1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 비영리법인이 지방자치단체장인 구청장과의 협의에 의해 구청소유의 청소년수련관을 위탇받아 운영하기로 협약하고 수련관운영에 따른 수익이 지방자치단체에 귀속될 경우 법인세 과세여부

○ 질의요지

비영리법인이 지방자치단체로부터 청소년수련관의 위탁운영으로 인해 발생한 수익이 지방자치단체에 귀속될 경우 수익사업 해당여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

 ○ 법인세법 제1조 【정 의】

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998. 12. 28. 개정)

2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

가. 「민법」 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인 (2006. 12. 30. 개정)

나. 「사립학교법」 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)

다. 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)

 ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익(이하생략)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-986, 2006.05.30

비영리법인이 지방자치단체로부터 시설물관리 및 운영업무를 위탁 받아 일반이용자에게 시설사용료를 받는 경우에는 법인세법 제3조 제2항의 수익사업에서 생기는 소득이며, 같은법 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 해야 하는 것임.

○ 서면2팀-2566, 2004.12.08

귀 질의의 경우 비영리법인이 지방자치단체로부터 병원의 운영권과 시설물사용관리권을 위탁받아 이를 관리ㆍ운영하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 법인세법 제2조 제3항의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임.

○ 제도46012-12496, 2001.07.31

지방공기업법에 의하여 설립된 부천시시설관리공단은 법인세법 제1조 제2호 나목의 규정에 의한 비영리내국법인에 해당하지 아니하는 것이며,

부천시와 시설물관리에 대한 위·수탁계약을 체결하여 동 시설물을 관리·운영함에 있어서 시설물사용료에 대한 수입금액 전액이 부천시에 귀속되고 공단은 부천시로부터 시설물의 관리·운영에 대한 경비상당액을 지급받는 경우 지방자치단체에 귀속되는 수입금액에 대하여는 법인세법 제2조 제3항의 규정에 의하여 납세의무가 없는 것임.

○ 법인46012-1692, 1998.06.24

【질의】

비영리법인이 서울시로부터 장애인종합복지시설을 위탁받아 관리 및 운영하고 복지관 운영에 따른 수익금 등에 의해 취득한 재산을 서울시에 귀속시키는 경우 법인세 납세의무 여부

【회신】

비영리법인이 지방자치단체로부터 장애인종합복지시설의 운영권과 사용관리권을 위탁받아 이를 운영·관리함에 따라 발생하는 수익금을 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 경우 당해 수익에 대하여는 법인세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임.

○ 법인46012-4619, 1995.12.26

비영리법인이 지방자치단체로부터 병원의 운영권과 시설물사용관리권을 위탁받아 이를 관리·운용하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 법인세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임.

○ 적부2001-1020, 2002.01.22

(10) 또한, 청구법인의 대행사업이 법인세법상 비영리법인의 수익사업에 해당 되는지를 보면, 비영리법인의 경우 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것 (같은취지 : 대법 95누 14435, 1996. 6. 14)인바, 청구법인이 국가(○○부)로부터 대행사업비를 수령하여 사업비로 집행한 후 미집행잔액 및 이자수익 등을 등을 전액 국가에 반납하여 동 사업의 모든 수익이 최종적으로 국가에 귀속된다할 것이므로, 대행사업은 청구법인의 수익사업으로 보기 보다는 사실상 비영리법인의 고유 목적사업인 비수익사업을 수행하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(11) 그렇다면, 대행사업의 효과가 사업의 주체인 국가에 귀속되고, 청구법인은 국가를 대신하여 업무를 수행하고 단순히 정부의 예산회계관계 법령에 따라 대행사업비를 수령하여 지급업무를 대행한 것일 뿐만 아니라, 법인세법상 비영리 법인이 수익사업을 영위한 것으로도 보기 어려운 이 건의 경우, 국가로부터 대행사업비로 수령한 금액을 국립공원용역 제공의 대가라 하여 계산서 교부대상으로 보아 청구법인이 환경부로부터 당초 수령한 금액과 그 정산반환금을 가산세 과세대상으로 감사결과 과세예고통지한 것은 부당한 것으로 판단된다.