1. 질의내용 요약

□ 질의요지

   - 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제을 적용시에 동일한 위탁연구기관에 새로운 연구과제를 처음으로 부여하고 위탁연구비가 지출된 경우,

   - 과거 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 계산시에 동일한 연구기관에 대해 과거에 지출되어 연구개발준비금 사용액으로 처리된 위탁연구비를 포함하여 계산하여야 하는 지 여부

  □ 사실관계

   - 질의 법인은 건강기능식품 제조업을 영위하고 있는 법인으로,

   - 조세특례제한법 시행령 별표6 제1호 나목 ①에 해당되는 기관(이하 “위탁연구기관”)과 위탁연구 계약을 맺고 위탁연구비를 1999년 이래로 매년 지급하여 왔으며, 이를 연구 및 인력개발준비금의 사용액으로 처리함.

   - 당기부터는 새로운 사업영역 진출을 위해 동일한 위탁연구기관에 건강기능식품 개발과 관련한 새로운 연구 과제를 처음으로 부여하고 이와 관련한 위탁연구비(이하 “쟁점위탁연구비”)를 지급하고자 하며, 이 비용을 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용코자 함.

    <연구 및 인력개발비 비용지출 내역>

  - 질의 법인은 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 않으며, 연구 및 인력개발비 중 과거 4년 평균지출액을 초과하는 금액에 대해서만 세액공제 적용이 가능함.

  - 전기 이전에 발생한 여타 위탁연구비 및 건강기능식품 개발과 관련한 쟁점위탁연구비 모두 조세특례제한법 시행령 별표6에 이한 세액공제 대상 비용임.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

 ○ 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

  ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2006. 12. 30. 개정)

    1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)

     가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)

     나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

     2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

      가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)

      나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 재조예46070-293, 2000.08.18

 【질의】

 ｏ 4년의 기간 중 특정연도에 기술·인력개발비 지출실적이 없는 자에 대한 증가지출법에 의한 기술·인력개발비 세액공제를 적용하는 경우의 최근 4년간의 평균지출액 계산방법

 〈갑설〉 최근 4년간 지출액의 단순합계액을 4년으로 나누어 평균한 금액

 （이유） 신규사업자의 경우 최초 과세연도부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간 중 지출한 금액의 합계액을 4년으로 환산토록 되어 있으며, 계속사업자 중 소급하여 4년의 기간 중 특정연도에 지출액이 없는 경우에도 준용하는 것이 타당

 〈을설〉 최근 4년 중 지출액이 있는 연도의 지출액을 당해 연도수로 나누어 평균한 금액

 （이유） 단순합계액을 4년 평균할 경우 세액공제가 과다하게 이루어지고 기업이 임의로 연도별 지출액을 조작할 우려가 있음.

 ※ 국세청 의견 : 갑설

        (사 례)

      ┌──────────┬────────────────────┐

      │ │ 지 출 액 │

      │ 구 분 ├──────┬──────┬──────┤

      │ │ Case1 │ Case2 │ Case3 

      ├──────────┼──────┼──────┼──────┤

      │ 1996지출액 │ 1,000 │ 1,000 │ O │

      ├──────────┼──────┼──────┼──────┤

      │ 1997지출액 │ 1,000 │ O │ O │

      ├──────────┼──────┼──────┼──────┤

      │ 1998지출액 │ 1,000 │ O │ O │

      ├──────────┼──────┼──────┼──────┤

      │ 1999지출액 │ 1,000 │ 1,000 │ 1,000 │

      ├──────────┼──────┼──────┼──────┤

      │ 4년 합계 │ 4,000 │ 2,000 │ 1,000 │

      ├──────────┼──────┼──────┼──────┤

      │ 4년 평균(A) │1,000(1,000)│ 500(1,000) │ 250(1,000)│

      ├──────────┼──────┼──────┼──────┤

      │ 2000 지출액(B) │ 2,000 │ 2,000 │ 2,000 │

      ├─────┬────┼──────┼──────┼──────┤

      │공제세액 │〈갑설〉│ 500 │ 750 │ 875 │

      │ ├────┼──────┼──────┼──────┤

      │(B-A)×0.5│〈을설〉│ 500 │ 500 │ 500 │

      └─────┴────┴──────┴──────┴──────┘

        주) ( )내의 숫자는 을설의 경우임 .

  【회신】

   위 질의의 경우 〈갑설〉이 타당함.

