1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 당사는 제조업을 영위하는 중소기업으로 기술개발촉진법에 의해 인가받은 기업부설연구소를 운영하고 있으며, 연구소에 근무하는 인원 중 임원이 2명이 연구개발만 전담하고 타 업무는 하지 않고 있음. 당사의 대표이사는 2인으로 대표A는 17%, 대표B는 15% 지분을 소유하고 있으며, 임원 “갑”은 등기임원(연구소장)으로 5%, 임원 “을”은 비등기임원으로 5% 지분을 소유하고 있음. 이 경우 임원 “갑”과 “을”이 주주인 임원으로서 조세특례제한법 시행령 제13조 제8항 제3호에서 규정하는 특수관계자에 해당하는지 여부와 임원 “갑”과 “을”에 대한 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부에 대하여 질의함.

○ 질의요지

- 연구전담부서에 소속된 주주인 임원의 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 있는 요건

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】 (2001. 3. 28. 제목개정)

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (2005. 3. 11. 개정)

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 “전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (1999. 4. 26. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제13조 【주식매수선택권에 대한 과세특례】 (2000. 12. 29. 제목개정)

⑧ 법 제15조 제1항ㆍ제2항 및 제4항에 따른 종업원 등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자 (2000. 12. 29. 개정)

2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제87조 제3항의 규정에 의한 지배주주 및 당해 법인의 총 발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주 (2005. 2. 19. 개정)

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제6호의 규정을 적용함에 있어서 동호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 보며, 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 재조예46070-202, 2000.05.31

조세특례제한법시행령 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①과 동법시행규칙 제6조 제2항을 적용함에 있어 세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서” 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사하고, “주주”인 연구요원 등의 경우에는 동법시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당되지 않아야 되는 것임.