1. 질의내용 요약

A,B(당사와 특수관계자 임)의 회사는 2005년부터 농산물을 수입하여 수입세금계산서를 수취한 후 일정마진이 가산된 금액으로 당사(C)에게 공급하고 세금계산서를 발행하였음.

세관으로부터 조사를 받던 중 수입단가를 더 높게 조정한 것만큼의 금액을 2007년 5월에 당사 앞으로 수입세금계산서를 발행하였음.

당초 2005년 A,B가 수입했던 수입세금계산서 만큼의 금액은 최종 화주가 당사라 하여 A,B 회사의 수입건에 대해 수입자를 당사로 경정하여 관세, 가산세, 부가가치세를 당사에게 고지하였음.

이 경우 부가가치세법 상 수정세금계산서는 그 사유가 발생한 날(2007년 5월)로 하여 발급을 하여야 하는 것인지, 당초 수입신고수리일(2005년)로 하여 발급하여야 하는 것인지 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

O 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 이하생략

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.

O 부가가치세법 시행령 제56조 【수입세금계산서】

법 제16조 제3항의 규정에 의하여 교부하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 의한다.

O 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】

법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

 1. 이하생략

 O 부가가치세법 기본통칙 17-0-8 【수입세금계산서에 의한 매입세액 공제】

사업자가 자기의 사업과 관련된 재화의 수입에 따른 수입세금계산서를 수입일이 속하는 과세기간 경과 후에 교부받은 때에는 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

【서면3팀-305, 2005.03.03】

 사업자가 재화를 수입하고 세관장이 그 수입된 재화에 대하여 관세청장 고시에 의하여 발행한 수입세금계산서를 교부받은 경우에는 동 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제1항 제1의 2호의 규정된 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 아니하는 것이며, 동 관련매입세액은 동법 동조의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하는 것임.