1. 질의내용 요약

[사실관계]

1. A주택

- 1999.07.01. 파주시 ○○읍 A아파트(1층, 전용면적: 111.21㎡) 계약

- 2001.05.31. 취득하여 부모님 거주

- 거래가 4억 2천만 원 예상, 비과세 요건 충족

2. B주택

- 2000.11.30. 파주시 ○○ B아파트(1층, 전용면적: 84.98㎡) 계약

- 2002.10.25. 취득 및 본인이 거주(조세특례제한법에 감면주택)

3. C주택

- 2003.05.21. 고양시 ○○구 C아파트(전용면적: 124.94㎡) 당첨 및 계약

- 2006.04.19. 취득

[질의사항]

- A주택을 양도시 양도소득세 비과세 및 B주택 또는 C주택을 양도시 과세 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제99조의 3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세 특례(2001.08.14)]

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.12.31 개정)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우(2003.05.29 개정)

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우(2003.05.29)

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.(2006.12.30 개정)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.(2000.12.29 신설)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2000.12.29 신설)

○ 조세특례제한법시행령 제99조의 3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(2001.08.14 재목개정)]

① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.(2005.02.19 법명개정)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.(2000.12.29 신설)

③ 이하여백

○ (구) 조세특례제한법 제99조의 3의 : 2000.12.29 법률 제6297호, 개정

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 대통령령이 정하는 수도권외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(국민주택에 한하며 이에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.(2000.12. 29 신설)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2000.12.29 신설)

2000년 11월 1일부터 2001년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

○ (구) 조세특례제한법시행령 제99조의 3 【수도권외 지역 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 면제】

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 수도권"이라 함은 별표 7 제1호의 규정에 의한 수도권을 말한다.(2000.12.29 신설)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.(2000.12.29 신설)

○ 부 칙 (2001. 8.14 법률 제6501호)

제1조 【시행일】

이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조의 2의 개정규정은 2001년 11월 1일부터 시행한다.

제13조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면에 관한 경과조치】

2001년 5월 23일전에 종전의 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득하여 이 법 시행후 동주택을 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

○ 소득세법 제89조 [비과세양도소득]

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.(2005.12.31 개정)

1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발행하는 소득(1994.12.22 개정)

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득(1994.12.22 개정)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득(2005.12.31 개정)

○ 소득세법 제104조 [ 양도소득세의 세율 ]

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 대에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.(2003.12.30 개정)

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 (2004.12.31 개정)

┌──────────┬────────────────────┐

│<양도소득과세표준> │ <세 율> │

├──────────┼────────────────────┤

│ 1천만원 이하 │과세표준의 100분의 9 │

├──────────┼────────────────────┤

│ 1천만원 초과 │90만원＋1천만 원을 초과하는 금액의 │

│ 4천만원 이하 │100분의 18 │

├──────────┼────────────────────┤

│ 4천만원 초과 │630만원＋4천만 원을 초과하는 금액의 │

│ 8천만원 이하 │100분의 27 │

├──────────┼────────────────────┤

│ 8천만원 초과 │1천710만원＋8천만 원을 초과하는 금액의 │

│ │100분의 36 │

└──────────┴────────────────────┘

① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(2005. 12.31 개정)

○ 농어촌특별세법 제5조 [과세표준과 세율]

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. <개정 94·12·22 법4806, 98·12·28 법5584, 99·12·28 법6045, 2000·12·29, 2001·12·29, 2005ㆍ1ㆍ5>

1. 조세특례제한법·관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면면세액(제2호의 경우를 제외한다)

세율 100분의 20

③ 비과세 및 소득공제를 받는 경우에는 대통령령이 정하는 계산방법에 의하여 계산한 금액을 감면을 받는 세액으로 보아 제1항제1호의 규정을 적용한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면5팀 -495, 2007.02.08.

