1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 교회건물이 있는 상태에서 교회 본당으로 사용코자 2005년 4월 농협건물을 매입하여 증축설계를 허가받았으나 주차장이 여의치 않아 매매코자 함. 상기건물은 교회 교육관으로 사용되었으며 양도대금으로 기존 교회건물을 증축코자 함. 이 경우 양도한 건물 양도차익에 대한 양도세부과여부를 서면질의함

○ 질의요지

 비영리법인의 토지 및 건물의 자산양도소득 법인세 신고방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

 ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

 ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)

 ○ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정)

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)

④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 신설)

⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)

⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설)

 ○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 (2006. 12. 30. 제목개정)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 (2005. 12. 31. 개정)

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 (2005. 12. 31. 개정)

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2005. 12. 31. 개정)

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

3. (삭제, 2000. 12. 29.)

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

 ○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2006. 9. 22. 개정)

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 (2000. 12. 29. 개정)

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 (2000. 12. 29. 개정)

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 (2000. 12. 29. 개정)

3의 2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) (2006. 9. 22. 신설)

3의 3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다) (2006. 9. 22. 신설)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의 2 및 제3호의 3에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 (2006. 9. 22. 개정)

④ (삭제, 2000. 12. 29.)

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 “양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 「증권거래세법」에 의하여 납부한 증권거래세 (2005. 2. 19. 개정)

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 재정경제부령이 정하는 금융기관 등에 양도함으로써 발생하는 매각차손 (2000. 12. 29. 개정)

 ○ 소득세법 시행령 제67조 【즉시상각의 의제】

② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다. (1998. 12. 31. 신설)

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조 (1998. 12. 31. 신설)

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치 (1998. 12. 31. 신설)

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치 (1998. 12. 31. 신설)

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구 (1998. 12. 31. 신설)

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 (1998. 12. 31. 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-1943, 2005.11.29

수익사업을 영위하지 않는 법인으로 보는 단체인 교회가 개인으로부터 증여받은 부동산을 종교단체의 고유목적으로 사용하던 중 해당 부동산을 3년 이내에 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이며, 해당 자산의 양도시 취득가액은 취득당시(증여일 현재)의 시가이며, 시가산정은 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제2호의 규정을 적용할 수 있는 것임.

○ 서면2팀-1894, 2006.09.25

「법인세법」 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 「사립학교법」에 의해 설립된 학교법인이 수익사업에 해당하는 자산양도소득만 있는 경우 같은 법 제62조의 2 규정에 의하여 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 방법과 「소득세법」을 준용하여 양도소득세 예정신고하는 방법 중 선택하여 신고할 수 있으며, 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 경우 「소득세법」을 준용하여 납부한 세액은 기납부세액으로 공제하는 것임.