로부터 등기에 필요한 서류를 받아 1996. 6. 18 소유권이전등기를 필하였는 바
- 당해토지가 1997년에 지방자치단체에 2회에 걸쳐 수용(양도)되었을 경우 이를 고유목적사업에 3년이상 사용한 부동산을 양도한 것으로 보아 법인세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부
- 특별부가세도 비과세대상인지 여부
〈갑설〉건물은 비과세되나 토지는 본 법인 명의로 소유권이전 등기된 지가 3년이 못되어 비과세 되지 않음.
〈을설〉토지의 사실상 증여일은 1991. 10. 6 이고 토지를 사실상 종교목적으로 3년이상 사용해 왔으므로 토지 건물 모두 비과세 됨.
【회신】
고유목적사업에 3년이상 계속 사용하였는지 여부는 실제 취득일부터 계산하는 것이나 실제 취득여부는 사실판단할 사항임 (갑설이 타당함.)
○ 법인46012-354, 2003. 5. 28
【질의】
기독교대한○○회 유지재단이 1961년 9월 취득한 임야를 1976년 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 재단과 이중등기 → 국방부 등기는 1994년 3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(본 재단에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)
당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001년 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호(2001. 12. 19 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지 여부
〈갑설〉고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음.
〈을설〉고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄.
【회신】
비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,
종교 법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.
○ 법인46012-1101, 1995. 4. 20
【질의】
비영리법인이 토지를 연불조건으로 매입하여 건축물을 신축하여 고유목적사업에 사용할 경우 법인세법 제1조 제1항 제6호 및 동법시행령 제2조 제2항 규정의 “고유목적사업에 직접 사용한 시점은 언제인지.
- 첫회 부불금 지급일 - 건축 허가일
- 건축 착공일 - 건축 준공일 - 입주일
【회신】
법인세법 제1조 제1항 제6호 및 동법시행령 제2조 제2항의 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산”에서 직접 사용한 시점이라 함은 건물이 준공되어 법령 또는 정관상의 고유목적사업에 실질적으로 공한 때를 말하는 것임.
○ 서면2팀-1275, 2006. 7. 10
【질의】
법인세법 제55조의 2 제1항 제3호의 비사업용토지의 양도소득에 대하여는 일반법인세 이외에 추가로 법인세율 30％의 법인세를 부과하도록 규정함. 그러나, 제3항에서 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용토지로 보지 아니할 수 있다고 규정함.
비영리법인이 출연 받은 토지를 마땅한 사용방법이 없어 20,000여평 중 5천여평은 주택신축용 토지로 임대하였고, 잔여 토지는 원하는 사용자가 없어 나대지 상태로 20년 이상을 소유하고 있음. 나대지 상태로 보유하다가 한국주택공사에 주택건설용지로 매각(협의매수 또는 수용)할 때에도 비사업용토지로 보는지 여부
【회신】
법인세법 제55조의 2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의 11 제3항 제2호의 규정에 따라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지에 대하여는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것인 바, 귀 질의가 이에 해당하는지는 사실 판단할 사항임.
○ 서면2팀-2429, 2006. 11. 27
【질의】
2007년도부터 비사업용토지에 대하여 법인세가 중과 된다고 하는데 위 학교용 토지가 2007년도 매각시에 비사업용토지로 분류되어 법인세 중과 대상이 되는지 여부
【회신】
「법인세법」 제55조의 2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의 11 제3항 제2호의 규정에 따라 공익사업을 위한 「토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지에 대하여는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것인 바, 귀 질의가 이에 해당하는지는 사실 판단할 사항임.