1. 질의내용 요약
○ 사실관계 및 질의요지
- 우리도 관내 00의료원은 1983.6.28자로 도립 마산․진주 의료원에서 지방공사로 설립인가를 득하였으며, 지방공사로 설립할 당시 00도에서는 지방공기업법 시행령 제48조 및 지방공사 00의료원 설치조례 제4조의 규정에 의거 재산(부지 및 건물)을 의료원으로 현물출자 함.
- 00의료원에서는 현물출자된 자산을 기본재산으로 하여 법인설립 등기만 하고 출자한 재산의 소유권 이전 등기를 하지 않고 의료원의 고정자산으로 관리하고 있음.
- 소유권이 00도로 되어 있는 지방의료원으로 이전 등기시
(질의1): 1983.6.28 마산․진주 의료원에 현물출자한 부지 및 건물을 소유권 이전시 법인세 부과 대상 여부.
(질의2): 00의료원의 경우 신축 이전계획에 의하여 현재의 의료원 재산(부지 및 건물)을 진주의료원으로 등기 이전후 매각하여 신축비 일부를 부담할 경우, 국세부과대상 여부.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법제2조 [ 납세의무 ]
① 다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.(1998.12.28 개정)
1. 내국법인(1998.12.28 개정)
2. 국내원천소득이 있는 외국법인(1998.12.28 개정)
② 내국법인 및 외국법인에게 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지등 양도소득이 있는 때에는 이 법에 의하여 법인세로 납부할 의무가 있다.(2001.12.31 개정) [ 부칙 ]
③ 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.(2001.12.31 개정)
④ 내국법인 및 외국법인과 「소득세법」에 의한 거주자 및 비거주자는 이 법에 의하여 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다.(2006.12.30 법명개정)
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)
2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)
2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익
3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것
○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
① (내용 생략)
② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)
③ 법 제3조 제2항 제6호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 「소득세법」 제46조 제1항의 규정에 의한 채권 등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것을 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권 등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제2조 제1항 제8호에 규정된 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다. (2005. 2. 19. 개정).
○ 제60조 【과세표준 등의 신고】
① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) (1998. 12. 28. 개정)
2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (1998. 12. 28. 개정)
3. 기타 대통령령이 정하는 서류 (1998. 12. 28. 개정)
③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28. 개정)
⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)
1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2006. 12. 30. 개정)
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)
1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)
나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.
가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것
나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다.
가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)
나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설)
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
5. 「지방세법」 제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지
6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설)
7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)
1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)
2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)
3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)
⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정)
⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-944,2007.05.16
귀 질의의 경우, 당해 대학이「법인세법」제２조 제３항에 규정하는 “국가 및 지방단체(지방자치단체조합을 포함)”에 해당하는지 여부가 불분명하나,
내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것임.
○ 서면2팀-723, 2007.04.25
【회신】
귀 질의의 경우, 비영리법인이 고정자산처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(「법인세법 시행령」 제1항의 수익사업을 제외)에 직접 사용한 것을 제외한 고정자산의 처분으로 생기는 수입은 같은법 제3조 제2항의 수익사업에 해당되고, 동 출연(증여)받은 자산의 취득가액은 같은법 시행령 제72조 제1항 제5호에 의한 취득당시의 시가로 하는 것이며,
처분자산이 같은법 제55조의 2 제1항 제3호의 비사업용토지에 해당 여부는 관련 법령에 따라 사실판단할 사항이며, 같은법 제6항의 규정에 의하여 양도금액에서 차감하는 양도당시의 장부가액은 세무상 장부가액을 말하는 것임.
【회신】
1. 귀 질의의 경우 한국전기제품안전진흥원 및 전자파장해공동연구소가 비영리내국법인인지 등은 불분명하나, 법인이 자산을 양도하는 경우 그 양도금액과 무상으로 받은 자산의 가액은 법인세법시행령 제11조 제2호 및 제5호의 규정에 의하여 익금에 해당하는 것이며, 양도한 자산의 양도당시의 장부가액은 같은령 제19조 제2호의 규정에 의하여 손금에 해당하는 것임.
2. 비영리내국법인의 경우에도 수익사업에서 생긴 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있는 것이며, 법인세법 제55조의 2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】의 규정이 적용되는 것임.
○ 서면2팀-1347,2006.07.14.
【회신】
(질의1)의 경우, 수익사업을 영위하는 비영리법인이 법인세법 시행령 제2조 제2항의 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인한 수입은 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보지 않는 것임.
○ 서면2팀-1135,2006.06.12.
【회신】
법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 「법인세법」제55조의 2 제1항 제3호의 규정에 의하여 토지 등 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 같은 법 시행령 제92조의 3 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간 동안 같은 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 비사업용 토지로 보는 것임.