○ 서이46012-11193, 2003.06.23

  【질의】

    중소기업이 아닌 내국법인에 발생한 연구 및 인력개발비가 조세특례제한법 제9조 제2항 및 제10조 제1항의 규정이 동시에 적용되는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 적용함에 있어서

   (질의 1)

    동일연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 조세특례제한법시행령 [별표5] 연구 및 인력개발준비금 및 [별표6] 연구 및 인력개발비세액공제를 동시에 해당되는 경우 일부는 세액공제를 적용하고 일부는 준비금 사용으로 인정받을 수 있는지.

   (질의 2)

   (질의 1)의 경우 연구 및 인력개발비용(예:연구전담부서의 인건비) 중 일부를 준비금의 사용기준으로 보는 경우 당해 비용을 구분함에 있어 항목별로만 하는 것인지 아니면 동일 비용항목 중 일부 금액도 구분적용할 수 있는 것인지.

   (질의 3)

    (질의 1)의 경우 발생비용을 일부 준비금 사용기준으로 볼 수 있다면, 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 연평균액을 계산함에 있어 준비금 사용기준으로 본 금액을 포함하는지.

  【회신】

   귀 질의의 경우 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 및 제10조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부의 기존 질의회신사례(조예 46019-153, 2002.9.26. 및 조예 46070-296, 2000.8.21.)를 참고하기 바람.

○ 재조예46019-153, 2002.09.26

 【질의】

  1. 질의요지

   □구 조세특례제한법(2000. 12. 29 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항의 규정을 적용함에 있어서

   ｏ 중소기업이 아닌 자가 세액공제 대상인 [별표 6]과 준비금의 사용액으로 보는 [별표 5] 모두에 해당하는 비용을 지출한 경우

   ｏ 동 지출비용은 오로지 세액공제만 가능하고 준비금의 사용액으로는 볼 수 없는 것인지.

   2. 쟁점사례

  ｏ 중소기업이 아닌 자가 세액공제대상인 [별표 6]과 준비금사용기준인 [별표 5]에 모두 해당하는 “전담부서에서 근무하는 직원의 인건비”를 지출한 경우 오로지 세액공제만 가능하고 세액공제를 받지 않은 경우에도 준비금의 사용액으로는 볼 수 없는 것인지.

  【회신】

    구 조세특례제한법(2000. 12. 29 법률 제6297호로 개정되기 전의) 제9조 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 아닌 자가 동법시행령 [별표5]와 [별표6]에 동시에 해당하는 비용을 지출하고, 동 지출비용에 대하여 동법 제10조 제1항의 규정에 의한 연구·인력개발비세액공제를 적용받지 않은 경우에는 손금에 산입한 동법시행령 [별표 5]의 연구 및 인력개발준비금을 사용한 것으로 보는 비용에 해당하는 것임.

  ○ 재조예46070-296, 2000.08.21

 【제목】

   기술ㆍ인력개발비의 ‘증가지출분’세액공제 적용시 ‘4년간 지출합계액’계산에 있어 당해 과세연도의 지출항목과 동일한 기준에 상응하는 연구개발비는 과거감면미신청분도 포함됨

 【질의】

  ｏ 기술·인력개발비세액공제 증가지출공제법 적용시의 4년 평균지출액 계산방법

 〈갑설〉 당해 과세연도 직전 4년간의 기술·인력개발비세액공제를 적용받은 금액을 대상으로 계산

  〈을설〉 세액공제 적용 유무에 불구, 당해 과세연도 직전 4년 총지출액을 대상으로 계산

   ※ 민원인 주장 : 갑설

   ※ 1차 질의에 대한 국세청 의견 : 을설

  【회신】

   조세특례제한법 제10조 제1항 제1호(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제)에 의한 “증가지출분”세액공제를 적용함에 있어 동법시행령 제9조 제3항의 「당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 합계액」의 계산은 당해 과세연도의 기술 및 인력개발비 지출항목을 과거 4년간 소급하여 당해연도와 동일한 기준에 상응하는 연구개발비를 포함하여 계산하는 것임.

   ○ 서이46012-11538, 2003.08.25

  【질의】

    중소기업이 아닌 법인이 2000년 4월 과학기술부장관의 위임을 받은 한국산업기술진흥협회장의 승인을 받은 “연구전담부서”를 설립하여 운영하다가 연구인력 및 조직의 확대에 따라 2001년 6월 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 승인을 받아 규모를 확대하여 운영하고 있는 경우

   - 2003년 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 신고함에 있어 조세특례제한법 제10조의 규정에 의거 “당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 연구 및 인력개발비의 연평균발생액”의 계산은.

