〔붙 임 : 참고자료〕

1. 질의내용 요약

  (사실관계)

  - 건설교통부 산하기관인 한국건설기술평가원(발주기관, 이하 “건기평”)과 국책과제연구단【모모건설(주)외 주관기관 및 협력기관 포함】이 특정 소프트웨어개발을 위한 협약을 체결함(단, 국책과제연구단에 포함되어 있는 모든 업체가 각각 건기평과 협약을 체결한 것이 아니고 대표격으로 모모건설(주)가 건기평과 협약을 체결하고 모모건설(주)은 다시 제1~3과제주관기관과 협약을 체결하였으며, 각 과제주관기관(A대학교 포함)은 또다시 하단의 세부과제협력기관(당사 포함)과 각각 협약을 체결하여 과제를 수행하게 됨

  - 건기평과 모모건설(주)간의 협약은 단순히 두 기관 간에 체결된 것이 아니라, 모모건설(주)의 주관 하에 포함된 각각의 기관이 각각의 하부협약하에 과제를 진행한다는 형식의 협약이며, 협약서에는 각각의 기관이 명기되어 있음

  - 연구 과제를 위하여 각 사는 일정 부분의 분담금을 먼저 납부하여야 하며, 세부과제협력기관이 각 과제주관기관으로 입금하고, 각각의 과제주관기관은 모모건설(주)에 다시 납부함

  - 건기평은 모모건설(주)에 국가지원금을 지급하고 모모건설(주)은 국가지원금과 각 사의 부담금을 합친 금액을 다시 각각의 과제주관기관에 배분하여 지급하고 각각의 과제주관기관은 다시 세부과제협력연구기관에 협약된 낸용대로 대금을 각각 지급함

- 각 사들은 부여받은 과제에 대하여 업무를 수행하고 수행에 필요한 비용(VAT발생했을 경우 공급가액만 인정-건기평 규정)

  - 경비 정산처리는 직접비(세금계산서 등으로 직접 확인되는 금액, 정산 시 각 증빙을 제출하여 건기평으로부터 확인 받음)와 간접비(직접비의 30%로 특정 증빙은 없으나, 인원 및 장소 등에 대한 관리비 등 해당 과세수행에 있어서 소요되었을 것으로 추정할 수 있는 명목의 비용)로 구분할 수 있음

  - 위 연구단에 포함된 기관이나 인원이 변동이 있을 경우 모든 사항은 각 사가 직접 건기평에 보고 및 허가를 득함

  - 당사는 A대학교 하위에 위치한 제3세부과제협력연구기관의 하나로 영리과세사업자이며, 당사에 할당된 과제는 법인에 소속된 기술연구소조직의 인원이 수행하게 되며, 당사의 기술연구소는 산업기술진흥협회에 등록되어 있음

  - 당사는 본 건의 진행과 관련하여 A대학교와 협약을 체결(건기평이 과제를 분담하여 각각의 기관들과 일일이 협약을 체결하는 번거러움을 피하고 각 기관들의 책임과 의무를 명확히 구분하기 위함)하였으며, 건기평의 규정에 의해 과제수행 및 국고보조금에 대해 정산을 실시함

  - 한편 최초에 체결된 건기평과 모모건설(주)의 협약은 단순한 양자간의 협약이 아니라 위의 연구단 전체가 포함되어 있는 협약이며, 단지 모모건설(주)이 위치상 최상에 위치하여 연구과제 전체를 통제 및 관리한다는 이유로 대표로 날인한 것이며, 각 사에 연구인원 등 중요변동사항이 발생하면 각 사의 상호로 날인하여 건기평이 직접 보고하고 허가를 받음

  (질의사항) 상기의 경우 선 지급받은 수행대금에 대하여 과제종료 시 A대학교를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발행 및 교부하고 매출세액을 납부하여야 하는지 혹은 일반적인 국고보조금으로 보아 세금계산서와 관계없는 것으로 처리하여야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

 ② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

 4. 국고보조금과 공공보조금

 ○ 부가가치세법시행령 제48조 【과세표준의 계산】

 ⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

【서면․인터넷․방문상담3팀-823, 2006.05.02】

부가가치세 과세표준은 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이나, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임. 다만, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사업수행에 대한 계약관계, 보조사업의 수행자에 해당하는지 등을 종합적으로 사실판단 하여야 하는 것임.

【서면․인터넷․방문상담3팀-759, 2005.06.01】

【질의】

 1. 주관기관이 전담기관으로부터 수령하는 정부출연금이 부가가치세법상 국고보조금으로 보아 과세표준에서 제외하는 것인지 용역의 공급거래에 해당하는지 여부

 2. 국책연구과세 수행에 있어서 참여기업이 연구비의 일부를 부담하되 연구 활동을 수행하는지 여부 및 소유권을 취득하는지 여부에 따라 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지 여부

 3. 주관기관이 참여기업이 부담할 연구비와 정부출연금을 일괄관리하면서 참여기업이 필요한 연구비를 배분하는 경우에 있어서 당해 연구비 배분이 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지의 여부

 4. 참여기업이 부담하는 기술료가 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지의 여부

 5. 국책 연구 과제를 수행함에 있어서 필요한 재료 및 기자재 등을 구입함에 있어서 발생하는 부가가치세를 공제받을 수 있는지 여부

【회신】

 1. 사업자가 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것은 용역의 공급에 해당하는 것으로서 면세한다는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부가가치세 과세대상에 해당하는 것임. 다만, 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 제7조 제3항의 규정에 따라 용역의 공급으로 보지 아니하는 것임.

 2. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세법 시행령 제38조 각호의 1에 해당하는 용역을 제외하고는 면세되는 것이고, 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 같은 법 시행령 제35조 제2호 라 목의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하는 것임.

 3. 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가(부가가치세를 제외)로 하는 것으로서 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하나, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임.

 4. 귀 질의 1의 경우 사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로부터 국가연구 개발 사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구 개발 사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것임.

 5. 귀 질의 2 내지 4의 경우 용역공급 해당여부, 과세 또는 면세여부, 과세표준 포함여부는 계약상 또는 법률상의 모든 원인과 공급의 주체, 거래주체별 책임과 의무 등 구체적인 사실관계를 종합하여 개별적으로 판단할 사항이며, (이하생략)