1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 당 법인은 비영리법인으로 1980년에 사업자등록을 한 대한예수교 ××회 총회의 산하 ××회 소속 교회로서 교회 명의의 토지 취득 및 건축이 곤란하여 대표목사 명의로 교회토지를 1999년 9월에 취득하여 2000년 7월에 교회건물을 준공하였으나, 모든 재산은 정관 및 규약에 의하여 당 교회의 재산으로 운영하고 있으므로 대표목사 개인 소유는 아님.
- 동 교회는 상기 토지 및 건물을 2006년 12월에 다른 종교단체에 양도하고 서울시 ◯◯구 ◯◯동에서 교회를 신축하고 이전함.
○ 질의내용
당 법인이 양도한 부동산에 대한 법인세 과세 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)
2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
○ 법인세법 제4조 【실질과세】
① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】
① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-1890, 2005.11.24
법인이 취득한 자산이 당해 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보아 세법을 적용하는 것으로 당해 자산의 유지비용은 법인의 손금에 산입하는 것이며, 이 경우 사실상 당해 법인이 취득하였는지 여부는 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행, 구체적인 증빙 및 거래당시의 정황 등을 기준으로 사실판단하는 것임.
○ 서면2팀-842, 2004.04.22
등기가 법인명의로 되어 있지 아니하여도 당해 법인이 취득한 자산은 법인의 자산으로 보는 것이므로 실질적인 내용에 따라 회계처리를 하여야 하는 것임
공부상의 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 법인세법을 적용함에 있어서 이를 법인의 자산으로 보는 것이며, 이 경우 사실상 법인이 취득하였는지 여부는 사실판단할 사항인 것임.
○ 서면2팀-904, 2006.05.22
국세기본법 제13조 제2항에 의하여 법인으로 승인받은 법인격 없는 단체(수익사업을 영위하지 아니함)가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우, 당해 소득은 법인세법 제3조 제2항 및 같은법 시행령 제2조 규정에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것임.
다만, 귀 질의의 경우와 같이 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 사용하였는지에 대하여는 건물의 이용실태 등 실질내용에 따라 종합적으로 사실판단할 사항임.
국세기본법 제13조 제2항에 의하여 법인으로 승인받은 법인격 없는 단체(수익사업을 제외)가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우, 당해 소득은 법인세법 제3조 제2항 및 같은법 시행령 제2조 규정에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것임.