1. 질의내용 요약

□ 질의요지

   - 법인으로 보는 단체(교회)가 종교 부지를 처분하여 교회건물을 신축하는 데 자금이 사용된 경우, 처분이익에 대하여 법인세 과세 여부

 □ 사실관계

   - 질의 법인은 종교 보급 및 교화를 목적으로 설립한 비영리 법인으로 보는 단체이며,

   - 서울시 재개발 지역 내 종교 부지를 분양 받아 대금을 완납하였는데, 규모가 작아 모든 교인을 수용할 수 없어 교회건물을 신축하지 못하고 부득이 처분하고자 함.

   - 처분하여 다른 장소에서 교회건물을 신축하는 데 자금이 사용됨.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 통칙)

 ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

  ① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)

   1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

   2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

  ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

   5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

 ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

   ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)

 ○ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

   ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

   1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2006. 12. 30. 개정)

   2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

   3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

   ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

    1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

   가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

   나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

   2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

   가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

   나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

   다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

   가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)

   나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설)

   4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설)

   가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

   나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

   다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

   5. 「지방세법」 제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

   6. 주거용 건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설)

   7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

   ③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

   ④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)

    1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

    2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

   3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

 ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

   ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

   1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)

   2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

   3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)

   4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

   ② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

 ③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정)

   1. 해산한 때 (1998. 12. 28. 개정)

   2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 (1998. 12. 28. 개정)

   3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 (2006. 12. 30. 개정)

   4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) (1998. 12. 28. 개정)

 ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다. (2001. 12. 31. 개정)

   1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001. 12. 31. 개정)

   2. (삭제, 2001. 12. 31.)

   3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998. 12. 31. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

 ○ 서면2팀-1157, 2007.06.14

  【질의】

   (사실관계 및 질의요지)

   - 우리도 관내 ××ㆍ○○의료원은 1983.6.28.자로 도립 ××ㆍ○○의료원에서 지방공사로 설립인가를 득하였으며, 지방공사로 설립할 당시 경상남도에서는 지방공기업법 시행령 제48조 및 지방공사 △△△△의료원 설치조례 제4조의 규정에 의거 재산(부지 및 건물)을 의료원으로 현물출자 함.

   - 의료원에서는 현물출자된 자산을 기본재산으로 하여 법인설립 등기만 하고 출자한 재산의 소유권 이전 등기를 하지 않고 의료원의 고정자산으로 관리하고 있음.

  - 소유권이 경상남도로 되어 있는 지방의료원으로 이전 등기시

  (질의1) 1983.6.28. ××ㆍ○○의료원에 현물출자한 부지 및 건물을 소유권 이전시 법인세 부과 대상 여부

  (질의2) ○○의료원의 경우 신축 이전계획에 의하여 현재의 의료원 재산(부지 및 건물)을 진주의료원으로 등기 이전후 매각하여 신축비 일부를 부담할 경우, 국세부과대상 여부

  【회신】

    귀 (질의1)의 경우,「법인세법」제２조 제３항 규정에 의해 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것임.

    (질의2)의 경우, 「지방공기업법」에 의한 ○○의료원이 비영리내국법인인지 여 부가 불분명하나, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국 법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 의거 법인세를 신고하여야 하는 것임.

    또한, 처분한 고정자산이 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호의 비사업용토지에 해당되는지 여부는 관련 법령에 따라 사실 판단할 사항으로서, 법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 같은 조 규정에 의거 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것임.

 ○ 재법인-279, 2006.04.11

  【질의】

   1. 국세청 서면2팀-110(2006.1.12.)의 답변에서 비영리내국법인으로서 법인으로 보는 단체의 경우에는 법인세법 시행령 제56조 제1항의 규정에서 정한 단체에 한하여 같은법 제29조의 규정을 적용할 수 있는 것이라 하였음.

      이 답변은 주무관청에 등록되지 않은 개별교회에 대해 고유목적사업 준비금을 설정 할 수 없다는 것임.

