정부는 민간투자법, 민간투자법시행령, 시설사업기본계획 및 협약의 규정에 의해 사업시행자(△△주식회사)에게 다음 각 호의 행위를 할 수 있는 자격 및 권한과 권리를 설정, 부여함.

1. 협약 및 실시계획에 따라 본 사업을 시행할 수 있는 권한.

2. 사업 시행을 위하여 필요한 평택항 내항 동부두(#1.2.3) 건설예정지역 내의 국공유재산을 실시계획이 고시된 날로부터 운영기간이 종료하는 날까지 무상으로 사용·수익할 수 있는 권한.

3. 건설된 부두시설을 무상사용기간 동안 민간투자법에 따라 무상사용하고, 본 사업시설 사용자로부터 본 협약에 따라 결정되는 사용료를 징수하며 본 사업시설을 유지, 보수, 관리할 수 있는 권한.

4. 항만운송사업 중 항만하역사업 등 수입에 반영된 사업을 시행할 수 있는 권한, 기타 해양수산부장관이 인정하는 항만운송사업 및 항만운송관련사업을 시행할 수 있는 권한.

5. 본 사업시설 중다목적부두에 대한 임대사업을 시행할 수 있는 권한.

6. 기타 경미한 수익성 사업을 수행할 수있는 권한.

7. 부대사업을 수행할 수 있는 권한.

상단 7번 항목의 부대사업을 수행할 수 있는 권한이란, 민간투자법 제21조 제1항 제3의2호에 의하여 공유수면매립을 통하여 부지(항만지원시설용도)를 조성하고 이를 공개경쟁입찰방식으로 분양하는 사업임. 동 부대사업이 사회기반시설에 대한 민간투자를 활성화하기 위한 것이라는 점, 경제적인 측면에서 볼 때 부대사업 자체가 독립적으로 시행되는 것이 아니라 본사업인 사회기반시설공사의 수익성 보완을 목적으로 하고 있고 부대사업의 연계가 본사업의 채산성확보를 위한 필수조건이라는 점 등을 고려할 때, 다음과 같은 기부체납 부가가치세 문제가 발생할 수 있어 질의함.

1). 본사업과 부대사업을 별도의 사업으로 판단하여, 조세특례제한법상 사회기반시설에 대한 영세율 적용 특례를 엄격히 적용함. 따라서 부대사업 부가가치세 세율은 10%를 적용하여 기부체납 부가가치세를 납부함. 매입세액은 관련법규에 따라 공제.

2). 본사업과 부대사업을 하나의 사업으로 판단하고 조세특례제한법상 사회기반시설에 대한 영세율 적용 특례를 적용하여, 부대사업 부가가치세 세율을 본사업에서 적용한 0%를 적용함. 매입세액은 관련법규에 따라 공제.

3). 본사업과 부대사업을 하나의 사업일지라도 본질적으로 부대사업은 토지를 조성하고 공급하는 것으로 판단하여 면세재화인 토지공급(면세인 바 매출부가세 없음)인 바 관련 매입세액은 법규에 따라 불공제됨.