1. 질의내용 요약

□ 질의요지

    비영리법인이 토지를 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 못하고 부득이하게 14개월 만에 교환 매각하였을 경우, 고정자산 처분에 대하여 법인세가 비과세 되는지 여부

□ 사실관계

비영리단체인 ㅇㅇㅇ연합회는 국비를 보조받아 2005. 2. 공장부지를 매입하여 건축 준비를 하던 중 건축예정지에서 지하수가 솟구쳐 부득이 사업부지를 인근토지와 2006. 4. 교환으로 매각하여 매각차익 00백만원이 발생함.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

 ○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

  ① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)

 1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

   2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

  ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

   1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

 ○ 법인세법시행령 제2조【수익사업의 범위】

  ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인22601-1574, 1992. 7. 18

【질의】

 (사례)

   - ○○부녀복지관(사회사업법 제2조 제5항의 사회사업시설)이 현건물의노후·협소 등으로 확장 ·이전코자 86.3 ○○시 ○○구 ○○동 산 168-1 일원의 토지를 취득하였으나 군사지역으로 인하여 건축이 불가능하게 됨.

   - 이로 인하여 국방부와 협의하여 위 필지 등과 군부대 대지인 ○○구 ○○동 1258-11를 교환코자 함.

   * 교환으로 인하여 취득하는 대지는 동 복지관 신축용지를 취득하기 위하여 매각하여야 할 형편임.

   1. ○○구 ○○동 산 168-1 일원의 토지와 국방부대지 교환시 특별부가세 및 법인세 부과여부.

   2. 동 교환토지를 매도 후 동 금액으로 신축부지(임야)를 재매입시 세금부과 여부.

  【회신】

    비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 토지 등을 양도(교환 포함)하는 때에는 법인세 및 특별부가세 납세의무가 있는 것임.

○ 법인46012-354, 2003. 5. 28

【질의】

 기독교대한○○회 유지재단이 1961년 9월 취득한 임야를 1976년 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 재단과 이중등기 → 국방부 등기는 1994년 3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(본 재단에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)

    당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001년 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호(2001. 12. 19 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지 여부

   〈갑설〉고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음.

   〈을설〉고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄.

  【회신】

  비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,

    종교 법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.