     국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의거 관할세무서장으로부터 “법인으로 보는 단체의 승인”을 얻고 개별교회가 소속한 (사)한국기독교총연합회가 주무관청에 허가(등록)되어 있다면 당연히 고유목적사업 준비금을 설정할 수 있어야 함.

   2. 본 교회는 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체의 승인을 얻은 개별교회이며, 직접 주무관청인 문화관광부에 등록되어 있지 않았으나 ① (사)한국기독교총연합회가 문화관광부장관으로부터 법인설립허가를 받았고 ② 대한예수교장로회(합신)총회는 (사)한국기독교총연합회 가맹교단임이 증명되고 ③ 본 교회는 대한예수교장로회(합신)총회에 회원교단임이 증명됨. 이 경우에 주무관청에 직접 등록되지 않은 본 교회의 경우 고유목적사업 준비금을 설정할 수 있는 단체에 해당되는지 여부

   (1) 법인세법 제29조(고유목적사업 준비금의 손금산입) 제1항에서 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다) ∼ 이하 생략 ∼ 고 되어 있음.

   (2) 그리고, 법인세법 제29조 제1항에서 대통령령이 정하는 단체를 같은법 시행령 제36조 제1항 마목에서 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”로 규정하고 있음.

   (3) 법문대로 해석하면 주무관청에 등록되지 않은 개별교회가 고유목적사업 준비금을 설정할 수 없음. 한국에는 5만 개별교회들이 있는데 개별적으로 주무관청인 문화관광부에 직접 등록한 종교법인체 총괄표(문화관광부 종무실 2005.3.31. 기준)를 보면 재단법인 118개, 사단법인 121개에 불과하며 그 내용을 보면 개별교회는 없고 (사)한국기독교총연합회 및 유지재단 등이 등록되어 있을 뿐임.

   (4) 또한, 소득세법 제52조 제6항의 규정에 의거 특별공제대상이 되는 기부금의 경우에는 개별교회인 종교단체가 주무관청에 등록되지 아니한 때에도 기부금납입영수증 이외 그 개별종교단체가 소속한 총회 또는 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 중명하는 서류를 원천징수의무자에게 제출하면 공제대상이 된다(국세청 인터넷상담 84221, 2004.7.19.)고 함.

   (질의내용)

   소득세법에서도 기부금 특별공제를 받기 위해 그 개별종교단체가 소속한 총회 또는 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 증명하는 서류를 원천징수의무자에게 제출하면 공제대상이 된다고 하였으므로, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의거 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 얻고 개별교회들이 직접 주무관청에 등록된 단체가 아니더라도 개별교회가 소속한 (사)한국기독교총연합회가 주무관청에 허가를 받은 경우 고유목적사업 준비금을 설정할 수 있는지.

  【회신】

    법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인의 경우 법인세법 시행령 제56조 제1항에 규정하는 단체에 한하여 같은 법 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입)의 규정을 적용받는 것임.

 ○ 서면2팀-811, 2004.04.19

  【질의】

   (질의 1)

   교회의 담당목사가 교회소유의 거주용 주택(사택)에 3년 이상 거주한 경우 고유목적 사용으로 보아 양도차익에 대하여 법인세가 비과세되는지.

   (질의 2)

   (질의 1)의 주택을 매각한 대금을 교회의 확장을 위한 금융기관의 부채상환을 위하여 사용하는 경우 고유목적을 위하여 사용한 것으로 보는지.

   (질의 3)

   교회가 50년 이상 사용하던 교회용 건물과 부지를 매각하고 새로운 교회건물을 구입하여 이전하는 경우 세무상 신고의무는.

  【회신】

   1. 귀 (질의 1)의 경우 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 양도하는 경우의 양도차익은 법인세를 과세하지 않는 것이며,

   2. (질의 2)의 경우 종교의 보급, 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업 준비금을 법인세법시행령 제56조의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 교회를 신축하기 위하여 지출하는 경우에는 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 것임.

   3. (질의 3)의 경우 법인세가 과세되지 않는 경우 법률적인 신고의무는 없으나, 비과세 해당여부확인을 위한 세무서장의 소명요구에 대한 답변 등은 별도의 세무협력사항에 해당하는 것임.