※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 내 용

 - 경기도 ○○○시 ○○동 지역에 소재하는 3필지의 농지(A)를 취득하여 15년 이상 자경하다가 2004.02.20 ○○○○공사에 수용으로 양도하였음

 - 2004.07.08 경기도 ○○○시 ○○면 지역에 소재하는 7필지의 농지를 취득하여 대토하였으나, 당해 7필지의 농지 중 4필지의 농지(B)는 2006.12.27 한국○○○○공단에 수용으로 양도하였음

 - 2006.12.27 한국○○○○공단에 수용으로 양도한 농지(B)는 2005.10.14 사업인정고시 되었음

 - 농지(B)가 소재하는 지역은 주택외의 부동산 지정(투기)지역으로 2004.02.26 지정되었음

○ 질 의

 - 위와 같이 2004.07.08 취득한 농지가 2006.12.27 한국○○○○공단에 수용된 경우로서 그 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이내에 당해 농지(B)를 취득한 경우 양도소득세가 기준시가로 과세되는지 여부

 - 위 농지(B)를 2004.07.08 취득하고 2006.12.27 수용되어 3년 이상 자경하지 아니한 경우에도 당해 농지(B)에 대하여 ‘농지대토“로 감면받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

 1. - 6. 생략

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 (2005. 12. 31. 개정)

 8. 이하 생략

○ (구)조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】(2006.12.30 조세특례제한법 법률 제8146호로 삭제되기 전의 규정)

거주자가 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」 제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 「소득세법」 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)

 1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

 2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

 3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

 4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 (2004. 12. 31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004. 12. 31. 신설)

○ (구)조세특례제한법 시행령 제79조의 2 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】(2007.02.28 조세특례제한법 시행령 대통령령 제19888호로 삭제되기 전의 규정)

 ① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다. (2005. 2. 19. 신설)

 ② 법 제85조의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 부동산을 상속받은 경우에는 피상속인이 취득한 날을 거주자가 취득한 날로 본다. (2005. 2. 19. 신설)

○ 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 신설)

 ② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 등에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (2005. 12. 31. 신설)

 ③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 조세특례제한법 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역 (2005. 12. 31. 신설)

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역 (2005. 12. 31. 신설)

 ② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 개정)

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2007. 2. 28. 개정)

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것 (2005. 12. 31. 신설)

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것 (2005. 12. 31. 신설)

 2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2005. 12. 31. 신설)

 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것 (2005. 12. 31. 신설)

 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것 (2005. 12. 31. 신설)

 ④ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다. (2005. 12. 31. 신설)

 ⑤ 생략

 ⑥ 법 제70조 제2항에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 따른 도농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다) 지역에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역 안의 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 대규모개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

 가. 사업시행지역 내의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (2005. 12. 31. 신설)

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (2005. 12. 31. 신설)

2. 당해 농지에 대하여 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지의 지정이 있는 경우로서 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (2005. 12. 31. 신설)

⑦ 법 제70조 제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

 3. 이하 생략

○ 소득세법 제104조의 2 【지정지역의 운영】

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

 ② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

 ③ 생략

 ④ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 해제 기준 및 방법, 부동산가격안정심의위원회의 구성 및 운용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 시행령 제168조의 3 【지정지역 지정의 기준 등】

 ① 법 제104조의 2 제1항에서 “지정지역”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제168조의 4의 규정에 따른 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다. (2005. 12. 31. 신설)

 1. 이하 생략

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-115, 2007.01.09.

 【회신】

거주자가 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역(부동산 투기지역)내의 부동산을 「조세특례제한법」 제85조 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말함) 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함)하는 경우에는 그 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있는 것이나, 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내에 토지를 취득한 경우에는 그러하지 아니하는 것임.

○ 서면4팀-855, 2007.03.13.

 【회신】

「조세특례제한법」 제70조 및 같은법 시행령 제67조 규정에 따른 “농지대토”라 함은 3년 이상 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함. 이하 같음) 안의 지역 또는 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역에 거주하면서 경작하던 농지를 양도하고, 경작상의 필요에 의하여 같은법 시행령 제67조 제3항 제1호 규정에 해당하는 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역 또는 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말하는 것이나, 종전 농지가 수용되는 경우로서 농지의 경작기간이 3년 이상 되지 아니한 경우에는 “농지대토”에 대한 양도소득세가 감면되지 아니하는 것임.

( 이 하 여 백 )