1. 질의내용 요약

○ 사실관계

  - 개인투자자 “갑”은 2001년 2월 A회사 유상증자에 참여하여 주식을 보유하던 중 2005년 10월에 유상감자로 인해 감자차익에 대해 의제배당으로 A회사에서 원천징수 신고 납부함.

  - 2007년 5월 과세관청으로부터 2001년 유상증자시 불균등 증자로 증여세를 자진신고할 것을 통보하여 “갑”은 증여세를 2007년 6월 신고 납부하였으며, 2005년 유상감자시 발생된 감자차익이 증여의제로 인하여 취득가액이 증액되어 원천징수 환급세액이 발생하였으나, A회사는 2006년 5월에 B회사로 흡수합병되어 청산됨.

○ 질의내용

 이 경우 원천징수세액을 환급 받으려면 어떤 방법으로 어떤 절차를 거쳐야 하는지 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

  Ο 소득세법 제7조 【원천징수등의 경우의 납세지】

   ① 원천징수하는 소득세의 납세지는 다음 각호의 규정에 의한다. (1994. 12. 22. 개정)

   3. 소득세를 원천징수하는 자가 법인인 경우에는 그 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지

   4. 소득세를 원천징수하는 자가 법인인 경우로서 그 법인의 지점ㆍ영업소 기타 사업장이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 제3호의 규정에 불구하고 그 사업장의 소재지(그 사업장의 소재지가 국외에 있는 경우를 제외한다). 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지를 소득세 원천징수세액의 납세지로 할 수 있다. (2001. 12. 31. 단서개정)

  Ο 소득세법 제157조 【원천징수의 승계】

   ① 법인이 해산한 경우에 원천징수를 하여야 할 소득세를 징수하지 아니하였거나 징수한 소득세를 납부하지 아니하고 잔여재산을 분배한 때에는 청산인은 그 분배액을 한도로 하여 분배를 받은 자와 연대하여 이를 납부할 책임을 진다. (1994. 12. 22. 개정)

   ② 법인이 합병한 경우에 합병후 존속하는 법인 또는 합병에 의하여 설립된 법인은 합병에 의하여 소멸된 법인이 원천징수를 하여야 할 소득세를 납부하지 아니한 것에 대하여 이를 납부할 책임을 진다. (1994. 12. 22. 개정)

  Ο 소득세법 시행령 제201조 【근로소득세액 연말정산시의 환급】

   ① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

   ② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 환급한다. (1998. 4. 1. 직제개정)

  Ο 소득세법 시행규칙 제93조 【원천징수세액의 환급】

   ① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초과액을 환급한다. (2002. 2. 1. 개정)

   ② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

   ③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다.

  Ο 국세기본법 제23조 【법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계】

   법인이 합병한 때에 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다.

  Ο 국세기본법 기본통칙 51-0…7【합병법인에의 환급】

   법인이 합병한 후에 합병으로 인하여 소멸한 법인에 국세환급금이 발생한 경우에는 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 신설된 법인에게 충당 또는 환급한다.

  Ο 국세징수사무처리규정 제52조 (국세환급금 등의 지급대상자)

   ① 국세환급금과 동 가산금(이하 “국세환급금 등”이라 한다)은 환급대상이 된 국세 등을 납부한 자에게 지급한다.

   ② 다음 각 호의 경우 제1항의 규정에 불구하고 정당한 권리자에게 지급한다.

   1. 법인이 합병한 이후에 피합병법인에 귀속하는 환급금 등이 발생한 경우 합병 후 존속법인 또는 합병으로 신설된 법인에게 지급한다.

  Ο 징세46101-1011, 1993.03.17.

   귀 질의의 경우 변경후 납세지를 관할하는 세무서장(북인천세무서장)이 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정 결정하는 것임.

  Ο 국총46017-487, 1999.07.12.

   내국법인이 당해 용역대가를 지급하면서 당해 용역대가가 국내지점에 귀속되지 않는 소득으로 잘못 판단하여 법인세법 제98조 제1항의 규정에 의한 원천징수를 이행한 경우에는 소득세법 시행령 제201조 및 같은법 시행규칙 제93조의 규정에 따라 원천징수한 세액을 일본법인에게 환급하여야 함.

  Ο 소득46011-704, 2000.06.30.

   원천징수의무자가 1999년도 중 퇴직한 근로자에게 당초 퇴직소득세를 과다하게 원천징수한 경우에는 수정신고를 통하여 퇴직자에게 조정환급할 수 있는 것임.

  Ο 법인46012-1833, 1998.07.07.

  법인세법 제38조의 2의 규정에 의한 결손금 소급공제에 의한 환급은 법인이 환급대상 사업연도 종료일 이후에 다른 법인에 피합병되어 소멸되는 경우에도 적용되는 것임.