1. 질의내용 요약

○ 사실관계

고등교육법에 의한 대학교등을 운영하는 비영리법인이 출연받은 토지를 수익사업(임대)에 사용하고 처분함

○ 질의요지

비영리법인이 출연받은 토지를 고유목적사업에 사용하지 않고 처분할 경우 당해 소득에 대한 법인세법 제29조에 의한 고유목적준비금의 손금산입 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 (부칙)

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정) (이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】(중 략)

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. (2006. 2. 9. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 기본통칙 29-56…2 【고유목적사업준비금의 손금산입대상 소득의 범위】

법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 “수익사업에서 발생한 소득”에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 동법 동조 제3항 제4호에서 정한 기한내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 익금에 산입한 금액을 포함한다. (2001. 11. 1. 신설)

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】(중 략)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 (2006. 12. 30. 개정)

3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 (2006. 12. 30. 개정)

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-811, 2006.05.11

【질의】

비영리법인(장학재단)이 목적사업에 사용하던 기본재산으로 임대수입이 발생하는 부동산(토지 및 건물) 일부가 구청에 수용으로 인하여 수용대금을 수령하여 대금중 동 건물의 수리비로 사용하고 나머지는 금액은 기본재산에 편입하고 증자 등기하였음. 목적사업용 토지 및 건물의 일부수용과 관련하여 관련 법인세 및 부가가치세를 납부하는지 여부

【회신】

1. 법인세법 제 3조 제2항 제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것이며,

다만, 동 금액에 대해서는 법인세법 제29조의 규정에 의하여 소득금액의 50％(공익법인의 설립운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)까지 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하여야 하는 것임.(이하생략)

○ 서면2팀-339, 2006.02.14

【질의】

(사실관계 및 질의내용)

〈사립학교법에 의한 학교법인이 부동산을 양도하는 경우〉

(질의 1)의 경우

법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 수익사업을 영위하지 아니하는 학교법인이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하는 경우 제5호의 “고정자산처분으로 인하여 생기는 수입”에 해당하여 법인세를 과세하는지 여부

(질의 2)의 경우

고정자산처분으로 인하여 생기는 수입에 해당하여 법인세를 과세하는 경우 당해 부동산의 양도차익이 법인세법 제29조 제1항 제4호의 수익사업에서 발생한 소득에 해당되어 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할 수 있는지 여부

(이하 생략)

【회신】

귀 질의의 경우 비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하는 경우에는 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되는 것이므로 법인세과세표준신고를 이행하여야 하며, 이때 발생한 소득에 대하여는 같은법 제29조 제1항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 것임.

○ 재법인46012-151, 2003.09.19

【질의】

(사실관계)

1. 본 법인은 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 비영리종교법인으로서 전도, 교육, 구호, 사회봉사 … 등의 사업을 수행하고 있으며 본 법인의 목적과 사업에 필요한 재정염출을 위하여 수익사업도 시행하고 있음.

2. 본 법인이 1961.9.12부터 소유하던 임야를 국가가 2001.11.13 중앙토지수용위원회의 수용재결(수용시기 : 2001.12.28)에 의하여 손실보상금 1,038,249,150원을 공탁하고 2001.12.31 국가명의로 소유권이전등기가 경료되었음.

3. 본 법인이 수용재결에 대한 이의신청을 하여 2002.4.16 중앙토지수용위원회에서 손실보상금을 1,079,675,550원으로 인상변경하는 수용재결을 하고 본 법인이 행정소송을 제기하지 않아 종결되었음.

4. 수용토지는 본 법인이 교인묘지로 사용할 목적으로 취득하였으나 1976.10.경부터 군 부대가 주둔하면서 무단 점유, 사용(1982.8.1 지상에 지휘통제실1동 등 건물과 시설물 설치)해 오고 있어 고유목적사업에 사용할 수가 없었음.

(질의요지)

가. 본 법인은 위 수용토지의 양도소득에 대한 법인세를 납부해야 되는지(손실보상금은 종교목적사업에 사용함).

나. 본 법인이 당초 종교시설(예배당, 교육관, 기도원 등)을 건축할 목적으로 토지(임야)를 취득하였다가 사정에 의하여 종교시설을 건축하지 못하고 양도할 경우(이 경우 양도대금은 종교목적사업에 사용함) 법인세의 납부의무가 있는지.

【회신】

귀 질의의 경우, 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것임. 다만, 동 금액에 대해서는 법인세법 제29조의 규정에 의하여 소득금액의 50％까지 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있음.