1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 사단법인 대한의사협회는 보건사회부장관으로부터 1976.10.18 법인설립허가를 받고 설립된 비영리사단법인으로 본부, 지역 모두 영리사업은 하지 않음.
- 경기도의사회는 위 대한의사협회의 산하 기관임.
- 경기도의사회는 사무실로사용하고 있는 수원시 장안구의 토지 및 건물을 처분하고 새로운 사무실을 구입하려함.
○ 질의요지
- (사)대한의사협회에서 당해 사무실을 양도할 경우 양도소득세납부 등에 대한 세금 해당여부.
- 토지는 1980년 회원으로 부터 출연(증여), 건물은 1984년 자가 건축으로 취득가액을 확인할 수 없는 경우의 취득가액 계산방법.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】
① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) (1998. 12. 28. 개정)
2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (1998. 12. 28. 개정)
3. 기타 대통령령이 정하는 서류 (1998. 12. 28. 개정)
③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28. 개정)
⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)
1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정)
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)
④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 신설)
⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)
⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설)
○ 법인세법시행령 제99조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】
① 법 제62조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1호ㆍ제5호에 규정된 자산을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)
② 법 제62조의 2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)
⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. (2001. 12. 31. 신설).
○ 법인세법 부칙(2005.12.31 법률 제7838호)
제1조 【시행일】
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의 5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의 2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 【일반적 적용례】
이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
따라서 부칙 개정규정에 따라 회신하고 함.
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-1841,2005.11.18
【회신】
「국세기본법」 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 교회가 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것임.
귀 질의의 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임.
○ 서면2팀-2252, 2006.11.06
【회신】
수익사업을 영위하는 비영리법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 구「법인세법」 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지 및 건물을 양도하는 경우 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임.