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1. 질의내용 요약

  □ 질의요지

  법인이 국민주택규모이하의 아파트 5가구를 취득하여 10년이상 주택임대 후 양도하는 경우 토지 등 양도소득 과세특례 규정적용 대상주택에 해당 여부

  □ 사실관계

  부동산 임대업을 영위하는 법인이 개인에게 국민주택규모이하의 아파트를 취득하여 지방자치단체에 등록하고 10년 이상 주택임대 후 양도

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

  ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

   1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2006. 12. 30. 개정)

   2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

   3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

  ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

   1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

    가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다.

    나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다.

    2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

    가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

    나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

    다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

    가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)

    나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설)

   4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

    가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

   5. 「지방세법」 제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

   6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설)

   7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

  ③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

  ④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)

   1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

   2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

   3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

  ⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

  ⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다.

  ⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 개정)

 법인세법 시행령 제92조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

  ① 법 제55조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 지가가 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 재정경제부령이 정하는 지역을 말한다. (2003. 12. 30. 개정)

   1. 「조세특례제한법 시행령」 제56조 제2항의 규정에 의한 대도시권

   2. 「개발이익환수에 관한 법률」 제2조 제2호의 규정에 의한 개발사업이 진행 중이거나 예정되어 있는 지역 및 그 인근지역

  ② 법 제55조의 2 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

   1. 「임대주택법」에 의하여 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 법인이 10년 이상 임대한 국민주택 (2005. 2. 19. 개정)

   1의 2. 「임대주택법」에 따라 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」제154조 제3항 본문의 규정에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 법인이 5년 이상 임대하는 건설임대주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가(「소득세법」 제99조의 규정에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 당해 주택의 양도 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

   2. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

   3. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택 (2006. 2. 9. 개정)

   4. 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 재정경제부령으로 정하는 주택

  ③ 법 제55조의 2 제4항 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 「소득세법 시행령」 제153조 제1항의 규정에 의한 경우를 말한다. 이 경우 동항 제3호 단서의 규정 중 “농지소재지에 거주하면서 경작”은 “경작”으로 본다. (2005. 12. 31. 개정)

  ④ 법 제55조의 2 제4항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

   1. 「도시개발법」 그밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 「소득세법 시행령」 제152조의 규정에 의한 것으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

   2. 분할(법 제46조 제1항 각호 및 법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ현물출자(「조세특례제한법」 제38조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득

   3. 「한국토지공사법」에 의한 한국토지공사가 동법에 의한 토지개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득 (2005. 2. 19. 개정)

   4. 주택을 신축하여 판매(「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득 (2006. 2. 9. 개정)

    가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 「주택건설기준 등에 관한 규정」 제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다) (2006. 2. 9. 개정)

    나. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

   5. 그밖에 공공목적을 위한 양도 등 재정경제부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득

  ⑤ 법 제55조의 2 제5항 단서에서 “그밖에 대통령령이 정하는 토지 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

   1. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 토지 등

   2. 법 제55조의 2 제4항 제2호의 규정에 의한 농지 (2005. 12. 31. 개정)

  ⑥ 제68조의 규정은 법 제55조의 2 제1항의 규정에 의한 토지 등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 토지 등의 양도의 경우에는 동조 제2항의 규정에 불구하고 동조 제1항 제3호의 규정에 의한다. (2003. 12. 30. 개정)

  ⑦ 법 제55조의 2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 예약매출에 의하여 토지 등을 양도하는 경우에는 그 계약일에 토지 등이 양도된 것으로 본다.

  ⑧ 제7항의 규정에 의하여 계약일에 토지 등이 양도되는 것으로 보는 경우의 토지 등 양도소득은 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용 중 제1항에 규정된 지역에 포함되는 기간에 상응하는 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. 다만, 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 계약금액 및 총공사예정비를 그 목적물의 착수일부터 인도일까지의 기간에 균등하게 배분한 금액 중 제1항에 규정된 지역에 포함되는 기간에 상응하는 금액을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. (2003. 12. 30. 개정)

  ⑨ 법인이 각 사업연도에 법 제55조의 2의 규정을 적용받는 2 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 있어서 토지 등 양도소득은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제55조의 2 제6항의 규정에 의하여 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지 등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액을 차감하여 토지 등 양도소득을 계산한다. (2005. 12. 31. 개정)

나. 기질의 회신사례(예규, 심판, 판례 등)

○ 서면2팀-2192, 2005.12.28.

 법인세법 제55조의 2 규정을 적용함에 있어 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 하는 것인 바

  양도금액은 토지 등의 양도로 인하여 발생한 익금을 말하며 장부가액이라 함은 세무상 장부가액으로 세무상 취득가액에 세무상 감가상각충당금과 세무상 평가차액을 가감한 금액을 의미하는 것이며

  임대주택의 경우 같은 법 시행령 제92조 제2항 제1호 규정에 따라 ‘「임대주택법」에 의하여 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 법인이 10년 이상 임대한 국민주택’은 법인세법 제55조의 2에 규정한 ‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’가 과세되지 않으나 귀 질의의 경우 임대기간이 10년 미만이므로 토지 등의 양도소득에 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 추가하여 납부하여야 하는 것임.