※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

지방재정법 제76조 및 ○○시시설관리공단설립및운영에 관한 조례에 의거 설립된 ○○시시설관리공단이 ○○시로부터 위탁받은 업무를 수행하는 업무대행기관으로서 ○○시의 재산인 지하도상가에 대하여 지방공기업법, ○○시시설관리공단설립및운영에 관한 조례, 위수탁계약서 등에서 규정하는 방법으로 점포 임대료 및 광고, 부대사업 사용료 등을 징수하여 수입금 전액을 ○○시 금고로 납입하고 있으며 이 경우 「부가가치세법 시행령」 제38조 제3호의 적용과 관련하여 아래와 같이 질의함

 1. ○○시 재산인 지하도상가에서 발생하는 임대료, 사용료 등에 대한 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고납부 주체는?

 2. 임대보증금을 증권으로 납부하는 경우 임차인은 연 6%의 이자를 부담하며 이 경우 부가가치세 과세표준은?

 3. 관련규정에 의거 임차인에게 아래의 11개 항목의 관리비를 징수하고 있는바 동 관리비에 대한 부가가치세 과세여부

    ※ 관리비 항목 : 전기사용료, 상하수도료, 청소용역비, 경비용역비, 냉난방비, 정화조청소비, 오물수거료, 방역소독비, 화재보험료, 환경개선부담금, 시설원이건비

 4. 관련조례에 의거 지하도상가 무단점유자에 대하여는 임대료의 100분의 120에 상당하는 변상금을 징수하고 있는바 변상금의 과세여부

 5. 입찰점포에 대해서는 연간임대료를 선납토록 하고 있는바 ‘지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한법률 시행규칙’ 제11조에 의거 예정가격에는 부가가치세를 포함해아하며 이 경우 신규 입찰점포에 대한 계약기간이 ‘06.08.01 - ’07.07.31까지인 경우 예정가격 산정시 부가가치세 포함여부

    ※ 재정경제부에서 공급시기 적용에 있어 계약체결 기준으로 법령개정 중이라는 설이 있어 질의함

 6. 공단에서는 지하도상가 점포 외에도 아래의 부수적 시설물을 관리하는바 부수적 시설물에 이용에 대한 대가의 부가가치세 과세여부

 ※ 부수적 시설물 :

    ․ 광고, 출구안내표지판, 종합안내도 → 이상 게첨할 수 있는 공간제공 및 사용료 징수

    ․ 자판기 → 설치가능한 공간 제공

    ․ 연결통로 → 지하공간과 인근건물간 통로개설 허가시 부담금 부과

    ․ 케이블 및 통신기기 → 전파 송수신기 설치 가능한 공간 제공 및 사용료 징수

 7. 공단에서 관리하는 지하도 상가에 대하여 공실점포가 발생하는 경우 일반경쟁입찰에 의하여 임차인을 선정하여 연간임대료를 선납받고 있으며 계약 중도해지시 잔여기간에 대한 임대료를 반환하는 경우 임대료와 함께 납부한 부가가치세 환급여부

 8. 입찰점포가 아닌 일반점포에 대하여는 계약기간을 1년으로 하되 월 임대료를 사용 익월에 고지하고 있으며 체납 등의 사유로 임대차계약 해지후 해지일 이전까지의 임대료만 신고납부한 경우로서 추후 체납금 완납 등의 사유로 계약해지를 취소하는 경우 부가가치세 신고납부 및 세금계산서 교부방법

 9. 개정된 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 제13호에 따르면 “위임․위탁 또는 대리에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 수탁자․수임자 또는 대리인이 그 업무를 총괄하는 장소를 사업장으로 하되 부칙 제3조에 의거 당해 개정규정은 ”이 영 시행후 사업자등록을 신청하거나 정정하는 분부터 적용“토록 한바 ○○시 및 당해공단의 경우 사업자등록은 이미 하였으나 당해 개정시행령을 적용하여야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

 ○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

 ① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

  ② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다.

 ○ 부가가치세법 제4조 【신고ㆍ납세지】

  ① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제4조 【사업장의 범위】

  ① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다. (2007. 2. 28. 개정)

  13. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 제38조 제3호에 따른 사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소. 다만, 위임ㆍ위탁 또는 대리에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 수임자ㆍ수탁자 또는 대리인이 그 업무를 총괄하는 장소 (2007. 2. 28. 신설)

 ○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

  ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

  1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

  3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

  4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 (2001. 12. 31. 개정)

 ○ 부가가치세법 제12조 【면 세】

  ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2003. 12. 30. 개정)

 ○ 부가가치세법 시행령 제38조 【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】

   법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다. (2007. 2. 28. 개정)

  3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. (2007. 2. 28. 단서개정)

  가. 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조에 따른 군무원 그 밖에 이들의 직계존비속 등 재정경제부령이 정하는 자에게 제공하는 재화 또는 용역 (2007. 2. 28. 개정)

  나. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역 (2007. 2. 28. 개정)

 ○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

  ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

     (이하생략)

 ○ 부가가치세법 시행령 제58조 【위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 교부】

  ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 세금계산서를 교부하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다. (1983. 12. 29. 개정)

  ② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

  ③ 「조달사업에 관한 법률」에 의하여 물자가 공급되는 경우에는 공급자 또는 세관장이 당해 실수요자에게 직접 세금계산서를 교부하여야 한다. 다만, 물자를 조달하는 때에 당해 물자의 실수요자를 알 수 없는 경우에는 조달청장에게 세금계산서를 교부하고, 조달청장이 실지로 실수요자에게 당해 물자를 인도하는 때에는 당해 실수요자에게 세금계산서를 교부할 수 있다. (2006. 2. 9. 개정)

  ⑦ 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개의 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 항번개정)

나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례)

    【재경부 부가가치세제과-186, 2007.03.22】

   ○ 귀 질의의 지방자치단체가 부동산 임대사업과 별도의 독립된 사업으로 지하도 상가 등의 사업시설 유지·관리용역을 직접 또는 귀 질의의 지방공단에 위수탁계약에 의하여 제공함이 객관적으로 확인되는 경우에는 당해 사업시설유지관리용역은 사업시설 유지관리 서비스업으로서 「부가가치세법 시행령」제38조제3호의 규정에 해당하지 않아 같은 법 제12조제1항제17호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이며,

    - 세금계산서의 교부방법은 기 회신사례(부가46015-2797, 1998.12. 18)을 참조하시기 바람

       <부가46015-2797, 1998.12.18>

        사업자가 부가가치세가 과세되는 부동산 임대료와 당해 부동산을 관리해 주는 대가로 받는 관리비등을 구분하지 아니하고 영수하는 때에는 전체금액에 대하여 과세하는 것이나 임차인이 부담하여야 할 보험료·수도료 및 공공요금 등을 별도로 구분 징수하여 납입을 대행하는 경우 당해 금액은 부동산 임대관리에 따른 대가에 포함하지 아니하는 것이며, 이 경우 임차인이 부담하여야 할 전기료·가스료 등 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 대하여 임대인 명의로 세금계산서를 교부받은 경우 부가가치세법시행규칙 제18조 제1항의 규정에 의하여 임대인은 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위내에서 임차인에게 세금계산서를 교부할 수 있는 것임.

   ○ 국가·지방자치단체 등이 국·공유재산인 토지 및 건물 등을 임대하면서 임차인으로부터 받는 보증금은 세외수입으로 보관되거나 또는 활용(다른 곳에 투자 등)이 제한되는 등 일반적인 보증금 활용과는 다른 성격으로「부가가치세법 시행령」 제49조의2제1항의 규정이 적용되지 아니함

   ○ 또한 임대보증금을 현금으로 납부하지 아니하고 증권으로 납부하여 국가, 지방자치단체 등이 임차인으로부터 그 이자상당액을 사용료에 추가하여 지급받는 경우 당해 이자상당액은 부가가치세의 과세표준에 포함하는 것이며

    - 재화 또는 용역을 공급하고 사전의 공급계약에 의하여 확정된 대가의 지연지급으로 인하여 그 지연정도에 따라 지연이자 등을 징수하는 경우 당해 이자상당액은 「부가가치세법」 제13조제2항제5호의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 것임

   ○ 국가, 지방자치단체 등이 「국유재산법」 제25조 규정에 의거 국유재산 사용료(임대료)를 국유재산을 사용하기전에 연간 사용료로 선납받는 경우 「부가가치세법 시행령」 제38조제3호의 규정에 의하여 계약체결시점을 기준으로2007.01.01.이후 계약을 체결(최초 계약 및 수정, 변경, 갱신을 포함)하여 공급하는 분부터 부가가치세가 과세되는 것임

   ○ 「지방공기업법」 제76조 규정에 의하여 설립된 지방공단이 지방자치단체로부터 위임을 받아 지방자치단체의 지하도상가 점포 임대외에 자판기, 전파송수신기, 출구안내표지 등의 부수적 시설물에 대한 공간사용의 대가로 받는 사용료는 「부가가치세법 시행령」 제38조제3호의 규정을 적용하여 부가가치세가 과세되는 것임

   ○ 지방자치단체가 「도로법」 및 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」에 규정에 의하여 도로 및 녹지점용자에게 부과·징수하는 점용료는 2007.01.01.이후 계약을 체결하고 공급하는 분부터 부가가치세가 과세되는 것이며, 도로무단점용자에게 부과되는 변상금은 계약상 또는 법률상의 원인이 없는 손해배상금으로서 「부가가치세법」 제1조의 규정에 의한 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니함

   ○ 「지방공기업법」 제76조 규정에 의하여 설립된 지방공단이 위임자(국가 또는 지방자치단체)로부터 그 시설의 관리 및 운영을 위임받아 동 시설을 관리하는 경우 당해 위임받은 사업에 대한 사업장 및 세금계산서의 수수방법은 개정된 「부가가치세법 시행령」 제4조제1항제13호 본문 및 같은 법 시행령 제58조의 규정을 참고하시기 바람

  【부가46015-473, 2001.03.13】

  부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 동법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있음. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임.