※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 내 용

  - 1994년 8월 5일 농지 취득(농업진흥지역내 답 2,474㎡)

  - 2003년 5월 28일 농지 일부면적 660㎡를 창고용지로 지목변경후 농기계 보관 및 작물저장 창고(농막)를 신축함

    ․ 면적 및 구조 : 135.02㎡, 경량철골조(용적율 20%)

   ※ 재촌․자경여부는 불분명

 ○ 질 의

  - 실질적으로 농기계 보관 및 작물저장 창고로 사용하고 있는 바, 창고정착면적만을 농지로 보아야 하는지, 아니면 용적율 제한 등으로 인한 건축이므로 그 부수토지까지 농지로 보아야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정)

   ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정)

   ② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. (2002. 12. 11. 신설)

   ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정)

 ○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

   (2001. 12. 31. 제목개정)

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙)

    1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31. 신설)

    2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001. 12. 31. 신설)

  ② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 「농업ㆍ농촌기본법」 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

  ③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금”이라 함은 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제3조의 2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

 ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙)

    1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)

   가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정)

   나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정)

    2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31. 개정)

   ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

 ⑥ 「소득세법」 제89조 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다. (2006. 2. 9. 개정)

 ⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

○ 소득세법 제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】

   ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

    1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

      가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

      나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

 ○ 소득세법 시행령 제168조의 7 【토지지목의 판정】

   법 제104조의 3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 시행령 제168조의 8 【농지의 범위 등】

   ① 법 제104조의 3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다. (2005. 12. 31. 신설)

   ② 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

   ③ 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 단서에서 “「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

    1. 「농지법」 제6조 제2항 제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제8호ㆍ제9호 가목 또는 라목에 해당하는 농지 (2005. 12. 31. 신설)

    2. 「농지법」 제6조 제2항 제3호의 규정에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    3. 「농지법」 제6조 제2항 제4호의 규정에 따라 이농당시 소유하고 있던 농지로서 그 이농일부터 3년이 경과하지 아니한 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    4. 「농지법」 제6조 제2항 제6호의 규정에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 동법 제6조 제2항 제7호의 규정에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    5. 「농지법」 제6조 제2항 제9호 마목 내지 사목의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    6. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다) (2005. 12. 31. 신설)

    7. 소유자(제154조 제6항의 규정에 따른 가족 중 소유자와 동거하면서 함께 영농에 종사한 자를 포함한다)가 질병, 고령, 징집, 취학, 선거에 의한 공직취임 그 밖에 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 자경할 수 없는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지 (2005. 12. 31. 신설)

      가. 당해 사유 발생일부터 소급하여 5년 이상 계속하여 재촌하면서 자경한 농지로서 당해 사유 발생 이후에도 소유자가 재촌하고 있을 것. 이 경우 당해 사유 발생당시 소유자와 동거하던 제154조 제6항의 규정에 따른 가족이 농지 소재지에 재촌하고 있는 경우에는 그 소유자가 재촌하고 있는 것으로 본다. (2005. 12. 31. 신설)

      나. 「농지법」 제22조의 규정에 따라 농지를 임대하거나 사용대할 것 (2005. 12. 31. 신설)

    8. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법」 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지 (2005. 12. 31. 신설)

    9. 「농지법」 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 재정경제부령이 정하는 농지 (2005. 12. 31. 신설)

   ④ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

   ⑤ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 단서에서 “소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

    1. 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지 (2005. 12. 31. 신설)

    2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지 (2005. 12. 31. 신설)

   ⑥ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2년을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

   ⑦ 제3항 제7호를 적용받고자 하는 자는 법 제105조 또는 법 제110조의 규정에 의한 양도소득세 과세표준 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 서류를 제출하여야 한다. (2005. 12. 31. 신설)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-1952, 2006.06.23

  【회신】

  조세특례제한법 제69조의 “자경농지에 대한 양도소득세의 감면”규정은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함. 이하 같음) 안의 지역이나 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구에 거주하면서 자기가 직접 8년 이상 경작한 사실이 있는 경우로서 양도일 현재 지방세법상 농업소득세 과세대상(비과세 감면 및 소액부징수 대상을 포함함)이 되는 토지(농지)에 대하여 적용하는 것이며, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임.

○ 서면4팀-703 (2006.03.24)

  【회신】

 소득세법 제104조의 3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하는 것이며, 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함하는 것으로 소득세법 시행령 제168조의 8 제1항에서 규정하고 있는 바, 귀 질의의 경우 양수장용 토지가 농지에 해당되는지의 여부는 토지의 위치, 실질 사용현황 등 구체적 사실을 확인하여 판단할 사항이며, 농지에 해당될 경우 당해 농지가 비사업용 토지인지의 여부는 질의내용이 불분명하여 명확한 답변을 할 수 없으나, 소득세법 제104조의 3, 동법 시행령 제168조의 6 및 동법 시행령 제168조의 14 등 관련규정에 따라 판단할 사항임.

○ 서면4팀-1224 (2006.05.02)

  【회신】

     현행 「조세특례제한법」 제70조에서 규정하는 “농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면, 소액부징수 대상을 포함)이 되는 토지”란 「지방세법」 제197조 및 제198조, 동법 시행령 제147조의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 작물 재배업의 분류에 속하는 작물(버섯재배 포함)을 재배하는 농지를 말하는 것이며, 이 경우 “농지”란 전ㆍ답으로서 지적공부상 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지를 말하는 것으로 이에 해당하는지의 여부는 사실확인하여 판단할 사항인 것임.

( 이 하 여 백 )