[ 질의 ]

(사실관계)

-경기도 안산시 단원구 고잔동 소재 31평 아파트 매수 및 거주

(계약일: 1999.12.11, 등기일 :2000.08.22)

-경기 안산시 단원구 초지동 소재 36평 조세감면대상 신축주택 취득

(계약일 : 2001.09.18, 등기일 2004.10.08)

(질의내용)

- 일반주택을 2008년 이후 양도시 비과세 여부

- 일반주택을 보유한 상태에서 2009년 이후 신축주택 양도시 감면 여부

[ 회신 ]

1. 거주자(주택건설사업자 제외)가 2001.5.23부터 2003.6.30 까지(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역의 경우 2002.12.31까지)의 기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하고 취득한 신축주택(매매계약일 현재 입주한 사실이 없는 주택을 말하는 분양권을 구입하여 취득하는 주택은 제외)을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면(5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생하는 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감)하는 것이며, 감면세액의 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것이며,

2.「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니합니다.

○ 서면5팀 -57, 2007.01.04.

양도소득세의 산출세액은 소득세법 제104조 제1항 각호 규정에 의하여 당해 연도에 양도한 자산의 소득금액에 대하여 같은 호의 세율이 적용되는 경우에는 소득금액을 합산하여 세율을 적용하여 산출세액을 정하는 것이며, 양도소득세의 감면세액 산정은 소득세법 제90조 규정에 의하여 산정하는 것으로서 당해 연도에 양도한 자산이 소득세법 제104조 제1항 각호의 세율이 적용되는 경우에는 각호별로 산출세액과 감면세액을 산정하는 것입니다.

다만, 양도소득기본공제는 소득세법 제103조 제2항 규정에 의하여 감면소득금액 외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고 감면소득금액외의 양도소득금액 중에서는 당해연도 중 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서 부터 순차적으로 공제하는 것입니다.

○ 서면4팀 -750, 2006.03.29.

[ 질의 ]

○ 경기 용인 ○○동 ***번지 ◇◇◇◇ 2차 51평(전용면적 40.82평)을 336,000,000원에 분양사업자인 (주)☆☆☆ 건설과 본인명의로 2002년 8월 19일 계약금을 지불하고, 분양계약했음. 2005년 1월 19일 동 아파트 등기를 완료하고, 현재까지 본인이 소유하고 있음.

(문의1) 본인이 동 아파트를 그 취득일부터 5년 이내인 2010년 1월 18일 이전에 양도한다면, 조세특례제한법 제99조의3항에 해당하여, 양도소득세 전액 감면 주택에 해당되는지 여부?

(문의2) 본인이 동 아파트를 7억 원에 양도한다면, 조세특례제한법 제99조 제3항에 해당하며, 양도소득세 전액 감면 주택에 해당되는지 여부?

(문의3) 동 아파트가 양도소득세 전액감면주택이라면, 양도 후 양도소득세 사전신고를 한다면, 농어촌특별세 20% 세액계산시, 자진납부양도세액계산에 사전신고세액공제 10%를 감하여, 농어촌특별세 20%를 계산하는지 여부?

(문의4) 동 아파트가 양도소득세 전액감면주택이라면, 양도소득할주민세는 납부해야되는지 여부?

(문의5) 상기 문의1,2,3,4에 답변을 근거로 양도소득세를 납부했을시, 법적 구제력은 어디까지인지?

[ 회신 ]

1. (문의1) 조세특례제한법 제99조의3의 규정에 의하면, 거주자(주택건설사업자를 제외)로서 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지(단, 서울시.과천시.분당.일산.평촌.산본.중동신도시는 2002.12.31.까지) 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(단, 매매계약을 현재 입주한 사실이 있거나 당해 기간 중 동법 시행령 제99조의3 제4항의 규정의 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외. 이하 "신축주택" 이라 함)을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 양도소득세 감면세액의 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것임. 이 경우 양도소득세 감면혜택이 배제되는 고가주택은 조세특례제한법 부칙(2002. 12. 11.법률 제6762호) 제29조에 의해 판단하는 것이므로 귀 사례(2002.8.19.계약)의 경우 고가주택의 일정요건인 면적기준인 전용면적 165제곱미터 이상을 충족하지 못하였으므로 양도소득세 감면혜택을 받을 수 있는 것입니다.