   【회신】

    조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 방법에 의한 세액공제를 적용하고자 하는 경우 같은법시행령 제9조 제3항의 “당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액”은 기술개발촉진법 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 적법하게 신고하지 아니한 전담부서에서 발생한 비용을 포함하여 계산하는 것임.

   ○ 서이46012-10453, 2002.03.12 **

  【질의】

   조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 규정에 의한 세액공제(통상 “증가지출법”)를 적용함에 있어서 동조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 계산방법은.

  【회신】

    귀 질의의 경우 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 규정에 의한 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 같은조 제2항의 규정에 의한 “연구·인력개발비의 연평균발생액의 계산”에 관한 재정경제부 및 우리청의 기 질의회신사례(재조예 46070-296, 2000. 8. 21 ; 법인 46012-1592, 2000. 7. 18)를 참고바람.

  ○ 서면2팀-1923, 2005.11.28

  【질의】

  (사실관계)

  ｏ 당사는 1997.1.8. 설립된 법인으로서 제품을 제조하여 해외로 수출하는 조세특례제한법상 중소기업에 해당되며 기업부설연구소를 2001년도에 신청하여 당해연도에 인증받았음.

  ｏ 법인이 투자한 연구 및 인력개발비 발생내역

 ㆍ1997년 : 0원

 ㆍ1998년 : 1,200,000원

 ㆍ1999년 : 2,000,000원

 ㆍ2000년 : 5,000,000원

 ㆍ2001년 : 120,000,000원

  ｏ 상기 내용과 같이 2001년도분 연구 및 인력개발비 세액공제대상액을 계산시 최초 과세연도 기준일에 대한 질의임.

 (질의내용)

〈갑설〉 : 둘 중 큰금액 : 58,975,000원

 ① 당해 연도 발생분 : 120,000,000×15％＝18,000,000

 ② 과거 4년간 초과발생액 : (120,000,000-2,050,000)×50％＝58,975,000

 〈을설〉 : 18,000,000원

  전담연구소를 설립하여 인가받은 과세연도로 보기 때문에 무조건 인증일 이후의 발생액만이 대상이므로 과거 4년간 초과발생액은 적용할 수 없으므로 당기 발생분만 해당되는 것임.

  【회신】

    귀 질의의 경우 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에 의한 “증가지출분”세액공제를 적용함에 있어 동법 시행령 제9조 제3항의 「당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액」의 계산은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함하여 계산하는 것임.

  ○ 법인46012-1592, 2000.07.18

 【질의】

  (상황)

   당사에서는 연구개발전담부서 및 기업부설 연구소의 인건비 등 지급액 중 과학기술부장관에게 연구개발 전담부서가 신고되지 않았던 1995년, 1996년 인건비 등 지급액에 대하여는 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하지 않았음.

   전담부서의 인건비 등 총지출액에 대하여 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 당사에서 신청하지 않은 사유는 과학기술부장관에게 신고되지 않은 연구개발 전담부서에 대한 지출액은 세액공제대상이 될 수 없다는 종전의 해석(심사법인 99-17, 1999. 3. 12)에 따라 공제신청하지 않았음.

   참고로 종전의 해석에 반대되는 해석(국심 99부 1314, 1999. 12. 28)은 최근에 있었던 것으로 알고 있음.

   (질의)

  조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 방법을 적용하여 당해연도 증가 지출액의 50％를 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제로 경정청구하려고 함.

   당사의 기술 및 인력개발비 총지출액보다 기술 및 인력개발비 세액공제받은 지출금액이 적을 경우, 동법시행령 제9조 제3항의 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비 합계액에 대하여 여러가지 의견이 있어 질의함.

 〈갑설〉 당해 과세연도 직전 4년간 기술 및 인력개발비 세액공제받은 지출액으로 함.

 〈을설〉 세액공제 유무에 불구하고 당해 과세연도 직전 4년간 기술 및 인력개발비 총지출액으로 함.

 【회신】

   귀 질의의 경우 조세특례제한법 제10조의 규정을 적용함에 있어 동법시행령 제9조 제3항의 「당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 합계액」에는 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간의 지출한 기술 및 인력개발비로써 세액공제신청을 하지 않아서 세액공제를 적용받지 못한 기술 및 인력개발비를 포함하는 것임.