1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- IMF때 미분양 아파트 1채를 1998년 10월에 분양받아 서울시 도시개발공사와 최초 매매계약을 하고, 1998년 11월에 입주함.
- 상기 주택을 2007.12.31.까지 팔지 않고 2008년 이후에 팔면 감면혜택이 소멸되고 다른 주택 1개를 보유하면 1세대 2주택이 된다고 하여 질의함.
○ 질의내용
- IMF주택을 팔지 않고 몇 년이고 계속 보유하다가 팔았을 때 최초 입주하여 5년 동안 한해서 양도소득세(농특세 제외)를 전액 면제하는 것인지?
- IMF주택을 장기보유시 혜택을 적용하여 준다고 했는데 최초 입주하여 5년 경과후 보유년수에 따라 어떠한 혜택을 적용해 주는 것인지?
- IMF주택 1개를 보유중 다른 주택 1개를 매수하여 주택 2개를 몇 년(법이 바뀌지 않는 한)보유하고 있다가 어느날 IMF주택을 먼저 팔았을 경우 양도세는 어떻게 되는지?
- 종합부동산세의 과세대상에서 IMF주택을 제외하는지 아니면 포함하는지?
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】
① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)
1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)
2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)
② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】
① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)
② 법 제99조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 1998년 5월 21일 이전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. (1998. 12. 31. 개정)
③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. (1999. 10. 30. 신설)
1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (2005. 2. 19. 개정)
2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (1999. 10. 30. 신설)
④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1999. 10. 30. 개정)
1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택 (1999. 10. 30. 개정)
가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류 (1999. 10. 30. 개정)
나. 건축물관리대장 (1999. 10. 30. 개정)
2. 제3항 제2호의 주택 (1999. 10. 30. 개정)
가. 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실을 입증할 수 있는 증빙서류 (1999. 10. 30. 개정)
나. 제1호의 서류 (1999. 10. 30. 개정)
3. 기타의 주택 (1999. 10. 30. 신설)
가. 취득시의 주택매매계약서 (1999. 10. 30. 신설)
나. 계약금을 납부한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류 (1999. 10. 30. 신설)
○ 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 (2001. 12. 31. 제목개정)
① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)
┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘양도소득금액 × ─────────────────────
┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘○ 종합부동산세법 제7조 【납세의무자】
① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 “주택분 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우, 개인은 1세대에 속하는 자(이하 “세대원”이라 한다) 중 대통령령이 정하는 주된 주택소유자(이하 “주된 주택소유자”라 한다)가 납세의무자가 된다. (2005. 12. 31. 개정)
② 주된 주택소유자 또는 세대원의 판정은 과세기준일 현재의 상황에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)
③ 주된 주택소유자 외의 세대원은 그가 소유한 주택의 공시가격을 한도로 주된 주택소유자와 연대하여 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. (2005. 12. 31. 신설)
○ 종합부동산세법 제8조 【과세표준】
① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. (2005. 12. 31. 개정)
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. (2005. 12. 31. 신설)
1. 「임대주택법」 제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택 (2005. 12. 31. 신설)
2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령이 정하는 주택 (2005. 12. 31. 신설)
③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 당해 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (2007. 1. 11. 신설)
○ 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】
① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 「임대주택법」 제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 따른 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)
1. 「임대주택법」 제2조 제2호의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 (2005. 5. 31. 제정)
가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것 (2005. 12. 31. 개정)
나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2005. 5. 31. 제정)
2. 「임대주택법」 제2조 제3호의 규정에 의한 매입임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택 (2005. 5. 31. 제정)
가. 「주택법」 제2조 제3호의 규정에 의한 국민주택(이하 “국민주택”이라 한다) 규모 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격 3억원 이하일 것 (2005. 12. 31. 개정)
나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2005. 5. 31. 제정)
3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 (2005. 5. 31. 제정)
가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것 (2005. 12. 31. 개정)
나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2005. 5. 31. 제정)
② 이하생략
○ 종합부동산세법 시행령 제4조 【합산배제 기타주택】
① 법 제8조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 기타주택”이라 한다)을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)
1. 종업원에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하의 주택. 다만, 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 종업원에게 제공하는 주택을 제외한다. (2005. 5. 31. 제정)
가. 사용자가 개인인 경우에는 그 사용자와의 관계에 있어서 「국세기본법 시행령」 제20조 제1호 내지 제8호에 해당하는 자 (2005. 5. 31. 제정)
나. 사용자가 법인인 경우에는 「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주 (2005. 5. 31. 제정)
2. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호 라목의 기숙사 (2005. 5. 31. 제정)
3. 과세기준일 현재 사업자등록을 한 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자가 건축하여 소유하는 주택으로서 재정경제부령이 정하는 미분양 주택 (2005. 12. 31. 개정)
가. 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻은 자 (2005. 5. 31. 제정)
나. 「건축법」 제8조의 규정에 의한 허가를 받은 자 (2005. 5. 31. 제정)
4. 세대원이 「영유아보육법」 제13조의 규정에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 사업자등록을 한 후 과세기준일 현재 5년(이하 “의무운영기간”이라 한다) 이상 계속하여 가정보육시설로 운영하는 주택(이하 “가정보육시설용 주택”이라 한다) (2005. 12. 31. 개정)
② 이하생략
나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
○ 서면5팀-724, 2007.03.05
【질의】
(사실관계)
- 서울시 노원구 소재 A아파트(25평형)는 IMF 미분양 아파트로 분양받아 취득함.(1998.10.1. 최초 계약일)
- 상기 주택외 다른 1주택(B주택)을 취득하여 중복보유기간 1년을 초과하였을 경우 양도소득세에 대해 질의함.
(질의내용)
- 2주택 중복보유기간 1년을 초과하여 A아파트를 양도하는 경우 양도소득세 계산은.
- B주택을 먼저 양도하는 경우와 A아파트 양도 이후에 B주택양도시 과세여부
【회신】
1. 거주자(주택건설사업자를 제외함)가 주택건설사업자와 1998.5.22.부터 1999.6.30.까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998.5.22.부터 1999.12.31.까지)내에 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득하는 신축주택(「소득세법 시행령」 제156조의 규정에 해당하는 고가주택을 제외함)을 그 취득한 날로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의100에 상당하는 세액을 감면하고 그 감면받은 세액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것이며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 것임.
2. 위1.의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축 주택외의 주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우에는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 양도소득세 비과세 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택은 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임.
○ 서면5팀-249, 2007.01.22
【회신】
조세특례제한법 제99조 규정에 해당하는 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에는 양도소득금액은 과세대상소득금액에서 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하여 계산하는 것임.
○ 서면5팀-1217, 2006.12.13
【회신】
「종합부동산세법」 제7조 및 동법 제3조에 의하여 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있는 것이며, 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 하고, 이 경우 보유하고 있는 주택이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 및 제4조 규정인 합산배제 임대주택 및 합산배제 기타주택에 해당하는 경우에는 당해 주택의 과세표준은 합산하지 아니하는 것임.