2. (문의2) 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조 제1항에 의하여 같은법 제99조 또는 제99조의 3의 "신축주택에 대한 양도소득세 과세특례규정"이 적용되는 신축주택을 양도한 경우, 납세자가 조세특례제한법 제99조 또는 제99조의3, 같은법 시행령 제99조의 3 제2항 규정에 의하여 양도소득금액을 계산하는 때에는 소득세법 제95조 제3항 규정을 적용할 수 없는 것입니다.

3. (문의3) 상기 1.에서 양도소득세 감면세액이라함은 예정신고납부세액공제를 하기 전의 금액을 말하는 것입니다.

4. (문의4) 주민세 관련문의는 지방세 소관부서인 구청 또는 시청에 문의하여 도움을 받으시기 바랍니다.

5. (문의5) 세법의 해석ㆍ적용은 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준, 소급과세의 금지) 등 관련 법령이 정하는 기준에 따라 과세 관청이 집행하는 행정행위의 일부로서 이루어지는 것으로서, 세법의 해석ㆍ적용방법에 관한 국세청장의 훈령 또는 지시로서의 성격을 가지는 예규 또는 문의회신은 그 자체가 법규로서의 효력을 가지지는 아니하는 것이나, 세법의 해석과 그 집행에 있어 통일적ㆍ공통적 기준을 제시하여 불공평을 방지하고 실무상 혼란을 제거하여 행정의 효율을 제고시키는 것으로서 과세관청을 가속하는 것으로 공표되는 것이며, 이러한 예규가 과세관청은 물론 납세자에게 이의 없이 계속적 반복적으로 적용되어 관행으로 정립되었다면 그러한 해석은 정당한 것으로 인정되는 것입니다.

○ 서면4팀 -1845, 2005.10.10.

[ 질의 ]

○ A주택 : 1999.07.01 파주시 ○○면 ○○리 소재 미분양된 ○○아파트 44평형(111.213㎡)을 계약 거주중임(국민주택이 아니어서 조세특례제한법 제99조의 감면대상주택 아님)

○ B주택 : 2000.11.30 파주시 ○○읍 ○○리에 미분양된 ××아파트 35평형을 주택건설업자와 계약하여 취득함.

○ C주택 : 2003.05.21 고양시 ○○동 소재 △△△△△ 2차 6단지 46평형을 청약ㆍ당첨되어 계약하였음.

- C주택의 잔금을 납부하면 1세대 3주택이 되는데 잔금을 납부하기 전에 A주택을 양도하는 경우 1세대 1주택으로 비과세되는지?

* B주택의 경우 수도권외의 지역에 소재한 주택으로서 2000.11.01부터 2001.12.31까지의 기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택에 해당하므로 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100％ 감면하는 것으로 알고 있음.

[ 회신 ]

1. 구 조세특례제한법(2001.08.14 법률 제6501호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3(수도권외 지역 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)의 규정에 의하면, 거주자(주택건설사업자를 제외함)가 동법 시행령 별표7(2002.12.30 삭제되기 전의 것) 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 신축주택으로서 주택건설업자와 2000.11.01부터 2001.12.31까지의 기간 중에 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것이나, 농어촌특별세법 제3조 및 제5조의 규정에 의하여 그 감면세액의 20％를 농어촌특별세로 과세하는 것입니다.

2. 상기의 신축주택은 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 1세대 1주택을 판정함에 있어 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로, 신축주택외의 다른 1주택을 양도하는 경우 그 양도일 현재 양도하는 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에는 소득세법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세가 비과세되는 것입니다.