1. 질의내용 요약
□ 질의요지
- 1개의 법인에 여러 개의 수익사업체가 있는 경우 고유목적사업준비금 사용금액의 상계 방법
- 비영리법인의 비영리사업회계에서도 고정자산을 취득할 수 있는지 여부
- 사립학교법에 의한 학교법인 등도 법인세법 제55조의 2를 적용받는지 여부
□ 사실관계
- 질의법인은 비영리법인으로써, 1개의 법인에 여러 개의 수익사업체가 있음.
- 수익사업체별로 출연재산처분자금을 포함한 고유목적사업준비금을 손금계상하여 법인세 조정신고를 하였음.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 통칙)
○ 법인세법 제29조의 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)
1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)
2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)
3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)
② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (2005. 2. 28. 후단개정)
○ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)
1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2006. 12. 30. 개정)
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)
○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 「법인세법」 제29조의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)
1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인 (2003. 12. 30. 개정)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 법인46012-1196, 1998.05.08
【질의】
비영리법인이 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 후 다음 사업연도에 고유목적사업비나 지정기부금을 지출하면서 전년도에 설정한 준비금과 상계하지 아니하고 당기 비용으로 처리한 경우
- 당기비용으로 처리한 금액을 손금불산입하는 것인지, 아니면 당기비용처리금액과 당기 준비금전입액을 합하여 한도초과액만 손금불산입하는 것인지 여부
- 그리고, 한도초과액은 차기이후에 과소설정한 준비금의 범위내에서 손금추인하는지 여부
〈갑설〉 1997년도에 비용으로 계상한 지정기부금등 40원은 1996년에 설정한 준비금이 남아 있으므로 강제상계 처리하고 지정기부금등 40원은 손금불산입(유보) 세무조정함.
〈을설〉 1997년에 비용 계상한 지정기부금등 40원과 준비금 전입액50원 합계 1990원중 당해연도 준비금 한도액 80원은 비용 인정하고 한도초과액 10원만 손금불산입(유보) 처분함.
【회신】
비영리국법인이 고유목적사업비 또는 지정기부금을 지출하면서 기 설정한 고유목적사업준비금의 잔액과 상계하지 아니하고 수익사업부문의 비용으로 직접 계상한 경우에는 이를 고유목적사업준비금을 설정하여 사용한 것으로 보아 동 비용계상액과 당해 사업연도에 설정한 고유목적사업준비금을 합하여 법인세법 제12조의 2 제1항에 규정하는 손금산입범위내에서 손금에 산입하는 것이므로 귀 질의 경우는 을설이 타당함.
○ 재법인-45, 2006.01.14
【질의】
(사실관계)
ｏ 의료법에 의한 의료법인이 의료업에서 발생한 소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하고
- 동 준비금을 타 비영리법인에 대한 지정기부금 또는 의료기기 취득에 사용
ｏ 당해 의료법인은 동일 사업연도에 조세특례제한법 제73조의 규정에 의한 기부금(이하 “특례기부금”이라 함)을 지출함.
(질의개요)
고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 계산함에 있어서 법인세법 시행령 제56조 제3항의 규정에 의한 “수익사업에서 발생한 소득금액”에 대하여
ｏ 고유목적사업준비금 및 법인세법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금(법정기부금)을 손금에 산입하기 전의 소득금액이라고만 규정되어 있는 바
ｏ 조세특례제한법 제73조에 의한 기부금(특례기부금)도 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하는 것인지 여부
【회신】
「법인세법 시행령」 제56조 제3항의 규정에 의한 “당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액”은 고유목적사업준비금과 법인세법 제24조 제2항 및 조세특례제한법 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말하는 것임.
【질의】
특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 일부 수익사업을 사업을 영위하고 있는 경우로서 본사 사옥을 취득하고 사옥취득을 위하여 지출한 금액을 고유목적사업준비금과 상계하려고 하는 바, 수익사업을 영위하는 비영리법인이 건물을 취득한 경우 고유목적사업에 사용한 금액으로 보는 기준이 법인세법에 정하여져 있지 아니하므로 이에 대한 안분계산 방법은.
【회신】
1. 법인세법 제29조의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 사옥을 취득하여 고유목적사업과 수익사업에 사용하는 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 사옥(토지ㆍ건물)의 취득가액은 사용면적을 기준으로 안분계산하는 것이며, 공통으로 사용되는 면적은 같은법시행규칙 제76조 제1항의 규정에 의하여 수익사업에 속하는 것으로 하는 것임.
2. 이 경우 토지와 건물의 취득에 소요된 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 단서의 규정을 준용하여 계산한 가액으로 하는 것임.
【질의】
(상황)
산업기술기반조성사업에관한 법률에 의하여 동 운용요령(산업자원부 고시)의 주관기관이 성공확정 이후 변경되는 경우(한국전기제품안전진흥원 → 전자파장애공동연구소)
- 정부출연금으로 조성된 시험ㆍ연구물과
- 민간부담금으로 조성된 부동산 및 한국전기제품안전진흥원이 자체 자금으로 조성한 건물이(근저당 설정된 부채 포함)
(질의)
주관기관 변경으로 인하여 전자파장애공동연구소로 이관되거나 연구소가 유상으로 취득하는 경우 이관당사자들의 법인세 과세여부
【회신】
1. 귀 질의의 경우 한국전기제품안전진흥원 및 전자파장해공동연구소가 비영리내국법인인지 등은 불분명하나, 법인이 자산을 양도하는 경우 그 양도금액과 무상으로 받은 자산의 가액은 법인세법시행령 제11조 제2호 및 제5호의 규정에 의하여 익금에 해당하는 것이며, 양도한 자산의 양도당시의 장부가액은 같은령 제19조 제2호의 규정에 의하여 손금에 해당하는 것임.
2. 비영리내국법인의 경우에도 수익사업에서 생긴 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있는 것이며, 법인세법 제55조의 2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】의 규정이 적용되는 것임.
【질의】
조특법 제82조(사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제)와 법인세법 제52조의 2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)와 관련하여 종교법인 등이 특정지역의 토지 등을 양도하는 경우 양도소득세를 법인세로 추가하여 납부하는지.
【회신】
비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대한 법인세를 제60조의 규정에 의하여 신고·납부하여야 하는 것이며,
동 법인이 같은법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 같은법 제62조의 2의 규정에 의하여 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것임.